財務分析作為企業財務管理的一項重要方法，被廣泛運用於各類企業的日常管理之中。商業銀行是經營貨幣資金的特殊企業，其財務分析的實質在於利用財務會計、財務預算和綜合經營計劃執行情況的信息，對銀行工作的經營狀況進行總結與評價。從我國商業銀行財務分析的實踐來看，存在的問題還較多，且一定程度上已成為財務分析效能進一步發揮的桎梏。
一、商業銀行現行財務分析的局限性
(一)商業銀行財務報表信息質量的局限性。第一，現行財務報表隻能提供過去的、某一特定時期內的貨幣化信息，而與報表使用者對未來的、可預見性的、相關程度更高的全麵信息的需求相距甚遠；第二，缺乏對有銀行業特色的財務報表體係的深入研究，而簡單套用了一般企業財務報表體係的形式，以至於難以充分反映商業銀行特殊業務的具體情況；第三，商業銀行財務報表的真實性可能因受到銀行內部各種動機的支配而被人為地降低乃至破壞。
(二)商業銀行進行比率分析的局限性。第一，比率值要與某一標準比較方有意義，但這樣的絕對標準受到樣本數量、計算方法及異常情況的影響，幾乎不存在；第二，某些比率反映的是銀行在特定時點上的財務狀況，卻無法揭示會計年度其他時點上的財務狀況，這有時會引起誤解，比如資產流動性比率高，僅表示銀行資產在會計報表日的流動性較強，並不能就得出該年度銀行資產的流動性強，流動風險小的結論；第三，不同的比率有時會發出互相矛盾的信息，給正確評價銀行財務狀況帶來一定難度。比如，某銀行的利差率高於同業平均水平，其資產利潤率卻低於同業平均水平，此時便難以判斷銀行盈利能力的強弱，而需結合其他信息綜合考慮；第四，比率分析在進行銀行同業的橫向比較時，會受到不同銀行采用不同會計方法的幹擾和影響，而同一銀行進行縱向比較的可比性又會因銀行在不同期間所選擇的會計方法的變更而相應減弱。
(三)商業銀行財務分析人員素質的局限性。商業銀行的財務分析人員應具備一定的財務理論水平、較強的數據處理能力和邏輯思維能力，總之對人員的素質要求頗高。從我國的實際情況來看，商業銀行財務分析人員距離上述條件尚有差距，這就導致財務分析過程中出現眾多的行為性缺陷。
(四)商業銀行表外業務分析的局限性。近年來，隨著金融業務的不斷創新，我國商業銀行也開始涉獵表外業務，如代理業務、信托與谘詢業務、貸款承諾及衍生金融商品交易等。在現行的會計賬務處理程序下，表外業務未被納入資產負債表中，僅以報表附注的形式予以注明，商業銀行財務分析的龐大指標體係中也普遍缺乏對銀行表外業務的考核分析指標。由於表外業務具有自由度大、連續性弱、透明度差、風險性高的特點，商業銀行現行財務分析不對其進行多方麵的風險分析，將很難適應表外業務快速發展趨勢下防範潛藏的巨大風險的需要。
(五)商業銀行財務分析指標體係的局限性
1、流動性指標體係中，存貸款比例指標的分子、分母分別為銀行的各項貸款之和與各項存款之和，存貸比率越高預示著銀行的流動性越差，因為這表明相對於穩定的資金來源而言，銀行占用在貸款上的資金越多，流動性當然越差；相反，該比率越低，則表示銀行還有額外的流動性，因為銀行還能用穩定的存款來源發放新貸款。過高或過低的存貸比率對銀行都是不可取的，隻有適中的存貸比率才表示銀行對資金來源與運用間的安排適當，較好地兼顧了流動性與盈利性。這項指標的主要缺陷在於它忽視了存款、貸款各自內部結構的差異，隻是簡單地將貸款總額與存款總額相比，這就有“一刀切”之嫌。此外，資產流動性比率為銀行流動性資產與流動性負債之比。這一比率越高，表示銀行的短期償債能力越強。問題在於銀行的某些流動性資產並不一定能在短期內(通常指一個月)變現，比如應在一個月內到期的貸款未能如期收回，就使得銀行的流動性被虛增。這顯然將降低利用該比率衡量銀行流動性強弱的可靠程度，甚至會使信息使用者對銀行流動性的真實狀況產生一定程度的誤解。
2、盈利性指標體係中，資本利潤率是由銀行當年的淨收益與資本總額相比得到的，其中資本總額等於核心資本、附屬資本之和再扣除某些項目。但目前我國對銀行資本的定義及範圍的界定還不夠明確、細致。另外，對資本各組成項目的內容、涵蓋麵的規定與國際標準——巴塞爾協議比較，也有差異。這些都必然會影響到在實踐中運用該比率分析銀行盈利能力大小的效能。