高拱入朝聽旨，宣旨的太監正是新任司禮監的馮保。高拱跪在下麵，氣得七竅生煙。那時情不能忍，可又不敢不忍，險些暈了過去。宣詔完畢後，各位大臣陸續起身，隻有高拱還匍伏在那裏，張居正趕緊走過去將他扶起來。高拱勉強起身，狼狽而出。回到京中的寓所之後，高拱匆匆收拾行李，雇了一輛牛車，離開了都城。張居正與高儀給小皇帝上疏請求朝廷將他留下來。朝旨不許。沒過多久，高儀就死了。於是假公濟私的張居正，自然而然地成為首輔了。
神宗即位後，追諡先皇為莊皇帝，廟號穆宗，又準備將陳皇後及李貴妃各自奉上尊號。明朝的製度是天子新立的時候，必須尊母後為皇太後。如果自己是妃嬪所生，生母也要稱為太後，不過尊號上麵要加以區別。那時太監馮保想在李貴妃麵前獻媚，就屢次暗示張居正，想將李貴妃與陳皇後並尊為皇太後。張居正不敢怠慢，就讓朝中大臣商議。大臣們隻知道趨炎附勢，哪個敢來攔阻？當下便尊陳皇後為仁聖皇太後，李貴妃為慈聖皇太後，仁聖皇太後居住在慈慶宮，慈聖皇太後居住在慈寧宮。張居正請慈聖皇太後移居乾清宮，照顧小皇帝的起居，獲得允準。慈聖皇太後教育小皇帝非常嚴格。每天五更的時候，必定到禦寢前，叫他起床，然後命左右扶著小皇帝坐起來。等小皇帝進水洗臉，吃過早點後，就讓他登殿視朝。早朝完畢後，小皇帝想嬉戲玩鬧一會兒，不願意讀書，慈聖皇太後就罰他長跪，因此神宗對她非常敬畏。慈聖與仁聖皇太後之間始終非常親密。每次神宗覲見的時候，慈聖皇太後都會問他去慈慶宮了沒有。所以神宗拜見完慈聖皇太後之後，必定會到仁聖皇太後那裏拜見。馮保雖然有太後恩寵，卻也不敢帶著小皇帝胡作非為。張居正受到太後囑托，一心想著整肅朝綱，以不負眾望。於是請開經筵，議定三、六、九日視朝，其他時間都在文華殿講讀。神宗很喜歡聽這些東西，還賞賜了張居正。萬曆改元之後，命成國公朱希忠以及張居正管理經筵事宜。張居正在經筵講讀完之後，就在文華殿後支一張小床，和神宗促膝密語。有一次，張居正帶病講讀，神宗竟親手為他煮椒湯，真是皇恩浩蕩，無微不至。
這年元宵節，張居正認為還在大喪期間，於是免去了燈火。第二天早朝，神宗剛剛走出乾清宮，突然看見一個男子神色倉皇，從甬道上急急忙忙地走來。侍衛以為他是太監，就問他進去有什麼事情，那人一言不發。大家一擁而上，將他拿住，在袖子裏搜出一把匕首，隨後將他押到東廠，讓司禮監馮保審訊。馮保立即審問，那男子自稱姓王名大臣，是總兵戚繼光的部下。馮保問完之後，將他收押，就去通報張居正，將供詞遞上。張居正說：“戚總兵統帥南北軍，忠誠可靠，想必不會做出這樣的事情。”馮保沒有說話。張居正微笑著道：“我這裏倒是有一計。”馮保問是何計，張居正就附到馮保耳邊低聲說：“足下生平所恨的無非就是高氏，如今正好借這名罪犯，把他們鏟平。”馮保大喜：“還有太監陳洪也是我的對頭，從前高拱曾舉薦他為司禮，這次我也要把他拉進去。”張居正說：“這就由足下自行裁奪吧。”
馮保稱謝而去。回家之後，找到一個叫辛儒的打掃茅廁的下人，授予他密計，讓他去教王大臣。辛儒本來就很狡猾，他進到牢裏麵，先和王大臣說了幾句話，接著又備下酒菜，與王大臣對飲，漸漸問起他的履曆。王大臣這時候喝了酒，昏頭昏腦地說：“我本來是戚大帥部下的三屯營南兵，因違反營規，被他痛打一頓趕了出來。後來流落到京師，受了許多苦。心想反正生不如死，就闖到宮裏麵，故意犯駕。朝廷問罪，我就一口咬住戚總兵，這樣他必定獲罪。他打我，我就害他，就算是死也瞑目了。”辛儒說：“戚總兵手握兵權，怎麼能被你扳倒？你這樣做不過是白白送了一條性命，我想你也是個好漢，何苦出此下策？現在有一個絕好的機會，你不但可以脫罪，還可以升官發財，你願不願意？”王大臣聽了這話，不禁站起來說：“有這種好機會？我肯定願意，但不知道是怎麼安排的。”辛儒低聲道：“你先坐下！聽我和你細說。”王大臣便又坐下，側耳聽著。辛儒說：“你就說是高相國高拱派你來行刺的。”王大臣搖著頭道：“我與高相國無冤無仇，怎麼能害他？”辛儒說：“你這個人，就是有些呆氣。皇太後、皇上都不喜歡高相國，所以才逐他回鄉。就是大學士張居正、司禮監馮保也都與高相國有過節。你要是扳倒了他，豈不是能討大家喜歡，邀來重賞嗎？”王大臣疑惑道：“那我不是要首先認罪嗎？”辛儒說：“自首可以免罪。況且這案子由馮公審訊，你要是照計劃去做，馮公自然會替你周旋。”王大臣聽到這裏，不禁起身下拜：“如果真像你說的那樣，你就是我的再生父母。”辛儒把他扶起，又和他暢飲幾杯，然後去報知馮保。