天下初定，百姓歸心！正是建設大好河山，為民謀福之世。吳三桂卻逆天而行，舉起了反清複漢的大旗。
吳三桂在雲南開藩設府，坐鎮雲南，權力和聲勢早已達到了巔峰，他與清朝中央政府的矛盾卻開始激化起來。吳三桂經營雲貴數年，早把雲南當成了自己私家之地。究其反因：就是康熙堅決要撤藩，動了他吳三桂的奶酪兒。
就清朝政府而言，最初使用吳三桂攻打南明政權，是為了建立其對全國的統治。為此目的，曆時十數年，始將各地南明政權逐一消滅。
在全國平定之後，清政府亟需在政治上實現對新占領地區的統治，在軍事上裁減軍隊以減輕財政上的壓力。
因此，早在占領雲貴之初，便向這些地區派出了行政官吏，而後不久，又計劃撤回和裁減滿洲及綠營軍隊。清朝的這些措施，無疑是和當時整個社會都需要休養生息的要求相符合的。
但是，由於十幾年來吳三桂政治、軍事勢力的迅速增長，清朝的這些措施卻觸犯到吳三桂本人的利益。就吳三桂方麵說來，在南明政權尚未消滅之前，他與清政府命運相連，必須拚死作戰。
但在雲貴初定之後，他便作起了，“世鎮雲南”的美夢，並處心積慮地要把雲南變為自己的割據領地。在政治上，為了鞏固自己的地位，對於轄下的各級官吏，他“選用自擅”，“各省員缺，時亦承製除授，謂之西選。”
與此同時，他還以重金收買在京朝官及各省將吏，為自己效勞。在經濟上，吳三桂利用政治特權大肆兼並土地，對人民進行殘酷的剝削和壓迫。
與此同時，他還“壟鹽井、金銅礦山之利”，官賣各種土特產品，放高利貸，並憑借其龐大的財富，豢養賓客，收買士人。
在軍事上，他招納李自成、張獻忠餘部，編為忠勇五營、義勇五營，加緊訓練。此外，吳三桂還縱容部下將吏為非作歹，魚肉百姓，“殺人越貨，毫無畏忌，訟牒、命盜兩案，甲兵居其大半。”事實證明，吳三桂已經成為分裂割據勢力的總代表。
對於吳三桂的這些活動，清朝洞若觀火。因而在雲貴平定之初，便著手裁抑吳三桂的權勢。康熙二年索尼、鼇拜等輔政大臣代表清庭以雲貴軍事行動已經停止為理由，收繳了他的平西大將軍印信。
接著，索尼又乘其疏辭總管雲貴兩省事務之機，下令兩省督撫聽命於中央。同時，還剝奪了他的司法特權。吳三桂則以“構釁苗蠻，借事用兵”，擴軍索餉相報複。索尼、鼇拜等人見無法製服吳三桂，也草草作罷不再動裁藩之念。
英明神武的康熙皇帝豈可忍受枕旁他人酣睡？康熙大帝一主政，便立即著手裁撤三藩。雖然他的那位奶奶莊妃極力反對，要他再緩以時日再做裁撤之想。
可是康熙帝態度堅決，他認為吳三桂已然知曉朝庭早晚要撤了三藩，故而早就開始加緊擴軍備戰。當此千鈞一發之際，早動手比晚動手的結果要好。就是康熙帝的原話“早裁亦反，晚裁亦反。”
吳山桂反叛的消息傳至福建與廣東。鎮南王耿精忠第一個加入了吳三桂的陣營，與平西軍東西呼應，割城占地。
吳三桂派心腹大將胡國柱親率二十萬大軍東出貴州取湖南。又派另一心腹大將夏國相南出取廣西。
由於吳三桂經營雲貴數年，這場叛亂又是蓄謀已久，因此，在反叛之初，吳軍乘銳連下貴州、輕取湖南衡州。實現了當初吳三桂的戰略構想，他要以衡州為基地，向北統一全國。