起航十分順利，航行6天以後，到達了位於北大西洋東部的加那利群島。
就在船隊在這裏補充淡水和食品的時候，一艘小船飛也似地從大船方向駛來。
來船是塞維利亞城要塞司令、麥哲倫的嶽父巴爾波查專門派來的。來人要親自見麥哲倫，將一封十分秘密信件交給了麥哲倫。
麥哲倫連忙拆開密信，上麵說據可靠消息，遠航船員中隱藏著陰謀分子。
務必注意個別官員，他們上船前曾揚言一有機會就會中止遠航，或殺掉麥哲倫。
嶽父的信中還特別提醒說：“……注意聖安東尼奧號的船長卡爾塔海納，此人自以為是西班牙國王委任的與你有同等權力的負責人之一，是國王的親信，因而驕橫狂妄，心懷叵測，要特別提防……”
麥哲倫看罷密信，心中暗暗吃驚。但他仍很鎮定，不慌不忙燒了密信，指揮船隊起航繼續前進，一邊留心觀察周圍，防止事變。
海上航行十分順利，沒有狂風暴雨，沒有巨浪危險。半個月後，麥哲倫發現，一些西班牙官員在暗中活動，時而製造謠言，時而散布不滿。
在麥哲倫根據洋流和風向，提出船隊到佛得角群島以後，橫渡大西洋駛向南美洲的時候。卡爾塔海納站出來反對：“我不同意。不僅這次不同意，今後有關改航向的一切決定，都必須征求我的同意。”
麥哲倫反駁卡爾塔海納：“我是船隊的總指揮，你的職責是白天按照我的旗幟，晚上按照我的航燈行駛。”
卡爾塔海納說：“不。指揮船隊是我和你！”
麥哲倫無法說服卡爾塔海納，就采取了果斷措施，逮捕了他，讓麥斯基塔擔任船長。
兩個月以後的11月底，麥哲倫率領的船隊順利地橫渡了大西洋，來到南美洲巴西海岸，並花費了兩個多月時間尋找通向大南海的海峽。
盡管他們耐心地尋找，仍然是一無所獲。海峽在哪裏呢？他們找不到。
此時，南半球的冬天來臨了，氣候變得不宜於航行了。麥哲倫思考再三，決定在當地停船休整，度過寒冷的冬天。
他們找到了位於南緯40°附近的一個平靜的名為胡利安的港灣，麥哲倫指揮船隊進港，四艘均停泊在灣內，惟有他的旗艦停泊在灣口，占據了有利的地位。麥哲倫心裏明白，不防一萬，要防萬一。
天氣越來越冷，港灣附近又十分荒涼。麥哲倫要求全體船員一律按計劃進食進水，從而縮減口糧，以度過冬天。
天降大雪，寒風呼嘯，再加上縮減了口糧，這給混進船員中的葡萄牙奸細製造了鬧事的借口。他們暗中鼓動，要求麥哲倫返航。
麥哲倫態度堅決，對大家說：“情況雖然艱苦，但並不很壞。我們還有足夠的食物，除此之外，還可以捉些禽鳥，打些魚蝦補充食物。我們不能半途而廢！在沒有找到海峽，到達大南海之前，我是決不後退一步的！”
麥哲倫講的道理以及他的堅定態度起了很大作用。那些被奸細慫恿鬧事的人不再鬧了，但西班牙的某些官員仍在策劃反對麥哲倫的行動。
在基督教複活節前的禮拜日，維多利亞號的船長緬多薩、康塞普遜號的船長凱薩達以及被免職囚禁在維多利亞號的卡爾塔海納聯合發動一場嘩變。
他們使用武力登上了聖安東尼奧號船，扣押了麥哲倫任命的船長麥斯基塔。
這樣，聖安東尼奧號、維多利亞號、康塞普遜號三艘船一起宣布不再接受麥哲倫的指揮。
叛亂分子正式通知麥哲倫：“我們不再聽從你的指揮。我們要求你親自到聖安東尼奧號來，商議關於國王命令所規定的事項。”
麥哲倫對叛亂早有準備。局勢雖然極其嚴重，但他鎮定自如，毫不慌亂。
他不會把自己送上門束手就擒。他知道自己的旗艦把在港灣口上，叛亂分子一個也逃不走。特別使他鎮定的是，他了解大多數船員是通情達理的。
麥哲倫與來旗艦送最後通牒的人說：“好，讓我考慮一下。你們等一等。”
麥哲倫使用緩兵之計穩住送信人，與此同時，他對保安官埃斯比諾沙說：
“你迅速帶領六名武裝水手，乘坐小船到維多利亞號。把我致船長緬多薩的信交給他。在他看信的時候，除掉他。要幹得幹脆利落！”
“是。”埃斯比諾沙按麥哲倫的吩咐迅速乘船登上了維多利亞號。他對船長緬多薩說：“總領隊麥哲倫先生有信給您，請看。”
緬多薩不知是計，接過信閱讀，說時遲，那時快，埃斯比諾沙乘其不備，抽出短劍，一劍刺死了緬多薩。
與此同時，麥哲倫又對他的內弟杜亞脫·巴爾波查說：“你率領15名武裝弟兄，迅速乘小船前往維多利亞號，在緬多薩被處決之後，立即將船開到旗艦旁邊。”
功夫不大，小巴爾波查果真將船開了過來。這樣，在港灣口上一列排開了三艘船：旗艦特裏尼達號、聖地亞哥號、維多利亞號。