且說魏征聽了太子李世民的一番話還是覺得有一定的道理的。當然了也知道了這個人的真實想法。對於皇帝李淵魏征還是十分了解的。這個李淵根本沒法和太子李世民相提並論。而且李淵對出身於草莽的魏征還是心存芥蒂的。所以一直以來就不敢委以重任。相反太子李世民卻完全不一樣，他可以說的上是任人唯賢。這一點是讓魏征十分佩服的。這讓他忽然想起了原來的主子那個李建成，正是因為當初的小肚雞腸沒有聽信魏征的建議才最終落得這個結果，說到底李建成根本不是成大事的那塊料。是魏征看錯了他。現在的太子李世民才是一代明主。剛開始的時候魏征也非常反對他的做法，但後來聽了太子李世民的解釋他終於開了竅。他終於明白了太子李世民的良苦用心了。當然了對於李世民的處置結果他還是口服心服的。從一定的意義上說皇帝李淵也算是得到了善終，這自然是後話，暫不表。
通過這樣一次君臣的對話，這讓魏征看到了完全不一樣的李世民。從而更加堅定了他追隨太子李世民的信心。所以從這個意義上說太子李世民的人格魅力還是無比巨大的。
太子李世民以秦王府護軍秦瓊為左衛大將軍，又以程知節為右武衛大將軍，尉遲恭為右武候大將軍。以高士廉為侍中（相當於宰相），房玄齡為中書令（亦相當於宰相），蕭瑀為左仆射（亦相當於宰相），長孫無忌為吏部尚書，杜如晦為兵部尚書。以宇文士及為中書令，封德彝為右仆射（亦相當於宰相）；又以前天策府兵曹參軍杜淹為禦史大夫，前任中書舍人顏師古、劉林甫為中書侍郎，左衛副率侯君集為左衛將軍，左虞候段誌為驍衛將軍，副護軍薛萬徹為右領軍將軍，右內副率張公謹為右武候將軍，右監門率長孫安業為右監門將軍，右內副率李客師為領左右軍將軍。至此，李世民集團成員和支持李世民的官員控製了國家的要害部門和職位，完全掌握了全國軍政大權。
原太子李建成和齊王李元吉的餘黨流散逃亡到民間，雖然朝廷連續頒布赦免令，他們仍然感到內心不安，圖謀僥幸獲利的人爭相告發捕捉他們，以此邀功請賞。諫議大夫王圭將這種情況告訴了太子李世民。於是李世民頒布太子令：“六月四日玄武門之變以前與東宮和齊王府有牽連的人、六月十七日以前與李瑗謀反有牽連的人，一概不允許相互告發，對違反規定的人以誣告罪論處。”
隨後朝廷派遣諫議大夫魏徵安撫崤山以東地區，允許他見機行事。魏徵來到磁州的時候，遇到州縣枷送前任太子千牛李誌安、齊王護軍李思行前往京城。魏徵說：“我奉命出使的時候，對原來的東宮與齊王府的屬官已經一概赦免，不予追究。現在又押送李思行等人，那麼誰會不對赦令產生懷疑呢！雖然朝廷為此派遣了特使，又有誰會相信他呢！我不能夠因顧慮自身遭受嫌疑，便不為國家考慮。何況我既然被視為國中才能出眾的人士而受到禮遇，怎敢不以國中才能出眾人士的本色來報答太子呢！”於是，他將李誌安等人一律釋放。太子李世民得知此事後甚為高興。
皇帝李淵將親筆詔書賜給裴寂等人說：“朕應當加上太上皇的尊號。”表達了自己要退位和內禪的想法。
緊接著，撤銷了太子李世民兼任的天策上將府邸，?為李世民登基做好準備。
公元626年9月3日，這是一個特別的日子。皇帝李淵頒布製書，將皇帝位傳給太子李世民，自為太上皇，仍居於大內皇宮正殿--太極殿。李世民堅決推辭，皇帝李淵隻好再次頒布製書，太子李世民再辭，直到第三次李世民才答應了這個事情。
皇帝李淵頒布傳位製書的第二天，即武德九年八月初九甲子日（公元626年9月4日），太子李世民在東宮顯德殿即皇帝位，是為唐太宗，並大赦天下，從此開始了他輝煌的皇帝生涯，即位第二年正月初一乙酉日（公元627年1月23日）改元貞觀。太宗在位期間文治昭昭，武功赫赫，史稱“貞觀之治”。這自然是後話，暫不表。
李世民即位後，於武德九年十月初一丙辰日（公元626年10月26日）下達詔書，追封已故太子皇兄李建成為息王，諡號為隱，是為息隱王；皇弟齊王李元吉為海陵郡王，諡號為剌，是為海陵剌王，以皇家喪禮重新安葬。安葬那一天，太宗在宜秋門大哭一場，顯得十分哀痛。諫議大夫魏徵、王圭兩人上表請求陪送靈車到安葬地，太宗答應了他們的請求，並命令原東宮和齊王府的幕僚屬官都去送葬。從太宗給兩位兄弟的封號和諡號來看，無疑是降低了他們的地位身份：李建成原為皇太子，降為息王（親王級別），諡號為隱，是中下等諡號（按諡法：“隱拂不成曰隱。不顯屍國曰隱。見美堅長曰隱。”指本性難改，言過其實。又：“隱，哀也。”指柔弱短壽）；李元吉原為齊王（親王級別），降為海陵郡王（郡王級別），諡號為剌，是下等諡號（按諡法：“愎很遂過曰剌。不思忘愛曰剌。”指剛愎自用，忘恩負義。）。