20世紀70年代以來，當細菌、酵母、果蠅中陸續發現轉座基因的報道之後，人們才想起麥克托克早在20世紀50年代初就對玉米中的轉座基因有過透徹的研究和報道。至此，麥克林托克那曾被看作是天方夜譚式的異端思想，才逐漸融入當代科學思想的洪流之中，隨之各種榮譽也接踵而來：冷泉港授予她“卓越貢獻成員”榮譽稱號，1978年獲羅森蒂爾獎，1981年獲拉斯克基礎醫學研究獎、麥克阿瑟基金會獎和以色列的沃爾夫基金會獎。1983年。她終於摘取科學界的最高桂冠——諾貝爾醫學與生理學獎。
與現代的分子生物學家相比，麥克林托克具有獨特的研究思想與方法。在物理學、化學的熏陶下成長起來的新一代分子生物學家，他們更看重的是對象的結構而非功能。他們習慣於采用簡單明了的分子克隆方法，將插入順序提純出來，然後進行分子結構的分析。但是如此一來，這樣的死分子也就失去了其活潑、能動的生物學功能。所以，當分子生物學家與麥克林托克剛剛開始合作時，他們之間甚至無法交流——因為兩人說的不是同一種語言。前者僅關注於什麼材料合適於克隆。對此，麥克林托克帶著驚恐甚至是輕蔑的眼光。當時，分子生物學家已經發現，噬菌體的染色體能插入細菌基因之中，它類似於玉米中的轉座因子，但是，麥克林托克拒不同意這樣一種簡單的類比，她強調真核生物的複雜性，僅相信遺傳雜交實驗所闡明的一切，她還斷然聲稱：控製因子是一種基因，但卻是一種不同尋常的基因，這不僅表現在它們的功能上，而且也表現在它們的性質上，亦即Ac、Ds不是由具體的物質分子所組成，它們僅代表了染色體特定結構的一種改變形式。最終，玉米中的轉座因子被克隆，其分子順序也被測定，Ds因子具有雙倍的結構，所以能導致染色體的斷裂。隨著轉座因子的插入，染色體的DNA分子也確實變長了。在這一點上，分子生物學家的做法顯然是正確的。
麥克林托克的教育背景以經典遺傳學為主，相比於分子遺傳學，經典遺傳學有其獨特的優越性，因為它直接將基因與功能對應起來，省去了中間過程，而不是像分子遺傳學家那樣，僅關注於基因決定蛋白質的過程上。這就對想象力的發揮以及直觀的邏輯推理能力的運用，提出了更高的要求。對麥克林托克來說，她主要是用她的眼睛以及直覺推理能力，再輔之以顯微鏡和少數簡單的反應物，當然還有正確的雜交試驗，她選擇、分析、保存了大量有用的玉米株係，提供給任何對此感興趣的人。麥克林托克的過人之處在於，她看重偶然的失敗，認為這正是線索的開始。憑著一雙訓練有素的眼睛，她總能看出一些不尋常的事例，比如有色背景上無色區域的分布，或是染色體上某一特殊位點的斷裂。而接下去的推理又是如此複雜，對事實的分析一環緊扣一環，以至令許多遺傳學家難以理解。但是，它卻充分展現了人類智力以及想象力所能達到的深度。正是在此意義上，麥克林托克認為，人類基因組這一宏大工程僅僅是一種編織手藝，因為它從根本上缺乏深刻的原創性和恢弘的想象力。也許這正可說明，麥克林托克對於分子遺傳學方法冷淡的原因。雖說麥克林托克沒有受過正規的分子遺傳學訓練，但她自40年代起就一直在冷泉港實驗室這一分子遺傳學研究的中心工作，她長期與分子生物學家共事，每次學術報告她都不錯過，並且總能提出一些發人深省的問題，可見她是完全跟得上分子遺傳學的前進步伐的。正如她鍾情於玉米一樣，她也鍾情於經典遺傳學的方法，因為它富有想象力，並且直接麵對活生生的功能。
對於一個分子生物學家來說，他們更多地將細胞僅僅看作是一個試管，裏麵充滿了蛋白質和核酸複合物。而麥克林托克則首先把生命體看作是一個有序的整體，其中的每部分都處於相互聯係的網絡之中，對於微小的擾動，它能發揮有益的調整功能，轉座體係即是其中的一部分。這一獨到的體驗也深深地影響了分子生物學家。夏皮洛回憶到，當他於20世紀70年代後期首次與麥克林托克接觸時，他才意識到這些因子必須整合到有機體的整體功能時才有意義——正是循著這一正確的思路，他才深入到了細菌的遺傳係統之中，並做出獨到的發現。