選配分為品質選配和親緣選配兩大類。
品質選配
品質選配就是考慮交配雙方品質對比度進行選配。所謂品質，既可以指一般品質，如體質、體型、生物學特性、生產性能及產品質量等方麵的品質，也可以指遺傳品質。根據公牛、母牛雙方的品質對比，品質選配可分為同質選配和異質選配兩種。
同質選配。是選擇性狀相同、性能一致的公牛、母牛交配。如被毛顏色相同的公牛、母牛交配，體型高大的公牛、母牛交配，乳脂率高的公牛、母牛交配。這種選配方式，可使親本的優良性狀穩定地遺傳給後代，並得以保持和提高，使具有這種優良性狀的個體得以增加。一般是當雜交育種到了一定階段，出現了理想型，采用同質選配，使理想型固定下來。
異質選配。是選擇性狀、性能不同的公牛、母牛進行交配。異質選配多在下列情況下應用：一是結合父、母雙方不同的優良性狀，如用乳脂率高的個體與產奶量高而乳脂率低的個體交配，從而獲得產奶量和乳脂率都高的後代；二是以一方的優點糾正另一方的缺陷，如用背腰平的公牛和背腰凹陷的母牛交配，用體大的公牛與體小的母牛交配，用尻寬的公牛與尻窄的母牛交配。實踐證明，通過異質選配新產生的後代，在生活力、適應性、生產性能等方麵都有所提高。因此，在種牛場培育品種的最初階段或商品牛場，多采用這種選配方式。
親緣選配根據公牛、母牛之間親緣關係的遠近來安排交配組合。
如雙方有較近的親緣關係，就叫近親交配，簡稱近交。在畜牧學上，近交是指在6代或6代以內具有共同祖先的公牛、母牛之間的交配。反之叫非親緣交配，更確切地稱為遠親交配，簡稱遠交。遠交概括起來可分為兩種情況：
群體內的遠交。這種遠交是在一個群體之內選擇親緣關係遠的個體相互交配。群體內的遠交在群體規模有限時有重大意義，因在小群體中，即使采用隨機交配，近交程度也將不斷增大，此時人為采用遠交，回避近交，可以有效阻止近交程度的增大，從而避免近交帶來的近交衰退現象。
群體間的遠交。這種遠交是指兩個群體的個體間相交配，而群體內的個體間不交配。因為涉及不同的群體，這種遠交又稱雜交，而且根據交配群體的類別，有時進一步分為品係間、品種間的雜交（簡稱雜交）和種間、屬間雜交（簡稱遠緣雜交）。