赤木律子知道碇源渡沒有死，並且和碇真嗣在一起，動用了全部力量，在東京市搜尋著碇真嗣和碇源渡，卻一無所獲，她有一個大學同學，在醫院工作，告訴她似乎發現了她要找的人，她趕到醫院的時候，才知道碇源渡瘋了，一個十四歲的孩子帶著一個瘋子老爹，唯一的去處，隻有自己最熟悉的地方，她來到碇真嗣的老家，果然找到了他們，不過情況的嚴重超出了她的預計。
經過這幾日的漂泊，本就自閉的碇真嗣，變得更加警惕，他去警察局報案，被人趕了出來，他終於明白，那個男人的勢力非同小可，碇真嗣不敢相信什麼赤木律子，但他畢竟隻是個十四歲的孩子，經過赤木律子的一番開導，終於說出了事情的所有經過。
聽完的赤木律子又帶著他去了一趟醫院，果然還是一樣的結果，赤木律子留下一些錢，又給他找了一個新的住處，安排了一個保姆伺候碇源渡，叮囑他這件事不可以對任何人說，然後回到了東京，每個月都給他寄來生活費。
碇真嗣很感激赤木律子，每日上完學，回家照顧父親，正當他以為一輩子都這樣了，不久前他在放學的路上碰到一個少年，自稱渚薰，碇真嗣不以為意，等他回到家的時候，發現那個少年竟然在他的家中，而少年的腳下還躺著一個全身白色的怪物，那熟悉的模樣，碇真嗣一輩子無法忘記。
他慌忙衝進了屋子，發現父親躺在床上，安然無事，而保姆卻不見了，正當碇真嗣不知所措的時候，渚薰告訴他保姆就是那個白色的怪物，其實他的一切都在宇智波斑的監視下。
碇真嗣先是不信，隨著少年的敘述，明白了一些事情，碇真嗣心中大怒，他一直當作恩人的赤木律子，竟然和那個壞蛋是一夥的，其實碇真嗣完全誤會了赤木律子，白絕的出現，她根本不知情，她太低估宇智波斑了，從她去找碇源渡開始，已經掉進了斑的陷阱。
渚薰告訴他，自己是SEELE的人，碇真嗣並不知道什麼是SEELE，但根據渚熏的講解，SEELE是他父親的上屬機構，宇智波斑改寫了他父親的記憶，獨占了NERV的總部，並且毀滅了整個SEELE，讓他更驚訝的是，整個東洋國竟然都在宇智波斑的掌控下，想到自己在警局的遭遇，碇真嗣開始相信渚薰的話。
父親變成白癡，恩人是內奸，一切都和宇智波斑有關係，甚至父親的大腦損壞，也是宇智波斑親自動的手，碇真嗣心中又憤怒又迷茫，他慌忙求助渚薰，畢竟渚薰可以消滅恐怖的白色怪物。
結果讓他大失所望，渚薰也幫不了他，還未等他多想，渚薰又告訴他，要趕緊離開這裏，用不了多久宇智波斑一定會發現他們，憑借他的力量，沒有把握擊敗宇智波斑。
碇真嗣有些籌措，這段時間他經曆的事情，超出了十年中所見過的事情，經過赤木律子的前車之鑒，他不知道該不該相信渚薰，他和渚薰才認識一天，不明白渚薰為什麼要幫他。
此時的碇真嗣神經高度緊張，這些複雜的事情，搞的他近乎崩潰，他不知道為什麼宇智波斑將他父親變成了瘋子，還不放過他們。
但是渚薰告訴他，以後自己也許可以修複碇源渡的記憶，這個事情擊破了碇真嗣的心理防禦，大喜過望的他，不再遲疑，帶著了碇源渡，跟著渚薰離開了東洋國，來到了美國，一個完全陌生的地方。
他從小到大隻去過一次東京，出國對於他說是不可想象的事情，這一路上，碇真嗣經曆很多第一次，他見識了渚薰的厲害，心中更加的肯定，渚薰一定有辦法醫治父親。
到達美國以後，他和父親被渚薰安排到一個隱秘的住所，有時候渚薰會來看他，隻不過不讓他出現在城市中，隻有夜深人靜的時候，他才能偷偷的跑出屋子，望著滿天繁星，感受一下新鮮的空氣。