1879年2月25日，由鬆田道之領隊，琉球秘密派出軍警人員，采取突然行動，前往琉球，日軍五百人自那霸登陸，占領琉球國都首裏，鬆田率警察隊和步兵約五百多人接收了琉球王居住的省城，向在首裏城向琉球王代理今歸仁王子命令交出政權。日本增派了450名軍人和160名警察，鎮壓了琉球“藩王”，並將王室強行遷移到東京。由熊本鎮守台所派遣的軍隊連同警察進駐琉球﹐接收琉球所有政府文件﹑冊籍﹐宣布廢琉球藩為衝繩縣，尚泰王被廢。光緒五年日本派出了一支由450名軍人和160名警察組成的隊伍，前去鎮壓了已有200年不設軍隊的琉球“藩王”，不容分說將王室強行遷移到了東京，並廢除藩政改為由日本政府直轄的衝繩縣。1879年4月4日，日本悍然宣布“廢琉置縣”，即將琉球國改為衝繩縣，任命鍋島直彬為第一任衝繩縣令，由日本人鍋島直彬為縣知事，強行接管琉球國，清光緒五年(1879)5月琉球國王尚泰被日軍擄往東京，尚泰被脅迫赴日本時有一百餘人隨行，包括王子尚寅（宜野灣王子朝廣）、尚順（鬆山王子），以及王弟尚弼（今歸仁王子朝敷）、王叔尚健（伊江王子朝直），到日本後尚泰居住於東京府下飯田町的原“琉球藩府”，琉球王國滅亡，琉球士族聯合抵製日本的縣政，拒絕出任日本官職，平民也拒絕接受日本的賑災。日本真正的偷盜行為才剛剛開始，隨即大肆搶掠中琉往來的文書、文物和寶印，以及琉球國的政府檔案，並強迫尚泰王等前去日本。為了毀滅日本武力吞並琉球的證據，日本政府在全琉球範圍內，收繳了過去行政機關的全部公文、帳冊等各種文字資料，企圖用銷毀舊有政權所有痕跡的方法，來掩蓋其侵略的罪行，從此開始對琉球進行“文化滅族”，但是琉球畢竟是有七百餘年文化積累的禮義之邦，此間琉球人民曾奮起反抗，但終為日本武力所鎮壓。日本吞並琉球後，琉球國王再次派人前往中國呼籲求援。備受鴉片戰爭為西方列強侵擾的中國無法顧及。琉球民眾不願就此亡國，武裝抗爭之事此起彼伏，宮古島上民眾向中國求援複國的血書，至今仍在衝繩縣立博物館中保存。
1879年3月美國前任總統格蘭特（U.S.Grant）周遊各地抵達北京、天津。1879年6月12日（光緒五年四月二十三日），格蘭特及其隨員揚格（J. R. Young）和美國駐華副領事畢德格（W. N. Pethick）在天津會晤李鴻章，李鴻章要求他就琉球問題進行調停。李鴻章詳細介紹了琉球一案的來龍去脈，以期“有明白事理者,出而主持公道”。希望利用格蘭特的特殊身份從中斡旋。但格蘭特一直弄不懂儒家色彩濃厚的“冊封”、“藩屬”等概念，調停始終不得要領。1879年10月24日，琉球耳目官（一品官爵）毛精長等人到北京總理衙門“長跪哀號，泣血籲請”，希望清政府能在“俯憐二百年效順屬藩”的份上援救琉球。
黃遵憲1879年黃遵憲駐日期間，有感於琉球人\"登船夜哭\"，作《琉球歌》：
白頭老臣倚牆哭，頹髻斜簪衣慘綠，自嗟流蕩作波臣，細訴興亡溯天蹴。天孫傳世到舜天，海上蜿蜒一脈延。彈丸雖號蕞爾國，問鼎猶傳七百年。大明天子雲端裏，自天草詔飛黃紙，印綬遙從赤土頒，衣冠幸不珠崖棄。使星如月照九州，王號中山國小球，英簜雙持龍虎節，繡衣直指鳳麟洲。從此苞茅勤入貢，豔說扶桑繭如甕。酋豪入學還請經，天王賜襲仍歸瑁。爾時國勢正稱強，日本猶對異姓王，隻戴上枝歸一日，更無尺詔問東皇。黑麵小猴投袂起，謂是區區應餘畀，數典橫征貢百牢，兼弱忽然加一失。