1942年1月2日，日軍進入馬尼拉。
東條的侵略野心很大，但兵員不足，力不從心。就在日軍進入馬尼拉的當天夜裏，東條指令南方軍司令向巴丹半島發動進攻，因兵力不足，損失慘重。東條對巴丹前線進展緩慢大發脾氣，他在發給前線司令部的電報中說，“處處都在奏捷，隻有菲律賓除外。”這對本間雅晴司令官來說，是一個很大的壓力。菲律賓天氣悶熱，氣溫高達華氏95度。這位將軍內心如焚，在巴丹戰役中，他已經傷亡近7000人，還有1萬人患了瘧疾、腳氣和痢疾。兩次要求增援都遭到拒絕。
在美軍方麵困難更多，不僅士氣低落，而且糧食已成為頭痛的問題。前線部隊每天的口糧隻有平時的三分之一。幾次想通過日本海上封鎖線向巴丹和科雷吉多爾運送給養的努力，都遭到失敗。騎兵的馬已經沒有什麼飼料喂了，溫賴特將軍含著眼淚，下令把所有的軍馬都殺了，包括他自己心愛的良駒約瑟夫.康拉德在內。
到了2月中旬，軍內病倒的人多到驚人的程度。巴丹是世界上瘧疾最猖獗的地區之一，而奎寧已幾乎斷了來源。由於饑餓和瘧疾，兵員身體虛弱，僅3月份第一個星期，就有500多人患瘧疾住院，醫生們擔心瘧疾即將流行。盡管有人在說一支“一英裏長”的船隊滿載給養和增援部隊正在駛來，但無論是菲律賓部隊還是美國部隊，都傳誦著戰地記者弗蘭克.休利特寫的一首詩：
我們是巴丹的孤零兵，
沒爹沒媽也沒山姆大叔，
無姑姨無叔伯也無兄弟，
病無藥，戰無飛機大炮，
哪有人把我們放在心上來關照。
為了解決戰場僵持的局麵，3月間，東條向菲律賓前線增派了兩個步兵師團和兩個炮兵團，大舉進攻又重新開始了。就在這時，美國政府為了照顧麵子，免得麥克阿瑟將軍當了日軍的俘虜，便命令他把軍隊交給溫賴特中將指揮，他自己到澳大利亞去擔任新成立的西南太平洋地區盟軍總司令。3月11日晚，麥克阿瑟攜夫人和4歲的兒子，乘巴爾克利上尉的魚雷艇偷偷地離開了科雷吉多爾。
在爾後緊張的45小時裏，巴爾克利指揮PT-41艇穿過被日軍控製的海麵，於13日天剛亮時，在棉蘭老島北岸靠近台爾蒙菠蘿罐頭廠附近靠岸登陸。下船時，麥克阿瑟臉色蒼白，眼圈發黑。他對巴爾克利說，他要為他和艇上人員申請銀星章。“你們把我從虎口中救出來，我不會忘記的！”
次日上午，麥克阿瑟的飛機在達爾文港南麵30英裏的巴切勒拉機場著陸。“好險！”他對著跑道上焦急等待著他的人說：“不過戰爭就是這樣。勝敗生死都隻有瞬息之差。”麥克阿瑟抵達目的地後對記者說：“我來了，但是我還要回去！”
東條本來就為巴丹的僵局不高興，得悉麥克阿瑟大膽脫逃後更加不快。他再也不相信，本間沒人支援他也有能力迅速取勝。他不願意自己去向陸軍參謀總長杉山直接談，而是派秘書西浦進去傳達他對巴丹的懸念。
麥克阿瑟臨陣脫逃，在美國軍隊中引起了對他的蔑視，越來越多的人感到被老麥把他們拋棄了。
4月2日是耶穌受難日的前夕。有意思的是這一天也是日本傳說中第一個皇帝、神武天皇的生日前夕。夜幕降臨時，5萬日軍已經集結待命，準備大舉進攻。在他們後麵，150門大炮、榴彈炮和迫擊炮，準備進行這次戰役開始以來最猛烈的炮擊。
在前線的另一邊是7萬8千名餓得發慌的美軍和菲律賓軍，其中隻有2.7萬人是列為“有戰鬥力”的人員，而這些人中間卻有3/4因患過瘧疾身體虛弱。10時，炮擊開始了。在日軍強烈炮火攻擊下，美軍和菲軍亂作一團，紛紛棄陣而逃，有的走小路，有的翻山越嶺，有的則沿著海岸公路跑。到處是混亂，這些筋疲力盡的人是在恐怖的驅使下邁動著腳步。
4月9日，呂宋部隊司令愛德華.金少將率部投降，7萬6千名美國和菲律賓軍人做了日軍的俘虜。科雷吉多爾要塞守到5月6日。7日深夜，美遠東軍司令溫賴特通過馬尼拉電台，命令菲律賓所有的美、菲軍隊無條件投降，拒絕投降者以逃兵論處。
盡管如此，棉蘭老島的3.6萬名軍人隻有7000人，主要是美國人向日軍投降。其餘2.9萬人拒絕服從命令，帶著武器上山打遊擊去了。至此，日本人侵占了菲律賓所有重要的城鎮和港口。菲律賓人民進入了艱苦的抗戰時期。
雖然美英荷在太平洋上的兵力超過日本，但兵力分散，沒有協調一致的戰略計劃，象一個沒有指揮的管弦樂隊，結果被日軍各個擊破。日軍所向披靡，在不到6個月的時間裏，就侵占了380萬平方公裏土地，人口達1億5千萬。創造了日本在東方侵略的“奇跡”。
珍珠港事件後，美國太平洋艦隊司令部進行了改組。切斯特.尼米茲接替金梅爾指揮太平洋海軍，這位頭發斑白但看上去十分精神的將軍，一到艦隊就發現了他最怕發現的東西——悲觀失望的情緒。士氣“低到無可再低”的程度，不少人患上了“恐日症”，他看到珍珠港事件的打擊，已經使幾位高級將領的頭發都白了。