天降亂離兮孰知其由，奸臣得計兮謀國用猶。忠臣發憤兮血淚交流，以此殉君兮抑又何求。嗚呼哀哉兮庶不我尤。
書罷，將筆投於地，對燕王罵道：“你篡奪神器，千古罪人，方某死即死矣，詔不可草！”
燕王怒不可遏，暴跳如雷：“你‘死即死矣’，可豈能速死？就是死，不念及九族之性命嗎？”
這話也是方孝孺激起來的。燕王原本沒有誅滅方氏“九族”的打算。不料方孝孺竟指著燕王鼻子罵道：
“便十族，又奈我何！”“十族？哼哼！十族！”
燕王忍無可忍。實際上他是被方孝孺“逼”到懸崖上了。方孝孺用這種方式向他挑戰，他不接受也不行的。他太陽穴崩崩亂跳，長髯亂抖，臉上已無血色。頓足而呼：
“好好好！就誅你十族！”
方孝孺聽了，竟孩子似地笑著蹦起來：“哈哈哈，你這奸雄，必遭雷殛的亂賊，你敗於我也，敗於我也！”
燕王不能允許他繼續罵下去，便令伍雲：“且與我豁他的嘴！快！”
伍雲便用刀將方孝孺的兩個嘴角左右豁開，直至兩耳。但這樣一來就形成了一張笑著的大嘴。燕王更覺可恨。也隻好令伍雲再將他押回獄中。又令錦衣衛即以“十族”為範圍，盡逮方孝孺宗親眷屬，又擴大到朋友、門生，一律判以“淩遲”，亦即“寸磔”。伍雲是個內行，請示對方孝孺應割多少刀。倒問得燕王一愣。說實話他也不知道“淩遲”之罪在執行當中還要分幾個等級的。他就氣咻咻地信口回答：“這個挨千刀的！”伍雲馬上接口說：“遵旨。”這就是定了“一千刀”的標準。
其實在明代之前，淩遲一般分八刀、二十四刀、三十六刀、七十二刀、一百二十刀五個標準。當然到了後來，譬如明正德年間和崇禎年間，就有了四千二百刀（劉瑾）和三千六百刀（鄭曼），但那的確是罕見的特例。伍雲請示燕王應割多少刀，說來這也是多此一問，是他為了邀寵新帝而已。他如果不問，按照慣例，一般是二十四刀之數。再減去已經在嘴上割過了的兩刀，還應割二十二刀至死。
既已定了“一千刀”的標準，割起來就相當麻煩。須用漁網狠狠地將犯人的肉軀勒緊，使其膚肉從網眼兒裏突出，然後一個網眼兒一個網眼兒用快刀削。這種情景燕王是不可能有暇看到的了。
方孝孺被“滅十族”，這是千古罕見的“個案”。後世的人們對此頗感興趣。大都罵朱棣為暴君，卻也有人認為朱棣乃“因激所致”。不管怎麼說，事實上朱棣是上了方孝孺的當——方孝孺情知難免一死（他如不死，何以對得起其“正學”的“頭銜”？），故爾用他（及其“十族”）的死，來為自己築起一座豐碑，並且讓朱棣擔了千古罵名兒。
所以，在對待方孝孺這件事上，朱棣從萌生令其草詔的念頭，直至誅其“十族”，他是大錯而特錯了。他徹底地敗在了方孝孺手下。
盡管方孝孺拒絕草詔，盡管有不少建文遺臣不樂意歸附（僅六月十三破城那天，縋城而逃的大小官吏就有四十餘人），但燕王即皇帝位已是大勢所趨不可逆轉的了。既已決定，馬上就辦。臣僚們都忙活起來。
六月十七日是新帝登基的吉日。朝暾升起時，燕王騎了馬，由眾將士前呼後擁著，離開龍江，走向城裏。
他沒有乘坐車輿，也沒有使用親王儀仗。身邊隻有幾名內官，再便是軍人了。他為何以這樣的姿態進城呢？莫非別有用意嗎？他是想向人們展示“馬上天子”的風采。
他是想讓那些上年紀的應天（集慶）人，想起當年太祖進城的情景。
燕王騎著他的戰馬緩緩走近金川門。一切如他想象和期望的那樣，城中父老簞食壺漿，鳴放鞭炮，夾道歡呼；文武臣僚及應天府的官吏也都匍匐於地，做出戰戰兢兢不敢仰視的模樣。而他則以極平易極慈祥的神態，向人們頻頻招手示意，甚至抱拳向耆老們還禮。天氣是那樣的美好。恰是新雨過後，一滌塵垢，氣清風爽，霞光萬道。街衢兩邊萬頭攢動，誰不想瞻仰真龍天子的威儀呢？
燕王騎著他的戰馬緩緩東行。東麵是皇城，他已經能看到奉天殿的殿脊了。然而這時候路邊卻有一人衝過來，跪到他的馬前。他收緊馬韁。見那人穿的是朝官補服，朗聲說道：
“臣翰林編修楊榮參見大王殿下。且請殿下留步……”
他身邊的衛士感到驚奇：是誰如此大膽，竟敢阻攔王駕呢！便要將楊榮拉走。但卻被燕王製止了。燕王說：
“卿有何事，請講。”