九宸之下尚設九司、三省、三府，猶如一套組織嚴密的中央政府機構。ＷｗＷＣＯＭ九司的主神為玉府判府真君、玉府左右待中、玉府左右仆謝、雷上相玉樞使相、鬥樞上相上清司命玉府右卿、五雷院使君、雷霆都司元命真君。“此皆雷霆之樞要，故謂之九司，並用申之。另有五方雷王、五方雷霆大帝，亦申之。”(74)又有三省，即雷霆泰省、雷霆玄省、雷霆都省，皆有神主其事，行神霄雷法。正如《紫微玄都雷霆玉經》所：“日宮太陽帝君，雷霆賴以威。月府太陰皇君，雷霆賴以神。北鬥九皇真君，雷霆賴以樞轄。在昔元始尊敕太清無上元君，令九州都仙太史高明大使，判雷霆泰省事;太上玉京左宮仙翁，判雷霆玄省事;三扶教輔元**師，判雷霆都省事。複以浮丘大仙僉事雷霆三省事。自餘以次，官曹並領所治，或曰兼司，或曰分司，其所出治，或巡察官司，則曰行司。四官闕員，皆應選人。往昔劫中曾已選遷，是此四官複當降世，領戶化民，功成複還所治。”(75)
九司、三省主理神霄府之政務，另有四府，則專司調兵遣將，製邪破獄，收攝群魔，其功能相當於兵部、刑部。《紫微玄都雷霆玉經》曰：“北極紫微大帝統禦三界，掌握五雷，蓬君、猷君、翊聖君、玄武君分司領治，罡神、河魁神，是為召雷檄霆之司，九流金火鈴大將軍、丁力士、六丁玉女、六甲將軍，是為節度雷霆之使。九嘯命風雷使者、雷令使者、火令大仙火伯、風令火令風伯、四目皓翁、蒼牙霹靂大仙，是為攝轄雷霆之神。火伯風霆君、風火元明君、雷光元聖君，雨師丈人仙君，是為雷霆風雨之主，中有三五邵陽雷公火車鐵麵之神，中有負風猛吏銀牙耀目飆火律令大神，狼牙猛吏大判官，五雷飛捷使者，五方雷公將軍，八方雲雷大將，五方蠻雷使者，三界蠻雷使者，九社蠻雷使者，實司其令，用讚其權。”(76)這段記述十分重要，因為它幾乎包括了神霄雷部的主要神真。
神霄雷霆的主帥即為蓬、猷、翊聖、玄武四大元帥，合稱北極四聖。《道法會元》卷一六九曰：“夫四聖元帥者，妙德貫於三界，威靈建乎八弦，為鬥罡之大帥，實北帝之雄神，部轄四丁，考召諸魔鬼。”(77)《太上九延祥滌厄四聖妙經》：“四聖元帥，永鎮玉帝殿下，統攝三界妖邪，每歲常乃降於人間，察人善功，賜人昌吉，保持帝祚，覆陰群迷，斷絕惡根，增延祿壽。”其《啟清咒》曰：“仰啟北方四元帥，束縛群魔大聖尊。披頭仗劍偉形容，百萬兵常擁護。蓬猷除凶惡，翊聖真武賜吉祥。臣今伏願降靈壇，一切災厄自消散。”並講述了他們各自的形象。
第一是北極蓬大元帥，他“現三頭六臂之威容，運七政八靈之洪造，帝鍾才震，萬聖齊臨;鉞斧輕揮，群魔碎滅，神光赫赫，常救護於眾生;真性巍巍，誓永興於正道。”(78)《道法會元》卷一七一曰：“蓬大元帥為嗣教外台卿，別有神局，是陰治之有司，號北極驅邪院，如世之殿師，兵府是也。其中皆是陰治主者，乃地界法官是其任也。以舉仙官為任，使拯治陰魔，禁禦萬殺，承陽宣化，保寧山川，生育萬彙，皆荷道化。”(79)同書卷二一七曰：“蓬元帥三頭六臂，赤，緋衣，赤甲，跣足;左一手結蓬印，右一手撼帝鍾;又左一手執斧鉞，右一手結印擎七星;左一手提索，右一手仗劍，領兵吏三十六萬騎，雷公電母，風伯雨師，仙童玉女，羽衣赫赫，各持金劍，乘北方太玄煞氣、黑氣，氣中有五色氣，從空降壇。”(8)《太上北極伏魔神咒殺鬼錄》亦述蓬英武儀貌：“三頭六臂，執鉞斧、弓箭、劍、鐸、戟、索六物，身長五十丈，黑衣玄冠金甲，領神兵三十六萬眾。”