萬曆十四年正月，鄭妃生下一個兒子，取名為常洵，神宗立即晉封鄭妃為貴妃。大學士申時行等人認為，皇長子常洛今年已經五歲，生母恭妃卻始終沒有加封，而鄭妃剛剛生了皇子就被冊封，足見鄭妃專寵，將來一定會有廢長立幼的事情。於是上疏請神宗冊立東宮。神宗看完奏折後，馬上提筆寫道：“皇子們都還小，再等兩三年冊立也不遲。”批旨剛剛發下，戶科給事中薑應麟、吏部員外郎沈璟立即上疏抗奏。誰知奏折剛剛遞上，神宗看了兩眼，就扔在地上，生氣地說：“朕冊封貴妃，難道是為了立儲起見？大臣們怎麼能這樣誹謗朕呢？”二人隨後被貶。
沒過多久，刑部主事孫如法又上疏：“恭妃生下皇子五年，沒見晉封；鄭妃一生下皇子，就被冊封為貴妃，大臣們難免會動疑。”神宗惱怒，將他貶為朝陽典史。禦史孫維城、楊紹程等人也因請求立儲而被奪去俸祿。禮部侍郎沈鯉再次上疏請求一並冊封恭妃，神宗實在不耐煩，就召申時行進來問話：“朕並不想廢長立幼，怎麼會弄得朝議紛紛呢？”申時行說：“陛下向來公正，臣深深欽佩。現在陛下不妨下詔，說明立儲之後，自當加封恭妃，而大臣們隻要管好自己分內的事情就可以了。到那時人言自然就會平息。”神宗點頭，立即擬旨頒發。這旨意一下，言官更加激憤起來，你上一疏，我奏一本，全部都是指斥宮闈，攻擊朝政。神宗一概不理，所有臣工的奏折都被扔在紙簍裏。
鄭貴妃的父親鄭承憲，因為家裏非常貧窮，曾經將女兒許配給某個孝廉做妾。臨別的時候，父女抱頭痛哭，不勝淒涼。這位孝廉向來仁厚，看到這種情形，大為不忍，就將這樁婚事退掉了。鄭氏感激萬分，脫下一隻鞋子贈給孝廉，發誓定會報恩。入宮之後，鄭女大受皇上寵幸，想起以前的事情，仍然不能忘懷。不料竟然把孝廉的名字給忘記了，隻有一隻鞋子還保存在身邊，就特意命小太監到市場上去賣，要價很高。過了一年，無人問津，不過朝中卻傳為奇聞。那位孝廉得到消息後，就帶著自己的那隻鞋子來到京城，來到小太監賣鞋子的地方，拿出自己的鞋子一比，果然吻合。小太監問明他的姓氏，讓他留下來，並立刻報告了鄭貴妃。鄭貴妃哭著在神宗麵前講完自己的故事，並說：“要不是這位孝廉，臣妾哪有機會服侍陛下？”神宗也很感動，就將那位孝廉提拔為縣令，沒過幾年又升為鹽運使。
鄭貴妃備受恩寵，又生了一個麟兒，現在滿心指望的，無非是兒子能做上太子，以後自己就可以做太後。於是常常在枕席間要求神宗，請他立常洵為太子。神宗正在溫柔鄉裏纏綿，不敢惹惱貴妃，自然含糊答應下來。等出了西宮，想到廢長立幼不免又要引起大臣的爭執，因此左右為難，隻好將立儲的事情暫時擱起。偏偏禮科都給事王三餘，禦史何倬、鍾化民、王慎德又接連請求立儲。神宗看到這種奏折，都是隻看兩三行，就扔在一邊，一個字都不批。一天，神宗侍奉李太後進膳，李太後問他：“朝中的大臣屢次請求立儲，你為什麼不立皇長子呢？”神宗說：“他身份卑賤，是都人的兒子，不好冊立啊。”太後大怒：“你難道不是都人的兒子嗎？”說完，扔下筷子就要起身。神宗慌忙跪下去，直到太後怒氣全消，才站立起來。原來，那時候的後宮，稱呼宮人為都人，李太後也是由宮人得寵，所以才這麼說。神宗出了慈寧宮，轉到坤寧宮，與王皇後談起立儲的事情，王皇後也委婉地勸解了一陣。王皇後端莊賢淑，善於侍奉兩宮太後，盡管鄭貴妃寵冠後宮，王皇後也不和她計較。所以神宗和皇後之間仍然沒有隔閡。
萬曆十八年正月，皇長子已經九歲。神宗親臨毓德宮，召見申時行、許國、王錫爵、王家屏等人商議立儲的事情。申時行等人還是認為應該冊立長子。神宗說：“長幼自有次序，朕豈會不知道這個道理？但長子還小，是不是再推遲一段時間？”申時行等人就說：“長子已經九歲，正是教化的時候。”神宗點頭。幾個人叩頭退下，剛出宮門，忽然有司禮監的人追上來說：“皇上已經宣皇子入宮，與先生們一見。”申時行等人再次返回宮中。皇長子、皇三子依次前來。神宗召過皇長子，讓他站在禦榻右麵，並問申時行等人：“你們看這孩子相貌如何？”申時行等人抬頭看了一會兒，齊聲說道：“皇長子龍姿鳳態，儀表非凡，足以見得皇上的仁慈使後代昌盛。”神宗欣慰地說：“這都是祖宗的德澤，朕怎麼敢當？”申時行說：“皇長子漸漸長大，應該是讀書的時候了。”王錫爵也說：“皇上正位東宮的時候，隻有六歲，那時候就已經讀書了，皇長子讀書已經晚了。”神宗說：“朕五歲便能讀書。”說著，又指著皇三子說，“這孩子也五歲了，還離不開乳娘呢。”隨後將皇長子抱到膝前，撫摩著他的頭。申時行等人又進言：“有這種美玉，怎麼不早點琢磨，讓他成器呢？”神宗說：“朕知道了。”