其程序是：先由中書省印造戶籍戶帖，印製戶籍與戶帖兩聯合為一紙，在騎縫處流一編號，加蓋印章，戶籍與戶帖上各有印章的一半，稱為“半印勘合”，下發到各地方政府；然後由戶部發布榜文，讓各地方政府通知所轄百姓。
都到戶府去登記各家的戶口和財產情況，經初步核實後，官府每家發給一份戶帖，然後再調派軍隊下到鄉村，按照登記底冊挨戶比對，逃避比對的人或經比報不實的人，一律發配充軍；有關官吏弄虛作假者，一經發現，立即處斬。
在清查完畢後，戶籍上交戶部留存，戶帖則由各戶收執。
朱元璋利用軍隊清查戶口，一方麵是因為當時全國大部分地區都已平定，軍隊不用再出征，另一方麵是因為他不相信官吏。
認為軍隊能更好的貫徹他的意圖。
洪武十四年（1381年），朱元璋又在戶帖製度的基礎上建立了黃冊製度。
其方法是，政府把戶帖發給各戶，讓他們詳細填寫籍貫、姓名、年齡、丁口、田宅、資產等內容，政府每年都要派人檢查，每十年一次，根據戶帖編製黃冊，黃冊要一式四份，一份上交戶部，其他則由布政司、府、縣各留一份。
因上交戶部的冊麵要用黃紙，故稱“黃冊”，又出黃冊是征收賦役的依據，所以又叫“賦役黃冊”。
黃冊製度實行後，朱元璋覺得還不夠嚴密，地主富戶仍有可能隱瞞田地，所以到洪武二十年（1387年），又下令進行大規模的土地普查，並將普查結果編製成魚鱗圖冊，圖冊中詳細載明每塊田地的畝數、質量、方圓四至以及田主姓名等。
黃冊以戶為主，以人為經，以田地為緯，魚鱗圖冊則以田地為主，、以地域為經，以人為緯，兩種冊籍相互配合，相互補充，相互核對，相互牽製，構成一套完備嚴密的戶口、田地和賦役管理製度。
在進行戶口和田地清理的同時，朱元璋還采取嚴厲措施，打擊豪強地主隱瞞田產、逃避賦役。
轉稼負擔的行為。
他曾降諭申斥浙西、浙東和江西的地主富戶說：“做我的百姓，應當安守本分。
承擔國家賦役，就是應盡的本分。
安守本分，就是忠孝仁義的百姓，可以保全父母妻子，使家道欲昌盛，刑罰也不會落到身上。
近來兩浙、江西有些百姓，不遵守法紀，家裏有田不肯出租，有了不肯應役，結果自身受罰，還連累了官府，真是愚蠢極了。
現在我特地誡諭你們，你們要立即改過從善，做我的良民。
如果估惡不俊，不但國法不容，就是天道也不能容！”他製定了一係列法令條例，對這種行為進行重點懲治。
他規定，如果有人將田地詭寄在別人名下，允許受寄之家告發，所寄田地就給告發者為業。
他還下令，凡有隱瞞田地者，一經發現，就要處以抄沒家產的重刑。
在編製黃冊時，如果官吏、裏長、甲長串通各戶欺瞞作弊，官吏、裏長、甲長都要處死，隱瞞人戶除家長處死外，家庭其他成員還要被遷往邊境荒涼地區。
朱元璋甚至還規定對於轉稼負擔、行為不法的豪強地主，受害人和當地耿直豪傑可以不必告知地方官府，而將他們捉拿起來，直接送到京師，被拿者的罪行查實後，全家都要遷發到荒涼的邊境地區，其田產賞給受害人。
在朱元璋清理整頓之下，明初對田地、戶口的管理趨於規範化、地主富戶隱瞞田產、逃避賦役的現象大為減少，普通百姓的負擔得以減輕，提高了勞動積極性，促進了社會經濟的恢複和發展。
6．倡廉懲貪，鞏固江山
在中國封建社會帝王中，明太祖朱元璋倡廉懲貪的態度一直是堅定的，他在整頓吏治、嚴懲貪汙方麵是做得最好的一個。
朱元璋出身貧苦，作為農民。
他痛恨貪官汙吏對百姓的欺壓和剝削；作為紅巾軍領袖，他最忌恨那些官吏們擅權弄法，貪汙受賄，侵政害民；當上皇帝之後，他仍疾恨貪官汙吏的橫征暴斂。
元朝吏治的敗壞，覆亡的教訓，使這位由乞食遊僧而登上皇帝寶座的明太祖，頭腦格外地清醒，他意識到“不禁止官吏的貪暴，百姓就無法生存下去”。
“此弊病不革除，就不可能達到善政。
”倘若沒有清明的吏治，社會就不可能安定，凋敝的經濟就難以恢複，大明王朝的統治就無法鞏固。
洪武初年，不少官吏犯有“掌錢穀的盜錢穀，掌刑名的出人刑名”的腐敗現象，朱元璋對此深惡痛絕，他一方麵製定了一整套的法規限製他們，另一方麵又采取了一係列措施，整頓吏治，嚴懲貪汙。
朱元漳整頓吏治是從嚴格考核官吏開始的。
1368年（洪武元年），明太祖朱元漳頒布《大明令》時，就製定了考核官吏的製度。