事情到了這一步，結局已經不用多想了，盧九德先是站在法理大義的製高點上，狠狠地批了一頓東林大臣們，緊接著武將們又很配合的亮出了兵刃，雙重壓力之下，南都諸臣自史可法以下不得不再次改變成議，同意朱由樺三日後正式舉行登基大典，稱帝建朝。
大明崇禎十七年四月十八日上午，南京壇。登基儀式正式開始。
朱由樺穿著內官們送來的帝服皇冠，在黃羅傘蓋下緩緩走向壇，在文武群臣仰視的目光裏，他對著列帝龕盒跪下施禮，隨後起身，開始了登基演講：
“皇帝臣由樺上告帝，朱氏建明曆經十六世，傳國二百七十六年，賊陷北都，致使先帝自縊，宗室大臣蒙塵，滅國之災，亙古未見。
然序不可以無統，人神不可以曠主，臣由樺以崇禎皇帝之禦弟，奉旨以總六師，首倡義旅，人思明德，眷朱宗，欲以神器屬於臣由樺，朱由樺心懷敬畏，懼不克負荷，貽羞後世，虔奉皇運，寅畏威，升壇受禪，改元章武……”
全場的士民百姓都激動地仰望著朱由樺，感受著艱難時刻的新皇登基大典，俊秀將被這悲壯情緒感染，不由得感泣，而江北四鎮如高傑，劉澤清等人則麵露覬覦喜悅之色，張堂功，韓誠，馬雄等人則圍繞著壇不時警惕地環視觀望。
“皇帝臣由樺，明告帝，必臥薪嚐膽，勵精圖治，剪我仇敵，複我疆宇，匡複皇明，重建大朝！”朱由樺在演講最後，不由得提高聲音，表達了複仇雪恥的決心。
現場氣氛頓時熱烈起來，士民百姓們齊聲高呼：“剪我仇敵！複我疆宇！匡複皇明！重建大朝！”
登壇祭儀式之後的第二清晨五更時分，還未放亮，當午門旁的鼓樓上傳來第一通晨鼓，南京城各座城門相對的大街上街鼓齊聲響應，六街塵起鼓隆隆。
隨著鼓聲響起，文武百官們峨冠博帶，進入宮城，站在武英殿外的朝房中等候。
今日是新帝禦朝聽政的第一，三通鼓過後，文武百官匆匆從朝房中走出，往武英殿行去。
諸臣到了殿門口，按照文東武西，再按照職務和品級區別，排成兩班，魚貫而入，四個禦史分班麵向北立，負責糾儀。
過了片刻，內官傳呼：“皇帝駕到！”
朱由樺頭戴十二旒冕冠，身上穿了極為隆重的冕服，他麵帶肅容，在一大群服飾華美的內官們的簇擁中乘攆進殿，升入禦座以後，然後有儀表堂堂，聲音洪亮的鴻臚寺官高唱：“入班行禮！
隨即文武百官麵向禦座，依照鴻臚寺官的唱讚，垂首肅顏，稽首山呼萬歲！
稽首是九拜中最為隆重的禮節，常為臣子拜見君王時所用。不過即便如此，不是在極其正式，極其重要的場合裏臣下一般也不會用，如今是新皇登基，政權交接的重要時刻，諸臣行稽首之禮自然是理所當然的，在這一刻，東林諸臣即便對朱由樺心有微詞，還是得乖乖下跪，大禮參拜。
登基典禮過後，朱由樺又在南京城大官員的陪同下拜謁了孝陵，並特意拜謁了大明懿文太子朱標的陵寢。同時為堂兄崇禎皇帝舉行了隆重的追悼活動。