李時珍六十一歲。《本草綱目》編撰完成。編寫過程中“三易其稿”，曆時27年。《本草綱目》卷一序例末段寫道：“始於嘉靖壬子，終於萬曆戊寅，稿凡三易。分為五十二卷，列為一十六部，部各分類，類凡六十，以類為綱，以藥為目。”書中共收藥物1 892種（據劉衡如校點本統計實為1 897種），其中李時珍所增藥物為374種。附藥圖1 109幅，為次子李建元繪；附方11 096方。它是中國醫藥史上的空前巨著，集十六世紀前醫藥學之大成，為發揚中國文化作出光輝貢獻。這一藥物巨著，實際上是李時珍一家三代人辛勤勞動的成果。金陵版《本草綱目》上載有輯書姓氏：“敕封文林郎、四川蓬溪知縣蘄州李時珍輯。雲南永昌府通判男李建中、黃州府儒學生員男李建元校正。應天府儒學生員黃申、高第同閱。太醫院醫士男李建方、蘄州儒學生員男李建木重訂。生員孫李樹宗、李樹聲、李樹勳次卷。荊府引禮生孫李樹本楷書。”又《本草綱目》附圖卷上有：“階文林郎、蓬溪知縣李建中輯，府學生男李建元圖，州學生孫李樹宗校。”其中還包括他弟子的功勞。《湖廣通誌》說：“弟子龐鹿門嚐助成《本草綱目》。”
是年，神宗下詔清丈天下田畝，限三年完成。全國戶數為10 621 466戶。人口為60 692 856口。歲入銀355萬兩，歲出銀380萬兩。
潘季馴第三次總理治河工程。
公元1579年己卯明萬曆七年
李時珍六十二歲。到黃州、武昌等地聯係《本草綱目》刻印之事，沒有結果。隻身赴南京尋求書坊，接洽刻書事宜。此後數年，常為刻書勞神。
神宗下詔毀天下書院，共毀六十四所。
學者何心隱（1517～）遇害。心隱原姓梁，名汝元，號夫山，江西永豐人。著《原學原講》大講辦書院講學之益，以“妖道”罪被捕致死。
是年，潘季馴主持的巨大治河工程完工，築堤三百餘裏，費銀56萬餘兩。使上下千裏一片汪洋的重災區，得以恢複生產，出現多年未有的興旺景象。
公元1580年庚辰明萬曆八年
李時珍六十三歲。留居南京，聯係刻書事；並繼續作藥物調查工作。九月初，曾去江蘇太倉弇山園訪問學術界著名領袖王世貞，請他為《本草綱目》寫序。王世貞曾任湖廣按察使，時已罷官居家；延李時珍留居數日，相談甚洽；欣然同意為書寫序。並寫詩戲贈李時珍。詩前題曰：“蘄州李先生見訪之夕，即先師（女冠曇陽子）上升時也（曇陽子乃萬曆八年九月九日死）。尋書所校定《本草》求序，戲贈之。”
是年，全國田畝清丈完畢，總計田7 013 976頃，比弘治（1488～1505）年間增加三百萬頃。“於是豪猾不得其隱，裏甲免賠累，而小民無虛糧”。
意大利耶穌會教士羅明堅以重賄入居廣東肇慶，建教堂傳教，是耶穌會士大批來華之始。在此前後，葡萄牙人將煙草、望遠鏡等物，首次傳入中國。
刊刻《十三經注疏》。
文學家淩濛初（～1644）生於浙江吳興。後模仿“三言”，編成“二拍”（《初刻拍案驚奇》、《二刻拍案驚奇》）。其中不少短篇小說，反映了市民思想。
公元1581年辛巳明萬曆九年
李時珍六十四歲。可能仍留南京。
是年，張居正全麵推行“一條鞭法”。按實際丈量田畝，履畝征銀，積極推行貨幣地租製，促進資本主義萌芽的成長。
著名的耶穌會傳教士利瑪竇（意大利人）在廣州穿僧衣，扮和尚傳天主教，後入南京、北京與上層知識分子結合，傳播西學。
公元1582年壬午明萬曆十年
李時珍六十五歲。南京書坊無人願意刻印《本草綱目》。李時珍約於此年前後失望而歸。從此晚年居家，繼續以醫術為人民造福，間與師友往返，飲酒賦詩自娛。
六月，著名政治家張居正（1525～）卒。居正字叔大，號太嶽，湖北江陵人。死後諡文忠公。著有《張文忠公全集》。1573年居首輔（即首相）以來，掌權十年。推行一係列政治經濟改革措施，加強中央集權，限製豪強勢力，清丈全國田畝，實行“一條鞭法”，提倡“厚農以資商”、“厚商以資農”。社會穩定，國勢日強。