多年以後，兄弟倆從老師周敦頤的《太極圖說》的“無極”理論中抽出“理”和“道”的概念，自成一家，這就是理學的雛形。理學認為，在超現實、超社會之上存在一種標準，它是人們一切行為的規範。周敦頤說它叫“無極”，二程說它叫“天理”。而“天理”的敵人則是“人欲”（不合理、不正當的行為和欲望）。每個人的一生最應該做的事就是去發現（格物窮理）和遵循這個“天理”，祛除“人欲”。歸根結底，就是要“存天理，滅人欲”。我們可以舉個例子來說明“天理”和“人欲”。餓了吃飯是“天理”，但非要吃魚翅鮑魚，這就是“人欲”；困了睡覺是“天理”，但非要有美女陪睡，這就是“人欲”；一個人如果餓了非不吃飯，困了非不睡覺，這也是“人欲”，雖然它不是不合理的欲望，但卻是不合理的行為，因為你違反了人的生理規律。由此可知，天理其實就是滿足我們生存下來最基本的需求，除此之外的都是人欲。
如何“存天理滅人欲”，程顥和程頤的方法不同。程顥認為，人性本是善的，天理就在我心中，所以隻需要在自身上下功夫就可以了。而程頤雖然也認為人性是善的，但是卻認為不能僅僅在心上用功，必須要去外界尋找天理，也就是說，必須要依靠外界的力量“格物致知”來讓自己的人性達到至善的境界。
二人的主張不同，是因為心性不同。有這樣一則軼事，很能說明問題。兄弟二人去參加宴會。宴會上，哥哥程顥對主人送到懷裏的歌女溫存備至，而弟弟程頤對懷裏的美女連看都不看一眼，反而氣得七竅生煙。回家後，他指責哥哥有失體統。程顥大吃一驚，說：“我當時在飯局上，懷裏有美女，心中就有美女，我現在回家了，懷裏沒有美女，心中也沒有了，而你直到現在，心中還有美女？”
這個故事恰好戲劇性地驗證了兩人的思想。程顥認為，一切都是心的問題。而程頤則認為，必須要時刻約束自己，讓外界的規則來規範自己的心。
南宋時，朱熹繼承了程頤的思想，而陸九淵則繼承了程顥的思想。朱熹和陸九淵憑借天資將這兩種思想發揚光大，這就是後來的程朱理學和陸九淵心學。
無論是程朱理學還是陸九淵心學，目的都是為了存天理去人欲。為什麼要存天理去人欲呢？另一位理學大師張載給出了答案：為天地立心（為社會重建精神價值），為生民立命（為民眾確立生命意義），為往聖繼絕學（為前聖繼承已絕之學統），為萬世開太平（為萬世開拓太平之基業）。
如此精彩雄壯的格言，在中國乃至世界史上隻此一次。這四句話，就是理學家的名片。
實際上，理學的思路雖然來自道家，但創造它的人都承認，理學是儒家思想，是新儒學。不過，理學談的卻是儒家鼻祖孔子最不願意談的問題“性和天道”（子罕言性與天道），表麵上看，這背離了孔子的方向，但其實不是這樣。
孔子之後，儒家分為六派（李斯為代表的小康派，孟子為代表的大同派，董仲舒為代表的天人感應派，孟子、荀子和告子為代表的心性派，荀子為代表的考證派，司馬遷為代表的記篡派），其中有兩派在日後發揚光大，一派是天人感應派，在兩漢時期威風八麵；另一派則是心性派，多年以後，它改頭換麵而成為理學。
孟子說人性本善，荀子說人性本惡，告子則說，人性可善可惡。理學家則說，孟子說得對，荀子說得也有道理，而告子給我們提了個醒。所以，我們應該時刻注意自己的心，一定要“存天理滅人欲”。