船隻開航後不久，為了前進的航線，引起了一場劇烈的爭執，沙密安特認為應該向西南前進，但是他的建議不被采納，而卡裏格主張應向北航行，朝著北美洲或墨西哥前進才能安全地返回秘魯，但沙密安特挑戰性地拒絕了梅達諾下令向正東航行的指示。可是船隻受到風向的影響，始終在北方與東南方之間漂流徘徊，最後大家隻好采納了卡裏格的建議向北航行。
船隻經過赤道、馬紹爾群島、吉爾貝特群島，及被他們命名為聖法蘭西斯可島的孤島（現在的威克島），最後進人了該季節裏的酉風帶，於是船隻又改向東航行。
沙密安特在此和梅達諾決裂，分道而行。梅達諾被迫和卡裏格乘著大王號，和暴風雨對抗，不幸的是船員們染患壞血病，而水和糧食又逐漸缺乏，在疾病、糧食、飲水缺乏的三重打擊下，梅達諾使盡渾身解數，才使船員們沒有發生內亂。
最後終於發現了接近陸地的跡象——有圓木漂浮在海麵的波浪間。不久，天又下了一場及時雨，解除了他們幹旱的危機。船隻出發4個月後的12月19日，大王號發現了地勢較低的加利福尼亞海岸，當大王號在克裏馬海灣下錨時，聖賢號也正緩緩駛進海灣，由於飽受風浪的侵襲，這艘船看來就像是一艘廢棄的船隻。
9個月後，這兩艘船回到喀姚。由於梅達諾的指控，沙密安特被捕入獄。出獄後，他便在英法兩國的船隊裏服務，過著艱辛而且成功希望渺茫的海上生活，至於梅達諾本身在此次航行中的功績也不被承認。
1569年，梅達諾和叔父一起返回西班牙，又向朝廷請願，希望能再派遣探險隊前往探險。這項請願經過了5年，才獲得國王的同意，然後他又花了3年的時間，才招募到誌願者，領著船隻回到巴拿馬。
可是，當他準備向秘魯出發時，卻因個人的債務問題而被捕入獄，等他再度恢複自由時，新任的秘魯副總督卻駁回了他的計劃，使得梅達諾重新出發航海時已是18年後的事了。此後擁有東太平洋貿易獨占權的西班牙開始受到嚴重的打擊，不僅因為一些出沒無常的海盜的騷擾，更因為一位名叫法蘭西斯·德拉克的英國人，開始活躍於當時的殖民舞台上。
英國的作家和船員們雖然也深受南方大陸的吸引想前往南方大陸。但首先必須尋找出前往太平洋的西北航線，於是在1509年至1547年的亨利八世的時代，羅伯特·索恩和羅傑·巴洛航行於這條航線，通過了被認為是美洲和亞州分界線的亞尼安海峽，到達印度。不久，一個新的計劃在英國女王伊莉莎白一世時代被提出——如果經過麥哲倫海峽後繼續航行，或許就能並吞全部南方大陸的領土。
這個計劃是先在當地進行貿易，如果有機會也可以采取掠奪的手段，然後再經由亞尼安海峽口航。這項計劃經過3個月的審核討論後，伊莉莎白女王決定命令德拉克為探險隊的指揮。女王給他的指示是：探險所有不屬於西班牙勢力範圍的陸地，然後經由美洲或摩鹿加群島回航。德拉克把女王話理解為可以不擇手段地進行海盜似的掠奪。
1577年12月13日，德拉克乘100噸的培利康號，率領800噸的伊莉莎白號、50噸的天鵝號、30噸的瑪利黃金號，以及兩艘15噸的小船——開始出發，他們在到達非洲的威爾迪角群島附近時，掠奪了一些葡萄牙的船隻，然後繼續航向南非的東海岸。當年麥哲倫曾在聖佛立安港口遭到叛變事件，而今德拉克也在同一地點遇到類似的情形，雖然叛變立刻就被鎮壓，但是兩艘預備船隻卻已被破壞的難以使用。
其餘的船隻在經過麥哲倫海峽，航行到太平洋時，遇到強風的吹襲，船隻被吹向東南方，瑪利黃金號沉沒，伊莉莎白號被吹離航線，在海麵上漂流。隻有德拉克所乘坐的那艘新改名為鵜鵬號的旗艦培利康號未遭到任何事故。