這一招偷換概念之術立時就將皇帝逼入了進退兩難之地。
就在這時，阮大铖上了一篇《孤忠被陷之由疏》為自己進行了自辯，發泄多年來壓抑在心中的委屈和怨恨。
疏中聲稱，他與“閹黨”沒有任何瓜葛，不僅拒絕了魏忠賢的任命，而且私下勸阻其他人追隨魏忠賢，把他打為“閹黨”是毫無道理的。是某些人的惡毒誹謗和攻擊。
他在奏疏中還聲稱，曾經那些攻擊他是人的某些人此刻已經投降了逆賊，成了偽朝的偽官。
奏疏中言辭切切的舉了幾個例子，講到科臣光時亨，為了留住烈皇，將其作為迎賊時的晉見之禮，竟以大義相激，力阻烈皇南遷之議。
講到了大才子龔鼎孳，其降賊後每語人以“我本要死，妾不肯”為辭。
還到了庶吉士周鍾，他大逆不道，勸進未已，竟上書勸闖賊早定江南，寄書其子，稱闖賊為新主，盛誇其英武仁明及恩遇之隆，以搖惑東南親友。
在奏疏的最後，他大聲質問：究竟誰是真正的忠臣？是他還是那些攻擊他的“貳臣”？
阮大铖的控訴，句句見血，直如利刃在南都的東林和複社子弟們心頭劃過，北都陷落時變節的君子，也確實給下的讀書人丟盡了臉麵。龔鼎孳，光時亨向為君子中的翹楚，身為東林複社子弟，他們的變節更是給了眾人一記響亮的耳光，阮大铖用這個來反駁東林的汙蔑，直讓他們啞口無言。
奏疏內容公諸於下之後，朱由樺順勢將阮大铖和閹黨的關係剝離了開來，表示不會推翻逆案，同時也表示阮大铖是受冤枉被牽連進去的，啟用他隻是不忍良才溟沒，和逆案無關。
阮大铖原本與東林黨左光鬥等人交好，但他並不是一個鐵杆東林黨，曾經在人事上阮大铖與東林一哥魏大中發生了衝突，東林黨經過權衡，作出了維護魏大中犧牲阮大铖的決定，阮大铖一怒之下，向朝廷揭發了東林黨結黨營私，專搞陰謀詭計的黑暗內幕。
其時魏忠賢對東林黨人的動作己有察覺，正準備找機會下家夥，阮大铖的奏疏使他如獲至寶，於是他抓捕了東林黨內的陰謀家汪文言，準備順藤摸瓜。但因東林黨集體申救，魏忠賢這才怏怏罷手。
東林黨因此對阮大铖恨之入骨，把他視為“閹黨”，這可真的冤枉了阮大铖，當時東林黨人汪文言、魏大中等人的確在暗中操縱人事，阮大铖對他們的彈劾並非毫無道理。
阮大铖上疏揭發東林之後，為了避免報複，他辭職回家。後來東林黨人對魏忠賢開戰招來了滅頂之災，魏忠賢清理東林的同時起用阮大铖為太常少卿，但是阮大铖並沒有落井下石，也沒有傍大腕，隻幹了兩個多月又再次隱歸，與魏忠賢脫離關係。
正因為他和魏忠賢保持了適當的距離，當崇禎誅殺魏忠賢，並上綱上限大肆牽連的時候，他雖然也被貼上閹黨的標簽並進入大名單，但是被判得很輕，僅被“論贖徒為民”。
嚴格意義上，阮大铖確實算是被冤枉的，朱由樺的批複也是理直氣壯的。
皇帝的批複讓大部分朝臣的心重新安定了下來，沒在跟著死硬派們起哄，成功化解了左光先發起的攻勢。
雖然還有一些科道言官們依然喋喋不休，但是皇帝堅持不肯罷免阮大铖他們除了辭職也沒辦法。
在這次事件中，左都禦史劉宗周是帶頭要求罷免阮大铖的言官，朱由樺沒想到之前一直以公正無私，卓爾不群麵目示人的他，最終竟然還是倒向了東林黨的懷抱，為東林黨的利益服務。讓他十分痛惜。
劉宗周字起東，別號念台，浙江山陰（今紹興）人。萬曆二十九年進士。為人清廉正直，操守甚嚴，在朝中常常敢於抗疏直言，且雖屢遭貶謫，然終不改其誌。又因不做官時常講學於山陰蕺山，所以後人尊稱他為蕺山先生。
晚明時代，公認的儒學宗師隻有兩人，一個是心學的開創者王陽明，而另一個則是他，劉宗周。
劉宗周除了精通儒學外，向以直言敢諫聞名。
啟元年，剛剛被起複任命為禮部主事的劉宗周就幹了件大事，上疏劾奏魏忠賢，並把魏忠賢與曆史上著名的跋扈太監趙高作類比，狠狠的得罪了魏忠賢。
三年後，為了聲援遭到閹黨迫害的楊漣、左光鬥等人，劉宗周又再次頂風彈劾魏忠賢，直言魏太監竊弄權柄，禍國殃民應予嚴懲。因此被啟嚴懲，革職為民，逐出都門。