口腔黏膜病比齲齒、牙周病的發病率要低，但病種和類型卻很多。很多口腔黏膜病的原因尚不清楚，情況較為複雜，有的單發於口腔如唇炎，有的可與皮膚同時發病如扁平苔蘚，有的可累及多個部位如貝赫切特綜合征（又稱白塞綜合征），有的則是全身性疾病在口腔的表現，如缺鐵性貧血所引起的舌炎。在眾多的口腔黏膜病中，許多黏膜病的臨床表現有相似之處，有的病在不同的階段所表現的病損還有更迭，這給臨床診斷帶來了一定的困難。
口腔黏膜病的分類目前尚未取得一致意見。為了便於診治工作的順利進行，兼顧病因及病理係特征，我們可以采用下列分類。
（1）感染性疾病，如單純性皰疹、帶狀皰疹、皰疹性口炎、口腔結核、口腔念珠菌病等。
（2）免疫性疾病，如藥物過敏性口炎，接觸性口炎，血管神經性水腫，紅斑狼瘡，舍格倫綜合征。
（3）發皰性疾病，如多形性紅斑，天皰瘡，類天皰瘡，家族性良性類天皰瘡，剝脫性齦炎，口腔黏膜血皰。
（4）斑紋類疾病，如口腔黏膜白色角化病，口腔黏膜白斑病，口腔黏膜扁平苔蘚，盤狀紅斑狼瘡。
（5）唇部疾病，如慢性唇炎，唇癰，口角炎，腺性唇炎，肉芽腫性唇炎，光化性唇炎。
（6）舌部疾病，如地圖舌，溝紋舌，舌裂，毛舌，舌乳頭炎，光滑萎縮舌，舌下靜脈曲張，舌痛症。
（7）性傳播疾病的口腔病變表現，如梅毒，淋病，尖銳濕疣，艾滋病。
（8）潰瘍類疾病，如複發性口瘡（潰瘍），白塞綜合征，創傷性潰瘍。
（9）全身係統病症的口腔表征，如造血係統疾病，維生素缺乏症，重金屬及非金屬中毒。
（10）內分泌紊亂代謝異常的口腔黏膜表征。
（11）口腔黏膜色素異常。