關於巴拿馬鐵路公司和巴拿馬籍工人的衝突，運河公司和哥倫比亞政府的交涉進行的並不順利，這也是福特·本傑明挑撥巴拿馬政府脫離哥倫比亞的真正原因。
客觀上，當日的衝突，巴拿馬鐵路公司雖然有很大責任，但錯誤並不全在巴拿馬鐵路公司一方，工人方麵也有責任，如果工人們的情緒能夠穩定一點，能夠多一點耐心，采用更溫和的手段和鐵路公司交涉，那麼最後的結果不會惡化的那種程度，畢竟巴拿馬鐵路的運營仍然需要本地工人的配合，所以運河公司最終還是會為鐵路公司之前管理層遺留下來的問題買單。
工人們大概也是擔心人走茶涼，所以才會采用“持械圍攻”這種極端方式試圖討回自己應得的報酬，但運河公司作為一家剛剛入住巴拿馬的企業，在某些事上也一定要表示出自己的強硬，這樣才能減少將來可能的更多麻煩。
種種原因綜合在一起，最終釀成當日的慘劇。
現在運河公司的態度非常堅決，對於哥倫比亞政府，運河公司要求哥倫比亞政府保證，以後絕對不能有類似事件發生，哥倫比亞政府必需保證巴拿馬鐵路的運營不受到任何客觀因素幹擾，至於那些在當日衝突中遇難的工人，運河公司可以酌情給與補償，但並不是以“賠償”的名義，而且補償的金額被限定在十萬美元以內。
這樣的條件，哥倫比亞政府當然不可能接受，如果是美國政府代表運河公司出麵和哥倫比亞政府交涉，那麼或許哥倫比亞政府會委曲求全，但對於一家企業而言，哥倫比亞政府還不想低頭低的這麼痛快。
即使是姿態，哥倫比亞政府也要表現的強硬一些。
和對待巴拿馬政府不同，運河公司雖然也對哥倫比亞政府官員進行賄賂，但賄賂的力度並沒有對待巴拿馬政府那麼大，畢竟哥倫比亞政府和巴拿馬政府不同，縣官不如現管，哥倫比亞政府的胃口也更大，運河公司不可能滿足哥倫比亞政府的所有要求，否則將來會遺患無窮。
從七月中旬到八月中旬，運河公司特派的談判組和哥倫比亞政府先後進行了四次談判，但都沒有在處理衝突事件的意見上達成一致，運河公司管委會逐漸失去耐心，既然哥倫比亞政府油鹽不進，巴拿馬公司又已經順利組成，那不如換個思路，或許問題就會迎刃而解。
關於這一點，李牧和洛克菲勒的意見再次驚人的一致，J·P·摩根雖然感覺有些不妥，但也沒有表示強烈反對。
牽涉到自己的利益，J·P·摩根也會走下神壇。
八月底，為了徹底解決雙方的爭執，談判現場終於從波哥大來到巴拿馬，運河公司和哥倫比亞政府組成聯合工作組進駐巴拿馬，準備在充分聽取各方意見的前提下，找到有效解決問題的途徑。
在巴拿馬，運河公司一方的代表和哥倫比亞政府的代表受到截然不同的待遇。
雖然巴拿馬運河還沒有正式開鑿，但運河公司在巴拿馬地區已經有了足夠的存在感，巴拿馬公司、巴拿馬鐵路公司、以及運河公司等數家企業的入駐，使得巴拿馬城幾乎成為運河公司的下，運河公司的談判組是代表運河管理委員會出麵，等於是總公司來人，在巴拿馬自然受到幾家兄弟企業的熱情招待。
為了招待談判組，巴拿馬公司在巴拿馬城租借了一個據是屬於殖民時代總督所有的一座城堡，作為談判組的駐地。
當談判組乘坐的客輪停靠在巴拿馬港的時候，為談判組準備的汽車已經等候在碼頭上，羅伯特·克洛寧、福特·本傑明、倫納德·吉爾莫等各公司領導層，以及埃迪·豪斯曼等巴拿馬政府官員到港迎接。
簡單的歡迎儀式之後，聯合工作組的成員們分別上車，準備前往墾丁城堡參加運河公司為聯合工作組準備的歡迎午宴。