本地區土壤，主要為紅壤、黃壤、山地黃棕壤，山地棕壤和山地暗棕壤，森林線以上有高山草甸土，幹熱河穀有燥紅壤。
本區森林植被比較齊全，幾乎包括了從寒溫帶針葉林到熱帶雨林的一切森林植被類型，森林分布垂直帶譜非常明顯。大體上在海拔2000米以下為幹旱河穀，分布著多刺和肉質灌叢，往上為濕性常綠闊葉林帶，並含有多種落葉闊葉樹種。2000～3000米上下主要為溫性針葉林，其下部陽坡多為高山鬆和油鬆林；陰坡、半陰坡或河穀分布有鐵杉與多種械，樺形成的針闊混交林。高山鬆林與油鬆林的分布大致以四川邛崍山為界，以西為高山鬆林，有川滇高山櫟、雲杉、樺、楊等混生；以東為油鬆林，伴生遼東櫟、白樺和華山鬆。大約在海拔3000米以上屬於寒溫性針葉林，為多種雲杉、冷杉組成的純林或混交林。其上部有紅杉林或圓柏林。在這類垂直帶內，岷江冷杉分布最廣，陰坡多純林，陽坡則出現混交林或分布有較大麵積的高山櫟類及灌叢。在海拔4000～4400米以上的高山，分布著灌叢和草甸。
在本區南部察隅、墨脫、達旺以南的河穀低山發育著熱帶雨林。其垂直帶譜為：海拔1000～1100米以下為低山熱帶雨林和季雨林：1100～1800（2100）米為山地亞熱帶常綠闊葉林；2400～3100米為常綠與落葉闊葉混交林，是本地區鐵杉林成帶分布的範圍；以上到4400米為山地溫帶和山地寒溫帶針葉林，再往上為高山灌叢草甸。
本區森林均為天然林，以成過熟林為主，林齡高，平均樹齡為200年。樹種以冷杉，雲杉為主的針葉樹蓄積量多於闊葉樹蓄積量。
2．南亞熱帶常綠闊葉林
本地區位於西南高山峽穀以東，地勢西高東低，東部和中部低山、丘陵，平原相間分布，地貌類型較多。
（1）西部中、高山地，包括秦巴山地和雲貴高原，是低山丘陵向高山、高原的過渡地帶，大部分海拔高2000～3000米。氣候溫和，年平均氣溫在14～21℃之間，氣溫自北向南遞增；年降水量800～2100毫米左右，由東向西遞減，山地降水高於平原，最多可達2500毫米，總的氣候特征是溫暖濕潤，適宜於多種用材林和經濟林木生長。主要地帶性土壤有紅壤、黃壤和黃棕壤3種。紅壤多分布在海拔低的丘陵地區；黃壤多分布在中，低山地；黃棕壤主要分布在長江以北的山地和江南山地黃壤帶以上。
本地區由於氣候條件較好，天然生長的樹木種類繁多。屬於地帶性的森林植被，以栲、石櫟、青岡和樟、茶、木蘭科屬樹種的常綠闊葉林為主；人工栽培的樹木，以馬尾鬆、杉木、雲南鬆、柏木等最多。在長江以北，因氣溫漸低，降水量減少，落葉闊葉樹種如麻櫟、白櫟、栓皮櫟等樹種比重增大。本地區的樹種中突出的特點是珍稀樹種多，中國特有的孑遺古老樹種，如水杉、銀杏、珙桐、青錢柳、黃杉、香果樹、長苞鐵杉、銀杉、紅豆杉、蜆木等等，均以本地區為多。
在本地區內，因自然條件差別較大，各地所分布的森林樹種也有明顯的區別。例如四川盆地南側的山地，海拔1800（1500）米，主要常綠闊葉樹為栲、刺果米櫧、瓦山栲、峨眉栲、苞石櫟、四川大頭茶、華木荷、大苞木荷、潤樟、油樟等。針葉林以杉木、柳杉生長良好。盆地北沿山地常綠闊葉林，一般在海拔1300米的山地黃壤地段，主要樹種為苞石櫟、青岡、細葉青岡、華木荷、多穗石櫟、猴樟、黑殼楠等。此類森林破壞後，多為馬尾鬆林、巴山鬆林、柏木林和麻櫟、栓皮櫟所代替。
西南山地森林垂直帶譜（2）幕阜山地區。本地區的森林植被以常綠闊葉林為主，垂直分布也很明顯。在海拔800米以下，大部分是馬尾鬆和竹林；在溝穀中有鉤栗、大葉青岡、雲山椆、青岡櫟，栲樹、黑殼楠等，並混生有紅豆杉、穗花杉等。在海拔800～1200米之間，主要是黃山鬆，其次是錐櫟、化香、枸樹、鵝掌楸、椴樹、四照花、櫧等。在海拔1200～1400米之間，主要有白檀、杜鵑、海棠、野山楂、四川冬青、紅果鉤樟、水馬桑等灌木叢。經濟林木以油茶為主，油桐次之。
（3）武夷山地區。本地區為典型的常綠闊葉林地帶，但原生的常綠闊葉林大部分被破壞，目前大麵積分布的為杉木林、馬尾鬆林及竹林。
本地區植物成分複雜，組成種類以甜櫧、木荷為代表。常見的闊葉樹為苦櫧、青岡、石櫟、栲樹、南酸棗、楓香、紅楠等。漸向西南，樹木組成種類逐漸增多，更多地出現黧蒴栲、南嶺栲、羅浮栲、泡花、潤楠等喜溫熱的常綠栲、楠樹種；並有以栲樹、鉤栗、雲山青岡為主的常綠闊葉林。伴生樹種有米櫧、烏眉栲、少葉黃杞、猴喜歡、山杜英、華杜英、深山含笑、華南樟以及水青岡、南酸棗等。
在丘陵山地，大麵積分布著馬尾鬆、映山紅群落以及馬尾鬆、杉木及各種闊葉樹混交林；並有油茶、油桐，茶、果樹等經濟林。在山區，有大麵積的杉木林、毛竹林、各種闊葉林以及杉、鬆、毛竹等混交林，柳杉也有分布。800米以上山地有黃山鬆林，山頂上部為灌木林。