鯨鯢橫肆氣吞舟，早見降幡出石頭，大夫拔舍君含璧，昨日蠻王今楚囚。畏首畏尾身有幾，籠鳥惟求寬一死，但乞頭顱萬裏歸，妄將口血群臣誓。歸來割地獻商於，索米仍輸歲歲租，歸化雖編歸漢裏，畏威終奉嚇蠻書。一國從茲臣二主，兩姑未覺難為婦。稱臣稱侄日為兄，依漢依天使如父。一旦維新時事異，二百餘藩齊改製，覆巢豈有完卵心，顧器略存投鼠忌。公堂才錫藩臣宴，鋒車竟走降王傳，剛聞守約比交鄰，忽爾廢藩夷九縣。籲嗟君長檻車去，舉族北轅誰控訴？鬼屆明知不若人，虎性而今化為鼠。禦溝一帶水溶溶，流出花枝胡蝶紅。尚有丹書珠殿掛，空將金印紫泥封。迎恩亭下蕉蔭覆，相逢野老吞聲哭，旌麾莫睹漢官儀，簪纓未改秦衣服。東川西川吊杜鵑，稠父宋父泣鸜鵒。興滅曾無翼九宗，賜姓空存殷七族。幾人脫險作逋逃？幾次流離呼伯叔？北辰太遠天不聞，東海雖枯國難複。氈裘大衣來調處，空言無施究何補？隻有琉球恤難民，年年上疏勞疆臣。
在美國前總統格蘭特調停下，1880年lO月21日，中日雙方議定了《琉球條約擬稿》，規定：清朝和日本國共同商議，琉球群島的北部和中部島嶼，屬日本管理；琉球群島的南部諸島，則歸清政府管轄。這個《擬稿》，完全是按照日本方麵的意願製訂的，日本以為吞並琉球馬上就可以大功告成，可以奪取我琉球北部島嶼。然而1880年10月後形勢發生變化，曾紀澤在彼得堡交涉顯露出初步的成果，中俄關係趨於緩和，中國輿論對上述草案開始不滿，清政府內部對總理衙門上奏，一再提出異議。含賣國成分《琉球條約擬稿》雙方沒有正式簽訂。此後由於清庭軟弱腐敗又逢二次鴉片戰爭等西方入侵，麵臨崩潰再也顧忌不上。日本趁中國國力衰弱無法顧及開始妄自的吞並行動。
為了從根本上打消琉球人民的複國夢想，日本對中山國王室采取了腐蝕加軟禁雙重政策，1884年日本頒布華族令，尚泰被封為侯爵，“華族令”的頒布更從實際上名證了琉球國是我中華族裔。同時為了安撫琉球民心，日本安排尚泰回衝繩祭祖。尚泰回鄉之後，琉球舉國若狂。在這次衝繩之行之後，尚泰再也未能回到衝繩，但他的第二子尚寅、第四子尚順於1887年回到衝繩並定居。1895年，清朝在甲午戰爭中戰敗，尚泰之子尚寅、尚順發起公同會運動，要求衝繩縣令一職由原琉球王家族世襲統治並使琉球擁有高度自主權，受到不少士族的響應；而另一部分士族則依然堅持複國主張，推選向誌禮（義村按司朝明）為代表，赴東京謁見尚泰表示反對，但身處於日本淫威之下的尚泰為了活命，唯一能選擇的就是不予接見。日本政府擔心琉球會脫離日本獨立，拒絕了這個請求。日本隨即完成偷盜我琉球的實際行動，進而發動甲午戰爭吞並我國台灣。1901年8月19日，被擄往東京的琉球國王尚泰悲慘死去，享年59歲。他的靈柩被“球陽丸”號送回琉球，按照琉球曆代國王的習慣，葬於玉陵，靈位奉安於圓覺寺。兩年以後，在日本人安排的“安樂窩”中，下一代如尚典等琉球王族為了融入日本華族階層，開始放棄琉球的傳統，語言也從琉球語改為日本語。在日本長期全麵“皇民化”的努力之下，直到二次大戰，琉球還是頑強地維持了它文化遺產和國家獨立象征，包括琉球王宮和傳統王宮衛隊。日本廢琉球為縣後煞費苦心，極力淡化琉球人的民族意識，尤其避免“中山”的出現，企圖使琉球人忘卻本國曆史。為了讓當地人徹底忘記“中山”，日本政府將地名改為Okinawa（衝繩）。獨立的琉球國就這樣變成了日本的衝繩縣。