太祖將胡惟庸淩遲之後，又將陳寧等人一律正法。塗節雖然自首，但終究收了賄賂，參與了謀劃，也被處以死刑，其餘的黨羽均遭到連坐。這次獄案中，有一萬多人被屠殺。隻有李善長、陸仲亨、費聚三個人因為和太祖是患難之交，太祖不忍心加罪。後來，太祖聽說雲奇重傷身亡，非常惋惜，就追封他為右少監，賜葬鍾山。翰林學士承旨宋濂那個時候已經罷官，他的侄子宋璲和長孫宋慎都被判為胡惟庸的黨人，而遭連坐。隨後，宋濂也被押送到京城，準備投入大獄，處以死刑。馬皇後進諫說：“百姓家裏給兒子請個老師都非常敬重，何況宋濂曾經親自教過皇子，難道就不能保全他嗎？”太祖說：“既然是逆黨，還談什麼保全？”馬皇後又說：“宋濂早就告老還鄉了，一定不知道這件事情。”太祖生氣地說：“你一個婦道人家，知道什麼？”馬皇後低頭不語。後來，馬皇後侍奉太祖進餐，沒有準備一點酒肉。太祖問她什麼原因，馬皇後痛哭流涕：“臣妾聽說宋先生馬上要被斬首，心裏麵痛惜得很，願意替皇子們服喪。”太祖扔下筷子，當即赦免了宋濂，將他安置在茂州。宋濂走到夔州的時候，因病逝世。宋濂教導太子十一年，兢兢業業。當時，海外各國的使節前來拜訪，必問宋濂是否健康。宋濂去世時七十二歲，朝中上下，無不痛惜。
洪武十四年秋，太祖命傅友德為征南將軍，藍玉為左副將軍，沐英為右副將軍，率步騎三十萬，征討雲南。雲南在元順帝時，被明玉珍攻破，後來大理援軍趕到，擊退了明玉珍。元主北逃之後，雲南沒什麼變化。太祖認為那裏過於偏僻，不想用兵，特意命翰林院待製王禕前去詔諭。哪知元主派人去征糧，脅迫王禕投降，王禕因不肯屈服而慘遭殺害。後來，太祖再派湖廣行省參政吳雲前去，又被殺害。
太祖一氣之下，命傅友德等人南征，旌旗蔽江而下。傅友德到達湖廣之後，調集都督郭英、胡海、陳桓等人，領兵五萬，從四川永寧趕往烏撒。自己帶著大軍從辰沅趕往貴州，路上攻克了普定、普安。元朝梁王把匝剌瓦爾密派遣司徒平章達裏麻領兵十餘萬，駐紮在曲靖，抵禦明軍。沐英獻計說：“元兵認為我們遠道而來，肯定一時不能深入。如果我們火速前進，出其不意，一定可以破敵。”傅友德點頭稱好，於是連夜進兵。快到曲靖的時候，忽然天降大霧，茫茫然一片。明軍冒霧疾進，直抵白石江。白石江在曲靖的東北麵，距城不過幾裏。達裏麻這時才得知消息，急忙派一萬精兵臨江堵截。傅友德又用沐英的計策，把軍隊駐紮在江邊，做出要渡江的樣子，暗中另派奇兵從下遊偷偷渡江，殺到敵人陣後，張旗鳴鼓。達裏麻大驚失色，急忙分兵抵敵。沐英見敵人的陣勢已經鬆動，料知敵人中計，急忙麾軍渡江。元軍腹背受敵，自然抵擋不住。明軍乘勢逼近，喊殺聲驚天動地。沐英親自率領鐵騎，橫衝而入，直奔達裏麻跟前，大喝一聲，挺槍直刺。達裏麻被他一嚇，竟然摔落馬下。明軍一擁而上，將他擒獲。這場戰役，共俘虜兩萬多士兵。