臭豆腐聞起來臭、吃起來香，有些人對它敬而遠之，有些人則當成了一種嗜好。臭豆腐屬於發酵豆製品，製作過程中不僅會產生一定的腐敗物質，還容易受到細菌汙染，為了大家的健康考慮，還是少吃為好。
研究證明，豆製品在發酵過程中，會產生甲胺、腐胺、色胺等胺類物質以及硫化氫，它們具有一股特殊的臭味和很強的揮發性，多吃對健康並無益處。
製作臭豆腐的方法一般有兩種：一是將豆腐切成小塊，浸在自然發酵多種植物而形成的臭鹵中而形成，好的臭鹵大約要經過一年的發酵。二是將豆腐切塊直接接種根黴菌和毛黴菌菌種，先讓其發黴，再經密封、醃製後發酵而成。在發酵過程中，豆腐中的蛋白質發生水解，生成對人體健康有益的多種氨基酸及短肽。其中酪氨酸在接觸空氣中的氧氣時，在真菌中的氨基酸氧化酶的催化下氧化，生成黑色素，所以我們平時見到的臭豆腐，暴露在空氣中的部分黑色素較多，而浸在汁液中的則黑色素較少。
然而在上述第二種方法發酵過程中，臭豆腐有可能會被肉毒梭菌汙染，因該菌屬厭氧菌，密封的無氧條件是其生長繁殖的最佳條件。這種細菌會產生毒素，我們如果吃了被肉毒梭菌汙染的臭豆腐，會出現全身乏力、頭暈、頭痛、食欲不振等症狀，重者視力模糊、甚至失明。還有來自監督部門的報道，曾查獲不法之徒用從陰溝裏挖出的黑臭汙泥塗在切成小塊的豆腐上，使消費者受騙上當。所以即便要吃也要到正規的商店、攤點購買有衛生許可證的企業生產的小包裝臭豆腐，這樣才會安全。
還有在臭豆腐發酵過程中，蛋白質被分解成揮發性鹽基氮和硫化氫等腐敗產物，多吃亦有害於健康。大家如果真對臭豆腐難以割舍，建議吃時最好多搭配新鮮的蔬菜和水果，它們含有的維生素C可阻斷亞硝胺生成，有利於我們的身體健康。