自然界中存在的細菌在自然界的物質轉化中起著不可缺少的作用，它們多數是對我們有利的。由於這些細菌的存在，使自然界的N、C、S等許多元素及其所組成的物質處於循環往複的轉化中，同時由於這些細菌的存在改善了土壤的成分和結構。這對我們來說是很有意義的，因為動植物都直接或間接地從土壤中汲取養分。當然，在自然界中還存在著一小部分致病性細菌，它們能引起各種動植物病害，有的甚至造成災難，所以說細菌既是人類的朋友，也是人類的敵人。
真菌
真菌在自然界中分布很廣，種類繁多，現已發現的真菌有十萬多種。它們包括單細胞真菌——酵母菌、絲狀真菌——黴菌和大型真菌。
真菌與微生物家族中的其他成員有很大的差別。首先它跟高等生物一樣，是真核型的，即有完整的細胞核及細胞中有各種各樣的細胞器。其次許多真菌我們肉眼可見，如梅雨天，許多東西長黴，可看到毛絨絨的苗絲；我們平常吃的蘑菇、香菇、藥用的靈芝、冬蟲夏草等；還有的蕈類子實體直徑可達1米左右，它們也都屬於真菌。這些都是我們可用肉眼看見，把它們當作微生物似乎不妥。但它們在生物特性上與高等生物存在很大差別，它們又的確屬於微生物。
酵母菌
提起酵母菌我們大家都比較熟悉，做饅頭、麵包、釀造啤酒等都要利用它發酵。酵母菌是分屬不同種群的單細胞真菌的一個總稱。酵母菌多數是單細胞的，形狀因種而異，但基本形狀為球形、卵圓形和圓柱形。有些酵母在無性繁殖過程中子細胞與母細胞不分離而連成絲狀，如熱帶假絲酵母。酵母菌細胞大小，由於種類不同，差別很大，酵母菌一般長2～3微米，有些則長達50微米，寬度通常在1～10微米。酵母菌在培養基質上生長情況與細菌相似。酵母菌的結構與高等生物的細胞相似，含有細胞壁、細胞膜、細胞質和細胞核及各種細胞器，如線粒體、肉質網、核糖體等。
酵母的繁殖方式有有性繁殖和無性繁殖兩種，而以無性繁殖為主。無性繁殖又分芽殖和裂殖，前者在母細胞表麵，向外突出形成一個小芽，最後芽體脫落，形成新個體，多數酵母以這種形式產生子代。而後者像細菌一樣，母細胞一分為二，形成二個新個體。
絲狀真菌
大多數真菌都是由有分枝的菌絲組成的，縱橫交錯的菌絲組成菌絲體，而有的在此基礎上再形成各種形狀的子實體。菌絲分為無隔菌絲和有隔菌絲兩類。無隔菌絲整條菌絲也就是一個多核的單細胞，中間沒有橫隔膜，菌絲在生長過程中隻有細胞核在分裂和原生質在增長，而細胞數目沒有增加。有隔菌絲在菌絲中則有橫隔膜隔開，每一隔為一個細胞，因而，有隔菌絲為一個多細胞體，在菌絲生長過程中，每個細胞也隨之分裂，因而細胞數在增加。
絲狀真菌的菌絲直徑在3～10微米左右。菌絲細胞是由細胞壁、細胞質、細胞膜和細胞核及細胞器組成的。絲狀真菌的菌絲體，雖不像高等植物一樣有根、莖、葉的分化，但其菌絲還是有功能分化的。有生長在固體基質中的，可以攝取營養的營養菌絲；還有的菌絲伸展在空氣中，向上生長，故叫做氣生菌絲；氣生菌絲生長到一定階段，頂部的菌絲成熟分化成繁殖器官，在其頂端可產生孢子，這段菌絲就叫繁殖菌絲。