1984年4月，哈薩克族音樂條目又作過一次改寫。
維吾爾族的音樂條目涉及的問題比較多，修補的工程比較大。
萬桐書從1982年到1985年用3年的時間，多次往返於北京與烏魯木齊之間進行慎重的修補，使其日臻完善。
1984年5月下旬，他把打印好的維吾爾與哈薩克的音樂修補初稿寄往北京，才感到輕鬆了許多。
從1984年初到5月，寫了兩次木卡姆條目，達到要求後，才算完成了這次編寫條目與編審的艱難任務。
1988年5月，萬桐書受聘擔任了“從1985年到1987年民族樂器改良評獎會”的評委。
參加評獎的有五個民族的35件樂器，包括有弓弦、拔弦、打擊、電聲，可以說是民族樂器改革與研製的成果盛會。
在此次盛會中，萬桐書對民族樂器的改革與探索給予大力的支持和肯定，並認為有必要探索一下在新疆現代民族樂隊的建設中，樂隊如何編組？樂器如何編組？並提醒應值得注意的幾個問題。
為此，萬桐書寫出了題為《新疆現代民族樂隊建設問題的探索》，發表在1988年6月份的《新疆藝術》上。
這篇文章和出版的《維吾爾族樂器》一書，對新疆各民族的藝術教學和民族管弦樂團的建立，起到了應有的參考作用。
特別是《維吾爾族樂器》一書為音樂創作和器樂演奏工作者以及樂器改革者提供了了難得的寶貴資料，專家們稱讚這是全國第一本民族樂器專著，開創了樂器學的先河。
此書在香港首次參加收展時，受到廣泛的歡迎，第一天就銷售一空，簡直是供不應求。
40多年來，萬桐書潛心研究民族音樂，撰寫了《漫談十二木卡姆》、《維吾爾族古典音樂“十二木卡姆”》、《色彩繽紛的小寶石——談部分新疆幾童民歌有感》、《振興民族音樂漫談》、《整理出版“十二木卡姆”始末》、《新疆現代民族樂隊建設問題的探討》、《東方音樂寶庫中的明珠——“十二木卡姆”》（載香港新晚報）、《維吾爾族木卡姆的幾種類型和比較》（在香港舉辦木卡姆學術研討會上發表的論言語）、《在香港參加木卡姆研討會的幾點感受》（《新疆藝術》轉載）、《1990年為圖像音樂學會在布拉格舉行的學術會上的書麵論文》、《木卡姆概念》（在莎車十二木卡姆研究會上宣讀的論文，後經修改，於1993年發表在《中國音樂學》第四期上。）
此文1999年被收入《世界學術文庫》、並獲“世界學術貢獻獎論文金獎”。
《搜集整理“十二木卡姆”紀實》是在1992年11月在北京舉辦的“中國維吾爾木卡姆係列活動”研論會上宣讀的論文。
在這次研討會上，萬桐書被授予“木卡姆藝術家”的榮譽稱號。
《關於十二木卡姆早期整理的工作》在1994年發表在《音樂研究》第三期。
2006年9月參加了第六屆木卡姆國際研討會。在會上發表了《維吾爾族傳統音樂“十二木卡姆”調查資訊彙編》等論文30多篇。
萬桐書采集各民族民間歌曲和樂曲有2000首，其中有200多首作為優秀民歌發表了。
創作及改編的歌曲有30多首，分別發表於《歌曲》、《中國民歌》、《中國民歌集成新疆卷》、《中國民間樂曲集成》（新疆卷）、《群眾音樂》、《新疆創作歌曲集》等刊物上。
其中介紹新歌《光輝的北京》、《歌唱毛澤東》、《愛蘇露》等記譜，編配漢譯文歌詞發表、演唱、交流。
其中《歌唱毛澤東》獲文化部與中國文聯聯合舉辦的《1949年10月1日至1952年10月1日群眾歌曲評獎》的一等獎。
創編了《手挽手》、《小羊羔》、《牧馬人的歌》等歌曲和歌舞音樂。
其中改編的歌曲《手挽手》曾在國內和東南亞地區廣為傳唱。
他的傳略被收入《中國當代音樂界名人大辭典》（一卷）、《中國當代藝術家名人錄》、《世界文化名人辭海》（華人）、《世界優秀專家人才名典》、《中國專家大辭典》、《中國紀錄年鑒》、《曆史的回眸》、《中國專家名人辭典》、《時代潮頭——開拓者》等辭書。