東飛簷認為忍者所追求的，其實就是極限體術，而這個目的跟東密不謀而合，因此他這才大浪淘沙給忍者選中了這種秘法修行的方法。並且日本自古以來就崇尚佛教，東飛簷的這個選擇真可以說是瞞天過海推波助瀾事半功倍啊。
說到東密密宗，他們這一派視大日如來為萬物之主，極力推崇傳承、真言和密咒，其中主要的修法之一，就是傳說中的“九字秘印”：【臨、兵、鬥、者、皆、陣、列、在、前】！
除了精神層麵的修煉，東飛簷還提出了“食、香、藥、氣、體”五種必修科目，俗稱“忍者五道”。
“食”，指的就是忍者的食譜。為了輕巧出沒於樹枝屋頂，煉出一身卓越輕功，合格的忍者體重一般不超過六十公斤，一日三餐均以黑米、燕麥、豆腐、磨芋為主。
但是同時也為了能保持充沛的體力，芝麻、鬆子、紅糖、鵪鶉等富含蛋白質、鐵、維生素的食品也不可缺少。這一食譜與現代生活倡導的“低熱量、高營養”不謀而合。
“香”，是指忍者能通過衣服上的味道判斷對方的經濟情況與地位。而為了掩飾自己忍者身份，忍者常用商人、修煉者、和尚等七種變身，用丁香、檀香、桂皮等香料來製造不同的體味，增強變身的真實性。
“藥”就更不簡單了，忍者通常是醫生和藥物專家的雙料博士，他們善於運用山林中的各種植物和草藥來治傷醫病。與此同時，他們為了在長時間潛伏時避免蚊蟲叮咬，還會隨身攜帶著大量驅蟲藥。此外，忍者隨身還會攜帶迷香，烈性毒藥、雄黃、淫羊霍等藥物，以便用於不同的任務需要。
“氣”，指忍者平常錘煉心性，在實戰中精力集中，果斷勇猛且處驚不變，與中國武當派的修煉方法有著驚人的相似。
“體”，是指忍者注重肌肉與關節的鍛煉，配合靜坐、呼吸、按摩、針炙等恢複方法來鍛煉自己，以適應各種武技的需要。
除了這忍者五道和九字秘印之外，東飛簷還提出了更實際的訓練體係，比如說技能訓練和體製訓練等等。
東飛簷認為忍者家族的小孩不論男女，都必須繼承祖先的職業傳統，從五歲就應該開始就接受體能訓練了。而體能訓練的種類有五種：平衡、靈敏、力量、持久及特殊技巧。
五歲小孩的平衡訓練是從走竹竿開始的，當他們能夠在滾圓的竹竿上行走而不滑下的時候，就可以將竹竿逐漸升高了。當然，你要是掉下來摔死，那也就摔死了。竹竿的高度最終要升到三四十尺高，忍者們在其上奔跑跳躍如履平地，在實戰中就能在樹上、屋頂及牆頭上下攀援，行走如飛了。
而忍者靈敏的訓練卻是跳過插著刀片的繩子，在布滿利刃、槍尖的狹道中拐彎抹角的急速穿行，等等等等。當然了，還是那句話，在訓練當中死傷自理，既沒醫保也沒意外傷害險，死了白死。
持久及力量的訓練最為艱苦，忍者會用雙手掛在樹上支持全身，而下麵卻放滿暗器，不任何人鬆手跳下，以恐懼來激發體內的潛能作長久的支持。除了這個，長跑更是忍者的基本功，要求連續跑上五十公裏路而不停下來休息，日行百裏是家常便飯。
至於忍者們的特殊技巧訓練，死傷就更大了，比如說他們的徒手搏鬥，投毒解毒等。當然了，在這些特殊的訓練中，也包括一些沒有危險的，比如說化妝術。