牙牙合畸形，特別是牙列不齊，不僅影響美觀，而且影響局部的生長發育和全身的健康。
牙牙合畸形如前牙擁擠錯亂、上頜前突、下頜前突、深覆牙合、深反牙合以及開牙合等，都影響到口腔頜麵部軟硬組織的正常發育，從而影響麵容的美觀。如反牙合（地包天）可阻礙上頜牙弓的發育，使下頜發育過快，導致下頜前突畸形，麵中部凹陷，甚至可影響顳下頜關節的發育，影響咀嚼功能。張口呼吸可使上牙弓狹窄、齶蓋高拱，使上牙前突、開唇露齒，牙齦因受空氣刺激而發生增生及炎症，也可影響鼻腔及鼻咽的發育。
由於錯牙合擁擠的牙齒排列不整齊，不易保持清潔，易發生齲齒。錯位的牙又會引起創傷，導致顳下頜關節疾病，如彈響，疼痛張口受限等，也可引起牙周組織的病變，如低位牙沒有咬合接觸，不能發揮功能，牙周組織也可以因缺少功能刺激而發生萎縮及退行性變。
牙牙合畸形對咀嚼及語言功能也有影響，如前牙深覆牙合，深反牙合、深超牙合、鎖牙合及開牙合等，影響咀嚼功能。牙列擁擠及開牙合等影響發音。
牙牙合畸形對全身的影響主要是其使咀嚼功能降低，增加胃腸負擔，日久會引起胃腸疾病，從而影響營養物質的吸收及全身健康。張口呼吸不僅可引起錯牙合，而且患者吸入的空氣未經鼻腔濾過及調節濕度，直接進入下呼吸道，易引起呼吸道疾病。
由於牙牙合畸形對麵容及發音的影響，兒童的心理受到不良的刺激，有的兒童因此不願與其他孩子交往，容易形成孤僻的個性。