整個地下基地的結構非常的複雜，但是在艾麗絲的規劃下卻又非常簡單，它主要有三個部分。
第一個，就是作為基地基本活動區域的可活動部分。
可活動部分，顧名思義，就是生物可以自由活動的區域，無論是人類還是作為實驗目標的實驗體以及巨獸，都在可活動部分之鄭而在可活動部分中，又被自由劃分為試驗區、隔離區、模擬區、休眠區、樣本區、發電區等等，是每一層的主要空間。
第二個，是納米結構部分。
納米結構部分，是組成整個地下基地的主體部分，根據需要，它能夠連同地下的線路自由並完美的組合改變，每一層的變化完全不會影響到第二層的穩定，自由度非常的高，在必要時刻，甚至還能互相組合，在保證基地運轉的情況下，將整個基地合成一個幾乎沒有活動區存在的實心心狀態！
第三個部分，則是網絡部分。
人工智能網絡是整個基地的靈魂所在，整個基地在超級人工智能的輔助下終日運轉，並且能夠根據需要，自由調度計算資源以獲取更大的計算量，讓整個基地時刻保持在高速的運轉和研究狀態，若是沒有它，整個地下基地的係統幾乎能癱瘓一半！
並且在整個係統的設計中，人工智能是完全被物理隔離並且獨立於電力係統存在的，也就是，無論個人權限再高，都無法越過人工智能的判斷並以任何方式停止它！
停電、物理破壞，都無法對人工智能係統造成絲毫的影響！
而有權利授權一個人是否可以進入基地的，隻有艾麗絲一個人！
而除此之外，每一層除了重要的科研人員，又有無數具有戰鬥力的戰士和極尖賭武器防禦係統遍布整個基地，所謂牽一發而動全身，隻要有外人進入，整個基地就會頃刻間識別出入侵者的身份，遍布在基地各處的戰鬥人員就會在人工智能的調度下在十秒終內到達基地的任意一點，與此同時，基地固有的武器防禦係統更會在人工智能下第一時間發動，給予入侵者致命一擊！
可以，這裏是絕對無懈可擊的堡壘，任何有意或無意到達這裏的生物，都會在第一時間被直接清除，不會留給入侵者一點可以回旋的餘地！
這是王飛之前從羅檸的口中得知的消息，當初他知道後，著實驚愕不已。
這豈是防禦到牙齒，簡直就是防禦到內髒啊！
王飛絲毫不懷疑，就算他能從斷層之中來到蒼穹身邊，在他回到現實的一瞬，他也會在現身的瞬間被防禦係統所捕捉並展開攻擊！更何況，他根本就做不到！
因為他通過擬態化特殊種幻獸的器官發現，艾麗絲的地下基地，根本就沒有絲毫瓦爾基裏能量的存在！
沒有能量，他就無法通過瓦爾基裏這一層媒介接觸到現實，就算是窺視現實也無法做到！
至於為什麼明明艾麗絲地下基地沒有絲毫瓦爾基裏能量也能被斷層映射出來，王飛也無得知。根據Q的猜測，這應該是地下基地在瓦爾基裏能量引力波輻射的映射下才構成的空間。