雲隱村的龜島上，鳴人獲得九尾ckl後，開啟了九尾模式，卻意外聽得大和隊長與阿凱談論第四次忍界大戰的事情，於是對自己此行的目的產生了懷疑，他來到自來也的房間內，發現裏麵的自來也隻是個影分身。
於是心中了然，戰爭圍繞著自己身體內的九尾開始打響，而且由於戰事吃緊，自來也被木葉高層要求參戰，沒奈何自來也隻得在淩晨就偷偷的溜走，而且為了讓鳴人安心隱蔽，留下了影分身，結果被鳴人的九尾模式看穿。
於是鳴人也將計就計，留下一個影分身，自己則偷偷的離開龜島，憑借著仙人模式的感知力，感應到了戰場所在，當即朝著那裏趕去，誰知在中途的時候遇見了前來抓捕九尾的穢土宇智波鼬與長門，由於宇智波鼬把止水的別天神寫輪眼送給了葉清，所以他發動萬花筒時並沒有被改寫意誌，與長門聯手抓捕鳴人，鳴人不甘受戮，九尾模式發動，和鼬、長門三人亂戰一通。
而佐助再了解自己的心結後，帶著cf小隊在前往戰場的路上，意外遇到了正在大亂鬥的鳴人、鼬與長門，佐助驚奇鼬的存在，於是上前截住鼬並與其交手，其他人也上前參戰，協助鳴人對戰長門。
鼬看出佐助的心意是在保護木葉，心裏十分高興，一邊和其打鬥一邊回憶，兄弟倆相愛相殺，而經過鼬的述說，讓佐助的心徹底的安靜下來，他開始曉得鼬的痛苦，以及那種夾在木葉與家族之間的煎熬，終於他為了和平選擇犧牲了自家，而隻提出了一個要求：保護佐助....
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另一邊，葉清也在鐵匠明智拓海那裏拿到了由霧隱六刀鍛造的神兵利器：緋紅女皇，長恨刀，天雙刃（雙），中原無極刀，荊軻戰斧，乾坤雙環，井中月護腕以及白金絲軟鞭。起初葉清準備把這些神兵利器作為風神流武道館的鎮館之寶傳承下去，誰知在幾十年後他就改變了注意，因為他遇到了一位來自天邦漢朝的刺客魏延，因為葉清本身就是秦始皇一脈，所以心中念著薪火之情，便將中原無極刀，荊軻戰斧，乾坤雙環，井中月護腕以及白金絲軟鞭統統送給了魏延，讓其帶回天邦，期間葉清還把釋靈玉佩還給了魏延，此為後話，暫且不提。
卻說葉清將神兵利器收進寫輪眼空間後，便隻身前往雨之國，找到了第四次忍界大戰的主謀阿飛，表明自己手裏有陰九尾，要與阿飛做一次交易，阿飛原本就因為丟了宇智波斑的輪回眼而懊惱，聽到葉清的話，當即同意了葉清的條件，因為葉清隻是要絕手裏的戒指“玄”。
交換之後，葉清便離開了，而阿飛則是召喚出外道魔像把陰之九尾封印掉，雖然少了鳴人體內的陽之九尾，但也已經能夠將其複活，威力也比原著大大的提升，阿飛當即帶著複活的外道魔像來到戰場，發動了有史以來最強大的攻擊。
因為缺席了九尾鳴人和八尾奇拉比的緣故，忍者聯軍被外道魔像的尾獸玉打的死傷慘重，八萬忍者聯軍隻剩下不到四萬人，還包括傷患、失去戰鬥力的忍者，但慶幸的是木葉的小強們無一傷亡，就連原本死在這場戰爭的日向寧次也活著。
葉清眼見戰場上雙方都消耗的差不多了，便找到了正準備偷襲大和隊長的藥師兜，發動第二次別天神改寫藥師兜的意誌，並讓其解除了穢土轉生，然後把他放了——畢竟藥師兜其實也是個被團藏玩弄的可憐人。