但在另一方麵，為了在修道院裏生存下去，孟德爾不得不硬著頭皮啃那一大堆枯燥晦澀的神學課程，如教義學、教會史、宗教法、神學和倫理學等。四年後，孟德爾修完了修道院規定的神學的全部課程，又經過一年的見習，被正式提升為神父，負責教會醫院的傳教工作。但是，他最感興趣的還是修道院裏的那個小植物園和標本室，一有空閑，就跑到那裏去擺弄花草，搞一些植物雜交實驗。
孟德爾是一個做事認真的人，在他所負責的教會醫院的傳教工作中，他講解得非常認真、努力，表現出了具有傳道、授業的特殊才能。正巧，修道院附近的策涅姆大學預科學校需要一個教物理學和博物學的代理教師。主教納帕看中了這個思想敏銳、活潑好動、勤學上進的年輕人。一天，主教把孟德爾叫到身邊說：“年輕人，去傳授自然科學知識給學生們，你看怎樣？”這正中孟德爾的下懷，他早就想離開這裏，換一個工作環境。因為他患有一種輕微的神經質疾病，每當在醫院裏傳教，看到病人的痛苦狀時，便會極度恐懼，他非常想換一種事情去做，這樣也許更能發揮自己的才能。教師生涯也許能擺脫神學的纏繞，他願意把自己十分喜愛的自然科學知識傳授給學生們。
一般來說，在預科學校當教師，必須受過大學教育並通過教師過關考試，而孟德爾沒有任何資格。但他學識淵博，待人謙虛，講課生動、形象，深受學生們的愛戴。每到節假日，學生們便來到修道院，和孟德爾探討各種問題。孟德爾帶著學生們到植物園，教他們學習植物雜交技術，講解植物花草的有關生物知識。對每一個學生來說，這位和藹可親的教士，既是良師，又是益友。
1850年夏天，孟德爾來到維也納大學參加教師轉正考試，出乎他的意料，他竟然沒有通過這次考試，孟德爾充滿自信的眼中流露出了迷惑和不解，但挫折並不能動搖他的意誌，他接連參加了兩次考試，但都失敗了。原來他的富於獨創性見解的答卷，超過了主考官們所能理解的水平。他們在孟德爾的自然科學試卷上寫著這樣的評語：“該考生對這門課程的傳統知識不夠理解，他使用自己的語言，表達自己的觀念。”囿於傳統知識的圈子內，主考官們當然不能理解這位未來優秀科學家的真知灼見。但是，皇天不負苦心人，英才終究會有人欣賞，維也納大學的物理學教授、物理學評卷人被他的頑強精神所感動，同時也十分欣賞他的物理天賦。1851年暑假，他寫信給納帕主教，建議送孟德爾到維也納大學學習。同年十月，孟德爾來到了這所夢寐以求的高等學府。
維也納大學的進修，對孟德爾來講是從天上掉下來的好事，在他的一生中，這段學習生活無疑是最幸福的。在這裏，他猶如久旱的禾苗貪婪地吮吸著知識的雨露和養分。作為一個進修生，他的學習時間不像其他學生那麼寬裕，他分秒必用，為此，他放棄一切娛樂活動和節假日休息時間。除了必修課外，他還大量閱讀最感興趣的數學、物理學和生物學方麵的書籍。
就這樣，孟德爾僅用了兩年時間就學完了一般學生需要用三年多時間才能學完的全部課程。
維也納大學是歐洲有名的大學，這裏集中了一大批優秀的科學家，其中有著名的物理學家——“多普勒效應”的發現者多普勒，著名物理學家、數學家愛汀豪森，歐洲最優秀的植物學家翁格爾等人。孟德爾分別在他們的手下學習和工作過。在他們那裏，不僅學到了一個科學家所必須具備的嫻熟的實驗操作技巧和敏銳的觀察能力，而且還在研究方法上得到了訓練。
比如，愛汀豪森的用數學方法解決自然科學研究問題的思想，為以後孟德爾進行遺傳實驗時創立獨特的數學統計方法提供了強有力的思想基礎。