鄭縣陷落的消息傳入鹹陽，秦惠王大怒道：“商鞅逆賊，寡人還沒治他的叛逆之罪，他竟然逃回封地，打起寡人的主意來了。”旁邊的公子虔道：“商鞅刻薄寡恩，當初先王對他寵信有加，大王對他也是尊敬之至。沒想到先王離去不久，他就要陰謀作亂了。”杜摯也附和道：“太傅說的是，上次讓他跑掉了，今日大王應該速速發兵，否則，以商鞅的才能，若是讓他待的久了，我秦國可就危險了。”惠王點頭道：“你等說的有理。”於是命令函穀關守將司馬錯發兵攻打商邑。
商鞅攻陷鄭縣之後，為證明自己隻是為求自保，命令軍隊撤出鄭縣，退守商邑，一麵命人出城打探消息。過了十餘日，商鞅正與眾人飲茶，探子上前彙報說，惠王命司馬錯前來攻打自己，當下驚得呆若木雞，半晌不語。商鞅明白，司馬錯乃是秦國一等名將，若是他親自前來，以商邑這小小的城池，萬萬是抵擋不住的。到時候，不但自己死不足惜，就連著一城老小恐怕也要麵臨屠城之禍了。對他自己來說，重新踏上逃亡之路真是太累太疲乏了，他再也不想重新走上四處流亡的道路，他想要一個安穩的結局。想到此處，隻覺得自己苦惱萬分，絕望萬分，真感到自己的生命和靈魂正在麵臨遠方死神的呼喚。此時的商鞅，感到自己的生命好寂靜，空無一物的寂靜，即使任憑眾人在自己身邊不停的喧喧嚷嚷，自己的生命似乎也如同死一般的空無……他似乎已經有了主意，隻等司馬錯的大軍到來，一切也都有了注定的結局。
過不幾日，司馬錯帶領大軍來到商邑附近安營紮寨，將商邑團團圍住。也不著人上前攻打，一連幾日毫無動靜。城上守衛防守森嚴，絲毫不敢懈怠。一日清晨，司馬錯獨自騎馬來到城下，正要上前喊話，隻見城門上一人安然坐著，正是商鞅本人。司馬錯上前喊道：“商卿，別來無恙呀！”商鞅看著城下的司馬錯，微微笑道：“司馬兄，我已經在此等候多時了，你為何來的如此遲緩！”司馬錯道：“你我故交，我不忍自相殘殺，因此緩緩而來。你如今作何打算？”商鞅道：“我一人之罪，與這城中百姓無關。”司馬錯喊道：“兄弟定當照辦。”說罷，撤馬而回。眾人見司馬錯與商鞅如此對話幾句，不知兩人究竟是何用意。再看看商鞅，他眼望著司馬錯離去的身影，等到走遠了。商鞅對眾人道：“司馬錯已經答應，隻治我一人之罪，與你等無關，你們以後還是秦國臣民。”說罷，獨自走下城樓。眾人突然臨此變故，不知道該如何應答，全都沉默起來。過了一會兒，方才有人喊道：“大人，我等願為大人奮戰致死。”眾人這才醒悟過來，紛紛呼喊請戰。商鞅聽見眾人呼喊，也不答話，隻是微微笑笑，走下城去，命守門軍士打開城門，向司馬錯軍營走去。
司馬錯一麵將戰報傳到鹹陽，一麵命人押解商鞅緩緩而行。秦惠王接到戰報，又驚又喜。公子虔、杜摯一幫眾臣得到消息，紛紛彈冠相慶，樂得手舞足蹈，大擺筵席以示慶賀。秦惠王本想商鞅自此逃離秦國，也就饒了他的性命罷了。沒想到商鞅又返回秦國，如此一來，群臣洶洶，自己再不殺他可就無法解說了。秦惠王集合眾臣商議如何處死商鞅，惠王道：“商鞅有叛逆之罪，攻打鄭縣，殺害忠良，但是有功於國，處以斬刑也就罷了。”杜摯上前奏道：“商鞅雖然有功，但是功不抵過，如今犯有謀逆之罪，怎能輕饒。”眾臣紛紛上言，要求從重處罰。惠王一時之間沒了主意，望了望公子虔，隻見公子虔坐在那邊閉目不言。惠王知道無可挽回，於是下令，將商鞅於門外處以車裂之刑，文武百官，都城百姓都到城門之外觀刑。