王龍傑赤的戰鬥正在進行的時候，成吉思汗及其幼子拖雷則率大軍向阿姆河南部的呼羅珊地區進發。在此之前，者別和速不台為追擊摩訶末，曾行經呼羅珊各地，但他們隻是像一陣旋風刮過這裏，轉瞬即逝，沒有造成太大的破壞。成吉思汗，特別是拖雷這次對呼羅珊地區的掃蕩，則像雲幕後射出的閃電，把擊中之地變作焦土，使當地居民遭受了駭人聽聞的末日災難。成吉思汗和拖雷首先抵達阿姆河北岸要塞忒耳迷，今天的烏茲別克斯坦帖爾梅茲，遣使招諭居民投降，要他們拆毀城池，但居民認為他們的要塞城垣有一半聳立在阿姆河中，易守難攻，而且有不少軍隊和武器，因此表示要抵抗到底。雙方便部豎起射石機，不分晝夜地酣戰苦鬥起來，激戰了十一天，要塞陷落，全城軍民部被趕到野外，照例將他們分配給軍隊，悉數殺死。在屠殺過程中，有一名老婦呼叫說：“不要殺我，我紿你們一顆大珍珠。”蒙古人向她索珠，她說：“己被我吞下肚子了。”他們立即剖開她的肚子，取走了這顆珍珠。他們懷疑其他人也可能吞下了珠寶，又將所有死者的肚子都剖開。隨後分兵攻打附近諸城寨。1221年初，成吉思汗渡過阿姆河進入呼羅珊地區，抵巴裏黑城下。在者別、速不台追擊摩訶未經過這裏時，巴裏黑城民已經向他們投降，至此再次出城納款，當時花剌子模新算端劄蘭丁在呼羅珊整頓兵馬，準備與蒙古軍抗爭。因此成吉思汗不相信巴裏黑城民的誠意，懷疑他們將會響應劄蘭丁，便以清點人數為借口，將城民全部趕到曠野，不分男女老小盡行誅戮，然後縱火焚毀城堡、宮殿、園林等一切建築，這座物產豐富的名城，變成“野獸飽餐死者的屍體，獅狼相安地共同嚼食．鷹隼無爭地從同一餐桌上享用”的無人廢墟。從這裏，成吉思汗和拖雷父子分兵掃蕩呼羅珊。成吉思汗進圍塔裏寒寨，今天的阿富汗木爾加布河上遊之北，拖雷進至馬魯城下。馬魯，今天的土庫曼斯坦馬裏，在呼羅珊諸州中地域最為廣闊，“土壤可與天重相曬美”。該城的長官原是抹智兒木勒克，後來摩訶末罷免了他，任命巴哈木勒克為長官。巴哈木勒克是投降派，在蒙古軍到來之前便逃出城去，馬魯的大權又落入抹智兒木勒克手中。巴哈木勒克幹脆投入蒙古軍中，將馬魯的局勢告訴他們，並表示願意說降該城。他寫信給抹智兒木勒克說：”我們以前關於職位的分歧，現在都巳成過去。蒙古軍的力量是不可抗拒的，隻有臣服才能免於災難。我為同情心所驅使，希望與你重歸於好，並希望你不要頑抗下去，不致投身於毀滅的旋渦。”這封信引超了抹智兒木勒克及其他貴族、名紳的意見分歧，有人主張放棄城池、後來他們認為不應當隨便相信敵人的話，便將巴哈木勒克的使者分別拉開，向他們打聽真相。當他們知道前來的這支蒙古軍人數並不多的情況之後，就斬掉來使，派出二千五百人去抵抗。蒙古軍勸降未成，隻好撤去，途中把巴哈木勒克殺死。不久又有一支八百人的蒙古軍向馬魯進攻，正好有兩名花刺於模將領率軍二千從五龍赤傑前來，他們尾擊蒙古軍，殺死不少人，並生俘六十人，他們將這些俘虜拿到市場上遊行示眾，然後處死了。但是馬魯守軍並沒有就此同心協力，有一萬二千突厥蠻人因與抹智兒木勒克不和而離開了他，而且力圖占領該城，雙方經常互相爭戰。正在這時，拖雷率領的大軍開來了。他派遣四百騎兵為先鋒，在夜間抵達突蹶蠻人紮營的河岸、渾然不知的突厥蠻入還在準備爭奪馬魯城，四百騎兵已埋伏在路上，突然襲擊他們的營盤，一萬多突厥蠻人頃刻瓦解，大多數落入河中，慘遭沒頂，隻有少數人逃之夭夭。隨著拖雷率軍來到馬魯城下，其軍隊如茫茫黑夜，滔滔大海，人數賽過沙粒，拖溜花了六天時間巡視馬魯形勢，得出的結論是，城內的糧草足夠他們之用，城池的堅固經得起攻擊，因此必須發動最猛烈的進攻。第七天早晨。拖雷把軍隊集合起來發起總攻，有200左右馬魯軍隊從城門衝出接戰，拖雷跳下戰馬，親自高舉盾牌呐喊衝鋒，軍士隨著他前進，凶猛的攻勢把敵人趕回了城內。