方雲現在已經是登州參將了，破虜軍也就從衛所兵變成了募兵，因此破虜軍的編製就完全可以由方雲來製定了。
說起來，衛所兵才是從朝廷下轄的正規軍，募兵則是朝廷花錢雇來打仗的，打完仗可能就解散了，領兵的將軍調回京師或者原駐地，所以朝廷對募兵的兵製約束並不嚴格。
方雲這次在登州城足足弄搞到了兩百多門火炮，其中還有二十門紅衣大炮，所以方雲直接成立一個超大型的直屬炮團。
這個炮團由一個重炮營和兩個野戰炮營組成，重炮營裝備的就是那二十門紅衣大炮，野戰炮營為一個七斤野戰炮營和五斤野戰炮營，各裝備十八門野戰炮。
為了把這五十六門火炮運轉起來，光是炮的馬匹就超過了七百，運輸炮彈等輜重馬匹超過了八百匹，每個炮兵營都有六百多人，此外方雲還專門給炮兵團添加了一個步兵營，負責炮兵團的警衛工作，所以但是炮兵團的人數就有兩千六百多人。
不過炮團為戰略部隊，直屬於方雲，隻有進行重大戰役的時候才會出動，所以除了炮團之外，方雲還給主力部隊都配備了炮兵部隊。
步兵方麵，方雲以把一團和二團為基礎，把破虜軍擴編成下轄兩個旅的部隊，每個旅下轄兩個步兵團，炮兵營，警衛營，輜重營，取消了步兵團騎兵哨編製，改為步兵旅直轄一個五百人的騎兵營，不過卻給每個步兵團增加了一個六門製的炮兵哨，擴編之後，每個步兵旅的兵力將達到七千二百餘人。
步兵一旅下轄一團和三團，步兵二旅下轄二團和四團，旅長有方大山和羅東兩人擔任，而且他們還同時擔任一團和二團團長，三團團長有李大牛擔任，四團團長有李漢擔任。
同時，方雲還把原來的直屬部隊都升級為團，警衛營擴編為警衛團，有方磊出任步兵團團長。
不僅如此，警衛團還比普通的步兵團多出一個步兵營，炮兵也比普通步兵團多出一個炮兵哨，以致於擴編後警衛團兵力超過了三千人。
騎兵團和輜重團就相對要小一些，原來就有兩個騎兵營，這次擴編隻是多增加了一個騎兵營，騎兵團人數還不到一千八百人，團長有林黑虎擔任，連輜重團都不如，輜重團的兵力都超過了兩千。
算上炮兵團在內的話，破虜軍直屬部隊的總兵力已經接近萬人，比任何一個主力步兵旅的編製都要大，而破虜軍的總兵力能夠達到兩萬五千人。
擁有兩萬五千人馬，破虜軍成為了實力名副其實堪稱一個軍級單位，再加上自己已經成為了參將，所以方雲換掉了指揮長這個不倫不類的稱呼，而是改稱軍長。
當然隻是破虜軍內部人員自己的稱呼，對外方雲還是以正三品威海衛指揮使職位充任登州參將，而方大山和羅東兩人現在也都是朝廷的遊擊將軍了，官職是從三品威海衛指揮同知。
破虜軍的團長是正四品的衛指揮僉事兼任破虜軍都司，營長是正五品的千戶同時擔任破虜軍守備，不過由於營長的人數太多，隻有少部分營長擁有千戶的職位，大多數隻有守備的官銜。
可以說這次擴編完成之後，不管是兵力還是論實力，破虜軍都將成為山東最強大的一支軍隊。
不過這麼大規模的擴編，可不是一個月的時間能搞定的，人員和火炮還好說，火炮都是現成的，兵源方麵，破虜軍這次光是俘虜就抓了三萬餘人。