楊璟、周德興、張彬等人從湖廣出師，南下永州，一路上攻無不克，戰無不勝。永州守將鄧祖勝派兵死守，楊璟在西江造了一座浮橋，渡兵攻城。幾十天之後，城裏的糧食全部吃完。鄧祖勝服毒自盡，永州隨即被攻下。後來，周德興、張彬攻下全州。廖永忠攻下廣州、梧州、藤州、桂林。隻有楊璟、周德興、張彬等人進攻靖江，幾十天都沒有攻下。朱亮祖領兵前來會師，駐紮在象鼻山下。四麵圍攻，仍然不能攻克。楊璟氣憤難耐，命人將護城河裏的水一律放幹，又從壕溝裏築起土堤，直通北門。隨後派兵猛撲，當即登城。後又移兵郴州，招降兩江土官黃英衍、岑巴延等人。廖永忠也指揮耿天璧攻破了賓州、象州。兩廣平定，楊璟等人凱旋而歸。這一年是元朝順帝至正二十八年，也是明太祖洪武元年。
方國珍投降後，李善長等人上疏勸朱元璋登基，朱元璋不肯答應。奏折再三呈上，朱元璋才命人去辦理。太史令劉基擇定吉日，朱元璋在戊申年正月四日即皇帝位，國號明，改元洪武。即位前三天，在南郊築壇，一切禮儀俱備。朱元璋命群臣齋戒沐浴，共同趕赴南郊。先祭拜天地，接著是日月星辰、風雲雨雷、五嶽四瀆、名山大川。壇下鼓樂齊鳴，壇上煙霧繚繞。朱元璋親自登壇，行祭告禮。太史令劉基誦讀祝文。祝文讀完之後，朱元璋率群臣拜跪。當天，風和日麗，碧空萬裏，與連日黑雲沉沉、雨雪交加的氣象大不相同。人人都說這是太平盛世的預兆。
祭祀完畢，李善長帶著文武百官、都城父老高呼萬歲，接著朱元璋帶著皇子、大臣祭告宗廟。禮畢回朝之後，朱元璋在大殿受群臣朝賀，並封馬氏為皇後，封長子朱標為皇太子，任用李善長、徐達為左、右丞相，劉基為禦史中丞兼太史令。各位功臣也都加官晉爵。於是，明室初定，曆史上稱他為明太祖。
太祖罷朝回宮之後，對馬皇後說：“朕從布衣起家，能做上皇帝，外倚功臣，內靠賢後。每每想起從前與郭氏住在一起的艱苦日子就暗自感慨，要不是皇後從中調停，偷偷接濟朕，朕怎麼能有今天？豆粥麥飯，銘記在心，永不相忘。皇後跟隨朕東征西討，親手為朕穿上鎧甲戰靴，種種勞苦，數不勝數。古人稱家有良婦，如同國有良相。如今我有如此賢惠的皇後，才深信古語不假啊！”馬皇後說：“臣妾也聽說夫婦相保易，君臣相保難，陛下不忘貧賤之妻，但願也不要忘記患難之臣！”太祖說：“唐有長孫皇後勸太宗不忘魏征，你可以和古人媲美了！”馬皇後說：“妾怎麼敢和古人相比。”太祖說：“你沒有父母，隻有族人。朕把他們招到朝中給他們封官，怎麼樣？”馬皇後叩謝說：“高官厚祿應該賞給賢臣，不應該私給外戚，陛下不要妄徇私恩啊！”太祖點頭。
徐達、常遇春等人引兵攻入山東，各路元軍紛紛投降。後來轉攻益都。益都城內，元宣慰使普顏不花與母親妻子訣別後，出城死戰，被明軍擒拿，因不肯屈服而被殺害。元總管胡浚、知院張俊先後自盡。普顏不花的妻子阿魯真抱著子女，投入井中。接著東平、東阿、濟南、濟寧、萊陽各路守將，不是聞風而逃，就是解甲投降。太祖又派湯和修造海舟，給北征軍送去糧餉，並命康茂才率領一萬兵馬支援北征軍。常遇春攻克東昌，徐達攻下樂安。山東全境，全納入明朝版圖。