明萬曆年間，泰寧衛的酋長炒花屢次侵略遼東，雙方互有死傷。炒花是巴速亥的堂弟，巴速亥被李成梁殺死後，他的兒子巴土兒與炒花想起舊怨，於是屢次前來侵略，先後被李成梁擊退。李成梁卸職後，總兵董一元接替了他的職務，巴土兒、炒花等人糾集土默特部，大舉入犯。董一元在鎮武堡設下埋伏，用老弱殘兵誘敵深入，大破敵軍。巴土兒中了暗箭，負傷而逃，沒過多久便死了。炒花心有不甘，就唆使青海酋長火落赤、永邵卜等人相繼侵擾。甘肅參將達雲偷偷繞到敵人背後，殺得敵兵十個裏麵死了八九個，被當時的人稱為戰功第一。朝廷升任達雲為總兵官，從此鎮守西陲，敵寇不敢再進犯。
後來，遼東總兵董一元調赴朝鮮，神宗特任李如鬆繼任。李如鬆率輕騎出塞，正碰上土默特部眾前來侵擾。李如鬆迎頭痛剿，接著乘勝進逼，想要搗入敵人的巢穴。誰知番兵竟然從四麵八方前來支援土默特，李如鬆被困在中間，因孤掌難鳴，糧盡援絕，活活戰死在沙場。神宗命李如梅接任，李如梅擔心重蹈覆轍，不敢輕易進兵，被人以擁兵畏敵的罪名參劾，不久被罷官。後又任命七十六歲高齡的李成梁鎮守遼東。李成梁素有威名，上任以後，與番人停戰，互通往來。在他鎮守的八年裏，遼東還算安定。
日本侵略朝鮮的時候，播州宣慰使楊應龍上疏，表示願意率領五千人征討倭人。誰知楊應龍剛剛起程，就傳來倭人議和的消息，楊應龍隻好滿心不快地返了回來。這楊應龍並非有心報主。他的祖宗叫做楊端，曾在唐乾符年間占據播州，後來向中原稱臣。洪武初年，他的子孫又派使臣納貢，爵位一直傳到楊應龍。楊應龍從征蠻夷，恃寵而驕。貴州巡撫葉夢熊以及巡按陳效，曾經多次奏稱楊應龍凶狠狡詐的罪狀，大明朝廷因為邊境多事，沒有來得及查問。這下子，楊應龍更是肆無忌憚。他所居住的府第中裝飾著很多龍鳳圖案，還擅自用了幾個太監。他有個小老婆叫做田雌鳳，深得寵愛，並與正室張氏不和。楊應龍竟然誣陷張氏，將她砍死，並殺了她的全家。張氏的家人上疏告變，葉夢熊請求發兵討伐。楊應龍急忙趕到重慶自首，表示願意出兩萬銀子來贖罪。主審官不肯答應，楊應龍就主動請求去征討高麗的倭人。這次中途罷兵，朝廷特派都禦史王繼光巡撫四川。楊應龍怎肯再次上鉤？官軍一再追捕，他就聚眾抗拒，甚至殺死多名官軍。王繼光看不過去決定征討，隨即火速趕到重慶，與總兵劉承嗣、參將郭成等人，三路進軍，越過婁山關，來到白石口。楊應龍假裝投降，暗中卻招集苗兵襲破官兵大營。都司王之翰全軍覆沒，各路將士倉皇而逃。王繼光遭到這種挫折，職位自然不保，當下奉旨奪官，改任譚希思為四川巡撫，並調兵部侍郎邢玠總督貴州。邢玠命重慶太守王士琦前去宣諭，令楊應龍主動請罪。楊應龍身穿囚服在郊外迎接，將部下黃元、阿羔、阿苗等十二人一同獻上，並表示願意出四萬兩銀子贖罪，先將次子楊可棟作為人質，錢到之後再將他贖回來。王士琦回去後，將黃元等人斬首。
楊可棟被軟禁在重慶後，立即生起病來，在床上躺了幾天，便一命嗚呼。楊應龍痛心疾首，領走棺槨後，索性開始抵賴。王士琦催促他繳納贖款，楊應龍說：“我兒子還能複活嗎？要是我的兒子還能複活，我就如數繳納。”隨後，他糾集苗人，據險自守，燒毀草塘、餘慶兩司，並圍攻黃平、重安，沿途殺害官吏百姓，奸淫擄掠，無惡不作。
正巧這時貴州巡撫改任為江東之。江東之命都司楊國柱、指揮李廷棟，率領部兵三千人，去剿殺楊應龍。到了飛練堡，楊應龍的兒子楊朝棟以及弟弟楊兆龍等人，帶兵迎戰。戰了沒多久，楊朝棟等人便紛紛倒退。楊國柱等人一直追至天邦囤，被楊朝棟、楊兆龍等人兩路包抄，左右猛擊，三千人霎時間被殺得精光。楊國柱、李廷棟等人統統戰死。江東之被奪職，代之以郭子章。又特派前四川巡按李化龍為兵部侍郎，總督川、湖、貴三省軍務。李化龍約劉、麻貴、陳璘、董一元等人一同前來。
楊應龍聽說大兵將至，先糾集了八萬兵馬侵犯綦江。綦江城裏的守兵不滿三千人，哪裏敵得住叛賊？參將房嘉寵殺死妻兒，與遊擊張良賢舍命防守，最終因寡不敵眾，在巷戰中身亡。楊應龍將庫銀取出犒勞三軍，並屠殺全城。李化龍趕到重慶時，楊應龍已經五路並出，攻破了龍泉司，接著楊應龍集齊各路兵馬，登壇誓師，兵分八路而進。
官兵這邊，四川的兵馬分為四路，總兵劉由綦江攻入；馬孔英由南川攻入；吳廣由合江攻入；副將曹希彬受吳廣管束，由永寧攻入。貴州的兵馬分為三路，總兵董元鎮從烏江出發；參將朱鶴齡受董元鎮的管製，統領宣慰使安疆臣，從沙溪出發；總兵李應祥從興隆出發。每路兵約有三萬人。部署好之後，劉從綦江出發，進攻三峒。三峒地勢險峻，被稱為是奇險之地。賊兵頭目穆炤等人踞險防守，劉手執大刀，斬關直入。楊應龍久仰劉的威名，特派兒子楊朝棟從小路出擊。劉怒馬躍出，首先陷陣，一柄亮晃晃的大刀，盤旋飛舞，苗兵不是被砍，就是被傷。亂賊抵擋不住，紛紛奔走相告：“劉大刀到了！劉大刀到了！”楊朝棟被劉大喝一聲，嚇得手忙腳亂，慌忙丟掉手中的兵器，逃命去了。劉大殺一陣，乘勝進軍桑木關、烏江關、河渡關、婁山關，在白石駐紮下來。楊應龍情急萬分，決定率領苗兵死戰。想盡各種辦法，還是連戰連敗，楊應龍非常窘迫，與兒子楊朝棟抱頭痛哭。沒過多久，官兵開始圍攻土城，楊應龍散金懸賞，招募敢死隊，卻沒有一個人前來效命。楊應龍提著刀出來巡視，隻見四周火光齊天，官兵已經從四麵八方登城進來，隻好帶著兩名愛妾自縊身亡。官兵找到楊應龍的屍體，並生擒楊朝棟、楊兆龍等一百多人，其中包括楊應龍的小妾田雌鳳。將士們凱旋而歸。