乙肝患者使用幹擾素的療程，最好在六個月以上，10～12個月比較好。短期內，幹擾素很難顯出療效。早期會出現轉氨酶升高的“療效反應”。三個月之後，病毒複製指標仍沒有轉陰，也不宜停藥。隻要病人能夠耐受幹擾素的副作用，肝功能未出現明顯惡化，可繼續使用幹擾素進行抗病毒治療。有些乙肝患者竟然在用藥兩年之後才發現穩定的治療效果。在定時隨訪的體檢過程中，檢查肝功能是否異常，肝髒細胞是否惡化，肝纖維化是否加重更具實際意義。轉氨酶下降並不代表肝功能得到恢複。
幹擾素的副反應表現為發熱、畏寒、頭痛、乏力、全身酸痛等類似流感的症狀。患者在持續使用時，副反應會逐漸減輕。其他的副反應還有白細胞減少、血小板減少等。即使停藥就自行恢複，不會影響肝病的治療。
幹擾素的治療針對慢性乙肝，以下幾類乙肝患者應用幹擾素能起到較好的療效：
一、血清中的ALT或AST反複波動或轉氨酶持續升高的患者；
二、血清HBeAg的P/N值異常而偏低（P/N5-8）或HBV-DNA水平低（＜100pg/ml＝的患者；
三、未使用過類似的抗病毒藥物或免疫製劑的患者；
四、女性比男性的療效要好；
五、組織內鐵的含量比較低的患者；
六、還有就是非重疊感染者，如丙型肝炎患者和丁型肝炎患者等。
幹擾素治療丙肝
慢性丙型肝炎是一種隱匿發展的病毒性肝炎，一般經過十年到二十年，有20%的病人會發展成為肝硬化，二十年後，1％—5％的患者發展成為肝癌。丙型肝炎隱匿時間長，發展慢，與持續性的病毒血症有著密切的聯係。所以，及時有效的抗病毒治療至關重要。就目前來說，幹擾素是治療丙肝的唯一有效的藥物。
在急性丙型肝炎的恢複期就使用幹擾素治療，70%以上的丙肝患者可得到痊愈。若錯多了治療時機，大部分感染者會發展成為慢性丙型肝炎，之後便難以恢複。
對於丙肝，用幹擾素單獨治療，效果不太令人滿意。臨床上幾種藥物的聯合治療方法：
（1）聯合病毒唑：采用每周三次，每次300萬單位，肌肉或皮下注射α幹擾素，同時聯合口服病毒片每次0.3克，每日3-4次，連續服用三個月。三個月後無效則停止治療，有效則繼續服用，再連續三個月，最後單用幹擾素6個月，防止病情複發。
（2）聯合聯合胸腺素a1（TA-1）：胸腺素a是人工合成的28肽，每周三次的300萬單位的α幹擾素的注射治療，加上每周2次，每次1 l.6毫克的肌肉注射胸腺素a，連續六個月治療。
科學界新研發出第三代幹擾素，是由幾種天然產生的幹擾素亞型中的有效成分重組而成，商品名為幹複津。幹複津對丙肝也有很好的治療效果，每次9-15微克，每周3次，一個療程為12個月。
用α-幹擾素治療丙肝時，不同的劑量和不同的病因以及用藥時間的不同都會產生不同的療效。能使α-幹擾素的治療產生比較好的療效的因素有以下幾種：
（1）早期服用了α-幹擾素的患者，並且其病程較短；
（2）HCV-RNA水平低的患者；
（3）使用大劑量的α-幹擾素超過六個月，更長的可達一年或者更長的時間；
（4）是HCV基因Ⅲ的病人；
（5）在用藥後兩個月，ALT能持續正常的慢性丙肝病人通常能取得良好的治療效果。
抗病毒的四種核苷類藥物
核苷類抗病毒藥物的出現，是乙肝治療史上的一大突破。這類藥物通過抑製乙肝病毒的複製，改善患者的肝功能，降低了肝硬化和肝癌的發生率。這類藥物的優點是可以口服，每天一片，患者服用比較方便，且不良反應少。目前，抗病毒和核苷類藥物主要有拉米夫定、阿德福韋、恩替卡韋和替比夫定四種。
拉米夫定
拉米夫定用於治療乙型肝炎病毒複製的慢性乙型肝炎。它在乙肝病毒感染的細胞和正常細胞內代謝生成拉米夫定三磷酸鹽，滲入到病毒DNA鏈中，進而阻斷病毒DNA的合成，抑製病毒的複製。拉米夫定在整個治療過程中抑製乙肝病毒的複製，起效較快，能明顯治療肝髒的炎症，減緩纖維化的進程。拉米夫定最大的弊端就是病毒的耐藥變異率高。患者使用一年耐藥率高達24%，年均增加15％～20％，死到五年後，70％～80％的患者可能會發生耐藥。耐藥後，病情加重，肝髒炎症發生嚴重病變。所以，患者使用拉米夫定發生耐藥後，應立即停用，或改用阿德福韋。