一晝夜緊鑼密鼓的會議討論與安排部署，南部戰區的整合調整終於在帝國二年秋末宣告結束了。盡管外部短期內還不知道這次軍事會議的詳細情報，但是接下來的軍事行動卻讓一些國家，一些特別人物看出了端倪。
根據秘密部署，以及過後不久的顯現，新組成了東南戰區，以李續宜為總司令，劉明輝為政委，李少全為副總司令兼任南洋艦隊司令；撤銷原赤河戰區、蘭海戰區、梅河特混艦隊、馬甲戰區，改為駐軍司令部，並接受東南戰區司令部統一指揮。原以上三戰區海軍、陸軍、陸戰隊、山地師等統一劃歸東南戰區司令部領導並作出新部署調整。
原赤河戰區司令左吉高調任回國，不久之後率兵進入西北地區，擔任新成立的西北戰區總司令；原梅河特混艦隊司令傅彪、赤河艦隊司令彭雪琴分別調任遠洋艦隊司令和南海艦隊司令。
接到京師傳來的密電，得知七公主生下了一個女兒，定親王很高興，回電安慰一番之後，總覺得該立刻回去一趟，但是又考慮到南下一次不容易，本該到其他幾塊地方看看的，現在看來，隻好縮減行程，到婆羅洲一趟，其他兩塊地方先行派出代號為“拓展團”的兵民合一組織打前站，然後再找時間前去了。
在蘭海，會見了老晁、吳用二位故人；傅彪、回仲仔兩位老部下；藍氏城藍天威家主、邱氏城邱大年家主、宋氏城吳家代表以及其他幾個大家族的代表之後，給他們留出了三天準備時間，然後組成一支商隊，搭乘遠洋艦隊派出的艦隻向南麵東麵開始了兩路遠航。自己卻帶著親衛隊，在南洋艦隊蘭海分艦隊護送至下，向東麵的菠蘿島而去。
話說菠蘿島的林智經過一段時間東拚西殺，不僅鍛煉了自己的獨立指揮能力，而且贏得了整個西南、南部地區的華人華裔、土著以及外商的敬重，都尊稱他為“林總督”或者林司令。即便是荷國殖民總督再多次進攻失利之後，也不得不低下了高傲頭顱，與他簽署了互不侵犯，正常貿易往來的協約，一時之間風頭強勁。因為名聲大噪，自然投奔而來的也多，雇傭軍人數很快發展到了兩萬多人。
人多勢大，問題也多了起來，尤其是軍需供應變得越來越緊張，因為整個南半島區域的基地建設一直相對滯後。為了解決吃飯穿衣問題，“林總督”絞盡了腦汁，終於在戴燕相等人幫助下，開始了軍屯工作，尤其在對馬島，以高翔伯、蒙班頭為首領，廣泛種植水稻等農作物；又在戴燕王城以北山區的穀地裏購買了一塊山林之地，開始了軍工生產，主要是從比較容易製造的火槍、土炮開始。又建立了被服場，並獲得了蘭海戰區支援，得到了部分蒸汽機等設備，暫時解決了後勤問題。
說起來真正的大發展還是在去年年底之前，再聯絡到西北登陸成功的關從龍、韋亮主力之後，一場聯席會議，不僅確定了新的軍政戰略，而且關司令的艦隊帶來了不少新式槍炮，新式機械，一下子解決了後勤問題。
兩路聯軍一南一北，不到倆月時間就順利征服了整個菠蘿島南部西部和北部地區，並根據事先得到的命令，組成了菠蘿州軍政總管府，以關從龍為司令兼任軍政府總管、韋亮為政委、林智為副司令。其他還吸收了原戴燕王、蘭芳總製、北部的並肩王黃道為副總管。
其後幾個月時間，軍政總管府進行了大規模軍事活動，和基礎建設：軍事上由韋亮、林智分別指揮兩支精銳，在民軍配合之下，對東部地區開始了軍事征服；基礎建設主要在西部沿海進行，年初接到馬甲戰區司令部電令，也開始了東南部建設。主要內容一是城鎮住房和防禦設施修築，以及道路建設；二是有序組織礦藏開采和定價貿易；三是總管府出資，雇傭勞工進行道路興修。經過半年多努力，當十月初定親王踏足的時候，西部地區幾個較大城池已經出現了繁盛局麵。
因為總管府沒有冠以國名，占領軍是以雇傭軍名義，避免不必要糾紛和麻煩，定王的行動很是機密，除了自己部下，沒有會見任何外人，包括華人代表。親自授予了關從龍、韋亮、林智少將軍銜，以及其他部分優秀軍官的職務之後，肯定了他們工作的成效，以及下一步的戰略，著重在後勤建設，包括武器裝備、生活用品、學校醫院等方麵提出了一些建議。最讓這些將領高興地，定親王親自致電深藍基地的劉延平司令，迅速派出一支船隊，為他們專門運送一批鋼鐵、水泥製造、紡織設備等機械，甚至輪船生產的先進設備過來，以幫助菠蘿戰區實現真正的自力更生。