又有一支馬魯軍隊從旁門衝出來，也被蒙古軍迎頭擊退，在蒙古軍的層層包圍下，馬魯人隻能被動地防禦，毫無主動進攻的能力，甚至無法把頭伸出城門。天黑以後，蒙古軍在城外通宵保持警戒，任何人也不能從城內脫出。馬魯人喪魂失魄，完全失去了抵抗意誌。他們明白，隻有投降一條路或許走得通，於是在天亮之後，他們派一名教長為使者去見拖雷乞降。拖雷以甜言蜜語保證城民的安全，然後抹智兒木勒克征集城內的馬、駱駝、騾子作禮物，親自去見拖雷。拖雷令他交出一份二百名富翁的名單，並把他們帶來。接著便是對富翁們進行審汛，逼迫他門交出錢財。對這些人的審訊可以說是大地在顫抖，而挖掘他們埋藏的錢財又可以說是大地卸其重負”。蒙古兵入城後，不分貴賤地把市民全部驅趕到城外，一連四天四夜，離城的市民絡繹不絕，除了一百名工匠和一些賁童男童女之外，其餘的人盡皆被殺，平均每名軍上殺三四百人。然後蒙古軍夷平馬魯城池。還有一些躲在洞窟溝穴裏的幸存者，在他們爬出來後不久，又樓連遭到其他蒙古軍的兩次屠殺。據說事後有幾個人花了十三個晝夜來清點受害者，得到一百三十多萬的數字，還不算遮掩在屍骸下麵無法計算的死者。拖雷的蒙古軍離開馬魯，進軍你沙不兒，今天的伊朗東部內沙布爾。倘若地上有天堂，那天堂就是你沙不兒；若它不是天堂，那就根本沒有天堂。在蒙古軍的鐵蹄下麵，這裏同樣遭到了最嚴酷的命運。你沙不兒曾經投降追擊摩河末的者別、速不合，向他們供應糧草。在那以後，由於蒙古軍在這一帶的活動減少，他們便開始襲擊蒙古軍，殺死蒙古鎮守長官。為此拖雷先派成吉思汗的女媚脫哈察兒為先鋒，率領一萬人馬來進攻你沙不兒。你沙不兒城民倚仗自己的人數眾多，與蒙古軍民開激戰、密集的箭鏃從城頭飛下，脫哈察兒中箭身亡。城民歡呼雀躍，慶賀自己取得輝煌的戰績。蒙古軍失去正將，隻好解圍撤兵。緊接著拖雷的大軍來到你沙不兒城下，他決心為脫哈察兒複仇，他下令把石頭像莊稼一樣堆成山，將射石機等武器密密地排列在你沙不兒城前。城內的軍民一眼就看出，這支蒙古大軍與先前的蒙古軍顯然不同，盡管他們在城頭設有三千把弩，二百號射石機和弩炮，還備有相當數量的檑木和火油，可是他們的腿已發軟，鬥誌全無。他們派出一名教長去見拖雷，請求寬恕，同意納貢，但被一口回絕，拖富把教長扣押，下令血洗你沙不兒。從禮拜三到禮拜六的四天內，蒙古軍猛烈地攻打你沙抄不兒城。他們填平壕塹，把城牆打開缺口，不斷地爬上城頭，在最後一天的晚上，終於占領下城市。脫哈察兒的妻子親自帶領她的衛士入城，所見輒殺，以至描犬無遺。隻有四百名工匠因有技藝而被掠往他處。在蒙古軍撤走時，拖雷還留下了四百軍人，命令他們搜尋並殺死躲藏起來的你沙不兒人。從此你沙不兒變成了廢墟，以致後人可在其遺址上播種大麥。拖雷從你沙下兒移軍也裏城，今天的阿富汗赫拉特。此城坐落在四山環繞的平原上。周圍布滿了村莊和田園。拖雷遣使入城勸降，城守長官殺死使者，激勵部下奮勇死守，拖雷揮軍四麵圍攻，激戰八日，城守長官死於戰鬥。這時城內有人主張投降，拖雷得知這一情況，再次召降，許諾投降後可以免死。於是喊民放下武器。拖雷果然沒有屠城，隻是處死了算端劄蘭丁的官吏和士兵，然而這次死於“仁慈”的刀劍之下的人，仍達一萬二千之多。拖雷任命一名回教徒和一名蒙古將官管理該城。在拖雷橫掃呼羅跚諸城之時，成吉思汗直在圍攻塔裏寒寨。這座城堡不僅壁壘堅固，而且駐有一批著名的武土，因此他們拒絕了成吉思汗的勸降，一心憑險拒守，蒙古軍不停地發射弩炮進攻，守軍也奮戰不休，激烈的戰鬥使雙方都遭到重大損失。六個月過去了，蒙古軍始終不能得手。為此成吉思汗令拖雷前來會師，蒙古軍人數大增。蒙古軍重新組織進攻，以哈沙兒隊打前陣，退者斬，蒙古軍則堆築土丘，使之與城牆等高，架飽其上，猛擊城內，守軍無法支持，全軍突圍，蒙古軍隨之追擊，守軍的騎兵疾馳到山裏得以脫險，而步兵都被殺死了。塔裏寒寨的一切建築均被毀滅。呼羅珊是在成吉思汗西征中遭受屠戮最為殘酷的地區。