1865年的秋天，在奧地利布台恩自然科學協會的年會上，一位名叫格裏格·約翰·孟德爾的修道士宣讀了題為《植物雜交實驗》的論文。他在論文中論述了生物遺傳的規律，並提出了“遺傳單位”的概念。但與會者們對這位名不見經傳的修道士提出的新理論並沒有給予多少關注。
同年的冬天，遠在美國馬裏蘭州的巴爾的摩舉行了一場盛大的婚禮，新郎名叫查爾頓·摩爾根，新娘名叫埃倫·基·霍華德。婚後不久，埃倫就發現自己懷孕了。
1866年，摩爾根夫婦的頭一個孩子出生了，起名叫托馬斯·亨特·摩爾根。而孟德爾的論文也在這一年的雜誌上公開發表，然而卻依然無人喝彩。當時，沒有誰會將發生在奧地利和美國的這兩件事聯係在一起，但幾十年後，人們發現這似乎是一種事先安排好的巧合，一種探尋生命遺傳規律的巧合。
是的，那個孩子就是我，摩爾根。
我常對好友說自己誕生於1865年：一是因為我的母親是在這一年的年底懷孕的，從一個生物學家的角度來說，一個新生命的誕生應從卵子受精算起；二是因為這一年孟德爾提出了關於遺傳的基本定律，而我正是繼承了孟德爾所開創的遺傳學說，並將其發展成為現代經典遺傳學理論。我好像就是為了接孟德爾的班而來到了這個世界。
我父親和母親的家族都是當年南方奴隸製時代的豪門貴族。雖然由於南北戰爭中南方的失敗，家境已經敗落，父親和母親卻都以昔日的榮耀為自己最大的自豪，並希望年幼的我能夠重振家族的雄風。我的家族出過外交官、律師、軍人、議員和政府官員，卻從來沒有出過一個科學家，而我是一個“異類”。用遺傳學術名詞來形容的話，我是摩爾根家族中的“突變基因”。
有人說我生來就是一個“博物學家”，對大自然中的一切都充滿了好奇心。我最喜歡的遊戲就是到野外去捕蝴蝶、捉蟲子、掏鳥窩和采集奇形怪狀、色彩斑斕的石頭。我還經常趴在地上半天不起來，仔細觀察昆蟲是如何采食、如何築巢的。有時還會把捕捉到的蟲、鳥帶回家去解剖，看看它們身體內部的構造。
有一次，我和堂兄給家裏的貓灌下安眠藥，趁小貓睡熟之際，捆在桌子上要解剖它。但當刀子割下去的時候，小貓被疼醒了，“喵”地大叫一聲，掙脫了我們倆的束縛，躥下桌子逃跑了。
10歲的時候，在我的反複要求下，父母同意把家中的兩個房間給我專用。於是，我自己動手刷油漆、糊壁紙，按照自己的意願把兩個房間重新裝飾一番，然後在裏麵擺滿了自己親手采集和製作的鳥、鳥蛋、蝴蝶、化石、礦石以及各種標本。
小時候我的另一個愛好是看書，特別是那些關於大自然方麵的書。如果沒有人叫我吃飯的話，我可以一整天泡在書房裏。我還有一個從小養成的習性，就是不修邊幅。我從不要求父母添置新衣服，也不會因衣服破舊而難堪。後來我為赴瑞典接受諾貝爾獎途經紐約時，到老朋友韋弗博士的家中過了一夜。韋弗夫婦發現我竟穿著一件很不像樣的大衣，而且大衣的一個口袋裏塞著一包用舊報紙包著的梳子、剃須刀和牙刷，另一個口袋裏是同樣用舊報紙包著的一雙襪子。當韋弗夫人麵露驚訝之色時，我問道：“還有什麼需要帶的嗎？”
對知識的熱愛，使我在學習上傾注了極大的熱情。在14歲生日過後沒幾天便初中畢業了，考入肯塔基州立學院的預科學習（美國的大學預科，實際上相當於中國某些大學的附屬中學的高中）。兩年後，也就是我16歲時順利地轉入了大學本科，我選擇的是理科專業，學習數學、物理學、化學、天文學、博物學、農學和應用工程學等。我最感興趣的博物學貫穿於大學四年的課程之中，還有幸遇到了兩位傑出的博物學教授。對博物學的愛好一直延續到我的晚年，我日後從事胚胎學、遺傳學的研究，可以說是我從小對博物學愛好自然而然的發展與深化。
當我大學畢業時，還沒有想好自己將來的發展方向。同學們畢業後有的經商，有的從教，有的辦農場，有的去了地質隊，而我對這些工作都不感興趣。實際上自己是因為不知道幹什麼好，才決定去攻讀研究生的。我報考了霍普金斯大學研究生院的生物學係。當時的霍普金斯大學創辦僅10年，規模不大，也沒有什麼名氣。之所以做出這個選擇，主要是因為霍普金斯大學位於馬裏蘭州，是我母親的娘家，同時生物學又是與博物學關係十分密切的專業。