PS：感謝大家支持，繼續求推薦票，今來不及寫了，暫時寫這麼多啦，明繼續。
不久在魏公公四處揮舞橄欖枝時，投奔閹黨成為太常少卿，“棄暗投明”。
魏忠賢當權時，他深知自己是東林出身，又當上了反東林楷模，估計是兩麵難討好，因此行事十分心。一段時間後，他又歸鄉裏，打算觀望形勢。
崇禎二年(169)，魏黨事敗，他上書指出東林與閹黨都“黨附宦官”，應該一起罷去，崇禎不聽，結果他名列逆案被罷官，避居安慶、南京，招納遊俠，談兵劍，結成文社。
中途他想與複社和東林講和，因此在複社領袖張溥為其師周延儒複相而奔走活動時慷慨解囊相助，表示願意重歸東林。東林反對周延儒報答他。因此崇禎一朝終未得仕。
不過周延儒也不是完全沒有節操，雖然礙於東林的阻撓，不能啟用阮大铖，但他同意阮大铖舉薦一名死黨入朝，阮大铖於是舉薦馬士英代替自己，馬士英由此登上高位，接替了被張獻忠打得很慘的高鬥光被起用為鳳陽總督。
崇禎八年（165），民變軍進入安徽。阮大铖避居南京，當時複社中名士顧杲、侯方域、黃宗羲等憎惡其為人，作《留都防亂公揭》驅之，連保養了幾十年的大胡子都被複社子弟追著拔掉了不少，被弄得十分狼狽。
鑒於阮大铖與東林的齷鹺，馬士英知道此刻舉薦他入朝任職暫時是不可能的，他絕對有理由相信那些東林黨知道消息後肯定會用唾沫把他和皇帝一起淹死，所以他沒有上疏，而是約到了內侍田成，讓他將自己的口信捎給皇帝，願不願意接見阮大铖由皇帝自己去決定。
當朱由樺收到馬士英的秘薦口信後，頗為欣喜，抱著試一試的態度，他在皇城偏殿內秘密召見了阮大铖。
這一日，阮大铖方巾道袍，打扮得很是得體，給朱由樺留下了一個很不錯的第一印象。在他前世的印象裏，阮大铖是個十足的奸佞人，沒什麼真本事，當然，前世的史料大多傳自東林和韃清之手，真實度有待考量，傳言也未必可信。
所以朱由樺並沒有一上來就問計問策，而是打算先探探阮大铖的底，考校一下他的才能，考校的東西以實事、軍事等方麵為主，想證實一下阮大铖是否有真才實學，如果有真才實學，人品差一點又何妨？真人又何妨？就這樣的人昔日的曹孟德想多找一些都找不到呢！古今論求賢若渴，誰能比得上曹孟德？
相比內閣裏的那些隻會拖後腿的“忠臣賢士大夫”，人的揣摩君意和審時度勢才是此刻的他最需要的，作為皇帝，如果連用人都要受到鉗製，和傀儡還有多少區別？還談什麼抗韃保命？不掌權，勿寧死！