多種釀酒酵母菌都可用於蜂蜜酒的釀製。在選擇菌種時，可以選擇單純的酒精生產酵母菌，也可以選用產酪酵母菌進行混菌發酵，提高產酪生香能力。
采用純黃酒酵母菌，可提高酒精度及酒整體風味；采用小曲釀造，可提高酒精度，但風味較差；采用紅曲釀造，可提高酒精度，風味獨特，但顏色較深，會覆蓋蜂蜜酒本色。
通常釀製蜂蜜酒采用三個純種酵母菌混合使用，同時接入少量的生香酵母菌，這樣蜂蜜酒的產量和質量相較於單一菌種效果更好。
釀製蜂蜜酒可以選用產酒精強的酵母菌種AS2.399、AS2.400（德國12號）；釀造蜂蜜葡萄酒和蜂蜜果酒的菌種有AS2.346、AS2.430、AS2.614、AS2.612，魏氏酵母菌AS2.1190（古巴2號），輕工業部食品研究所的1302、1405和南陽5號；生香酵母菌可采用AS2.296。