建文帝即位後，下詔令各地的藩王無須來京。於是諸王都派使節前去朝賀，隻有燕王朱棣星夜兼程南下。快到淮安的時候，兵部尚書齊泰得到消息，稟報了建文帝。建文帝派使臣前去阻攔，燕王怏怏不快而回。
起先，太祖在世時，因為建文帝頭長得有點偏，性格又過於柔弱，擔心他不能擔負重任，有過另立儲君的念頭。一天，太祖令朱允炆詠月，他在結尾寫道：“雖然隱落江湖裏，也有清光照九州。”太祖看了，心裏非常不高興。後來又讓他對詩。太祖出上聯：“風吹馬尾千條線。”建文帝說：“雨打羊毛一片羶。”太祖聽了，臉色大變。當時燕王就上前對道：“日照龍鱗萬點金。”太祖不禁叫絕：“好對！”從此太祖更加喜愛燕王，不想立建文帝為儲君。偏偏學士劉三吾一再請求冊立太孫，這才勉強答應。
建文帝雖是個優柔寡斷的人，但對各地藩王卻也有所顧忌。即位以後，親信的大臣第一個是齊泰，第二個是侍讀黃子澄。一天晚上，建文帝忽然召黃子澄入內，問他道：“先生還記得東角門的談話嗎？”黃子澄應聲說道：“臣不敢忘。”建文帝馬上封黃子澄為太常侍卿，參領國事。原來在建文帝還是太孫的時候，曾坐在東角門問黃子澄：“各位皇叔擁兵自固，假如有什麼變端，應該如何對付？”黃子澄說沒有關係，且列舉了漢景帝平七國的故例，建文帝這才高興起來。這次與黃子澄提到這些，無非是讓他在一旁輔佐，監製外藩。後來，戶部侍郎卓敬遞上一封密奏：“燕王智慮過人，酷似先帝。現在鎮撫北平，兵強馬壯，萬一有什麼變化，會很難控製，應該將他封到南昌。”建文帝看完之後，將卓敬召入殿中，和他說：“燕王與朕是骨肉至親，應該不會有什麼變端。”卓敬叩頭提醒：“陛下難道沒聽說過隋文帝楊廣的事嗎？父子之間都會謀逆，何況叔侄？”建文帝不等他說完，就搖頭擺手：“你不要說了！讓朕仔細想想。”這話傳了出去，頓時流言四起，都說新主有削藩的意思。
燕王首先得知消息，當即稱病。剩下周王、齊王、湘王、代王、岷王等人也都不能自安，於是互相勾結起來。周王朱橚的次子竟然密告建文帝說自己的父親不法，並牽扯到燕王、齊王和湘王。建文帝急忙召齊泰、黃子澄前來商議。齊泰說：“諸王中隻有燕王最強，除了燕王，其他人不用討伐。”黃子澄插嘴說：“齊尚書說錯了，想除掉燕王，必須先除掉他的手足。周王是燕王的弟弟，既然他密謀不軌，不妨將他捉來，定罪量刑。一可以除掉周王，二可以懲戒燕王。”建文帝大喜，吩咐他馬上去辦。黃子澄命曹國公李景隆假言防守邊關。經過汴梁，周王朱橚聽到消息，毫無防備。哪知李景隆到了開封，竟然率兵襲入王宮，把周王朱橚以及妃嬪等人統統拿下，押到京城。建文帝見了周王，又心生憐憫，想放了他。齊泰與黃子澄堅決認為不可。於是將周王朱橚廢為庶人，流放到蒙化，朱橚的兒子全部貶遷到別的地方。沒過多久，又把朱橚召回京城，囚禁在獄中。
燕王雖然身在北平，但京中的消息無不知曉。他一邊謊稱自己病重，一邊和僧人道衍日夜謀劃奪位一事。道衍本姓姚，名叫廣孝，自稱得到過異人的傳授，能知道吉凶。從前太祖封藩的時候，選了些名僧作為諸王的師傅。道衍被派入燕府，一見燕王，就說他要做天子。燕王非常高興，所有的事情都與道衍商議。道衍又引薦了兩個人，一個叫袁珙，善於相麵；一個叫金忠，善於卜卦。二人都說燕王貴為天子，燕王隨即動了心思，與他們三人日夜謀劃。
道衍首先提出要大造兵器。因為擔心有人泄露消息，就在後花園裏挖下密道，修建密室。密室裏麵日夜打造兵械，外麵則養了無數雞、鴨、鵝，讓它們不停地叫，以掩蓋打造的聲音。這些事情，除了燕王的親信之外，沒人知曉。原以為神不知，鬼不覺。可天下的事情，若要人不知，除非己莫為。這燕府日夜打造兵器的事情，很快一傳十，十傳百，傳到了京城裏，人人都說燕王準備謀反。
建文帝聽從齊泰的話，命工部侍郎張昺為北平布政使，都指揮謝貴、張信掌管北平的事情；命都督宋忠駐紮在開平，並將燕府的衛兵調走，說是防禦北寇；派都督耿瓛到山海關練兵，徐凱在臨清練兵，嚴行戒備。布置妥當之後，建文帝命人修撰《太祖實錄》，追尊懿文太子為孝康帝，廟號興宗，母親呂氏為皇太後，冊封妃子馬氏為皇後，兒子朱文奎為皇太子，封弟弟朱允熥為吳王，朱允為衡王，朱允熙為徐王。接著更定官製，內外官員的品銜都仿照周禮。