為了解決國內矛盾，崇禎帝找到解決最核心問題的辦法，那就是，隻要解決掉魏忠賢，至少可以收回一半的民心。所以，剛上任的崇禎帝，第一個開刀的對象就是自己親哥哥的大伴，九千歲魏忠賢。
對於魏忠賢，熹宗跟崇禎帝交待過，他曾說：“魏忠賢得罪了不少人，名聲也不好，但這一切都是替聯背的鍋。有了魏忠賢，才有銀子，我們皇家才能保持體麵的生活。”
崇禎帝知道熹宗說得對，但他與熹宗不同。熹宗看中的是裏子，而崇禎帝最重的是麵子。而且，現在全國矛盾衝突最嚴重的時候，拿下魏忠賢，既可以消除大半矛盾，自己又可以掙得一個明君的美名，對崇禎帝來說，比得到銀子更重要。
崇禎帝登基之後，魏忠賢摸不清新帝的心思，他隻能按兵不動，但他也知道自己飛黃騰達的日子已經一去不複返，他在想著自己如何才能得以善終。
大臣們也猜不準崇禎帝對魏忠賢的態度，於是，先由楊所修、楊維垣攻擊魏忠賢的手下崔呈秀以試探朱由檢心意，不料，崇禎帝卻不表態度。
沒有態度也是一種態度，好名聲的大臣們好像摸到了崇禎帝的脈，主事陸澄原、錢元愨，員外郎史躬盛等紛紛論奏魏忠賢。
嘉興貢生錢嘉征彈劾魏忠賢十大罪：一與皇帝並列，二蔑視皇後，三搬弄兵權，四無二祖列宗，五克削藩王封爵，六目無聖人，七濫加爵賞，八掩蓋邊功，九剝削百姓，十交通關節。
看到錢嘉征的奏章之後，崇禎帝終於出手了。
崇禎帝將魏忠賢召來，讓他自辯。
讓崇禎帝意外的是，魏忠賢沒有自辯，而是撲通一下跪倒在崇禎帝的麵前哭訴道：“聖上，我這麼做全是為了皇家啊，這天下，除了內宮有數幾個人，已經沒有人為皇家賣命了。聖上，那些人攻擊我，正是攻擊皇家啊，那些人都不安好心。”
崇禎帝聽罷沉默不語，良久才說道：“既然這些你都認了，聯不得不罰你。”
魏忠賢並不是官員，隻是皇家的家奴，所以，並不需要交給朝廷決議。
崇禎帝看在熹宗的麵子上，並沒砍他的頭，隻是將他流放到鳳陽，為熹宗守靈。
可是，崇禎帝將自己對魏忠賢的處罰公布之後，大臣們並不買賬，他們覺得魏忠賢罪該萬死，崇禎帝不應該放他一條生路。同時，通過這件事，大臣們看到崇禎帝年少，做事不夠幹脆利落，對魏忠賢這樣的人，就應該一棍打死。
麵對眾大臣們捆綁的民意，崇禎帝最後妥協了，推翻自己原來的處罰決定，派出錦衣衛，要將魏忠賢抓回來處治。
魏忠賢的手下 李永貞得知消息，連忙連夜派人密報魏忠賢。
魏忠賢自知回京肯定難逃一死，所以在聽到消息之後，在河間府阜城南關客氏旅店痛飲至四更，然後上吊自殺，陪著魏忠賢上吊自殺的是太監李朝欽。
當繩子慢慢勒緊，魏忠賢麵前鳳陽方向，喃喃地說出最後一句話：“陛下，奴不能去陪你了。”
魏忠賢最後說的陛下，是他的主子熹宗。
崇禎帝得知魏忠賢上吊自殺之後，下令將他五馬分屍，並將頭掛在河間府城門之上。
魏閹被除，大明上下一片歡騰，民眾與士子都稱讚崇禎帝為明君，覺得崇禎帝能將大明帶來中興。
遠在盛京的皇太極聽到魏忠賢被除，崇禎帝被稱為明君之後，嗤笑一聲對身邊的人說道：“隻殺了一個家奴而已，就成了明君？大明上下，竟然沒有一個清醒的人嗎？”
其實大明清醒的人不少，隻是各具心思，都不敢說出來而已。
除掉魏忠賢之後，崇禎帝接著將客氏鞭死於浣衣局，他終於將自己小時候最恨的兩個人除掉，而這兩個人，卻是他親哥哥最親密最信任的兩個人。
天啟七年（1627）十二月二十三日，崇禎帝下命定魏忠賢閹黨逆案。