內官韓本用等人拿住莽漢之後，將他綁到東華門，由指揮朱雄收監。過了一晚，皇太子將事情上報，朝廷命巡城禦史劉廷元秉公審訊。劉廷元提出當場審問罪犯。那罪犯自稱是薊州人，姓張名差。除了這兩句之外，說話顛三倒四，無從查究。劉廷元看他瘋瘋癲癲，就再三誘供。他卻總是信口亂說，什麼吃齋，什麼討封，以至於問了好幾個時辰，都沒得到什麼有用的線索，惹得劉廷元厭煩起來，當即退了堂，奏請派人另審。
朝廷又派刑部郎中胡士相、嶽駿聲等人複審，張差似乎清醒了一點，供稱：“李自強、李萬倉等人燒了我的柴草，我氣憤難忍，就想到官府告狀。四月份我來到京城，從東門走進來，找不到路，就改往西走，遇見兩個男子，他們給了我一根棗木棍，說拿著這個可以申冤。我一時瘋迷，闖入宮中，打傷守門衛兵，走到前殿的時候就被抓住了。”這話說得模模糊糊，胡士相等人不得要領，難下斷詞，仍隻好照著劉廷元之前的奏折複旨。
當時葉向高因病告退，改用方從哲、吳道南為內閣大臣。二人資曆尚淺，威望不高，不敢多說什麼，就和刑部商議，準備依照宮裏以前的例子，將他斬首。這奏折還沒遞上去，提牢主事王之寀卻有新的線索上報。原來王之寀到獄中發放飯菜的時候，私下裏問張差到慈慶官鬧事的緣由。張差起初不肯承認，後來又說不敢說。王之寀讓左右退下，然後細細盤問。張差這才說：“我的小名叫張五兒。父親名叫張義，已經病故。最近馬三舅、李外父叫我按照一個不知姓名的老公公的吩咐行事，並約好事成之後給我田地。我就跟著他們來到北京，走到一座大宅子。然後一個老公公來了，他請我吃飯，還囑咐我說，你先衝進去，撞著一個殺一個，殺人也不礙事，我們定會救你。吃完飯後，他就帶著我從厚載門進到慈慶宮。守衛阻攔，被我擊傷。後來因為老公公太多，我就被抓住了。”王之寀知道“老公公”三個字是太監的通稱，要查也無從查起，於是問起馬三舅、李外父的名字以及大宅的住處。張差卻又開始答非所問、裝瘋賣傻。王之寀將獄錄詞寫出交給主審官，侍郎張達得知後就說：“張差既沒有瘋也不是狂，他有謀略有膽識。因為擔心受到刑罰而不肯招，欲言又止。請皇上親自審訊，或者派三司會審，一切自然水落石出。”戶部郎中陸大受以及禦史過庭訓接連上疏請求速斷，神宗都沒有回應。
過庭訓就給薊州發去檄文，讓當地官員搜集證據。後來，知州戚延齡上報：“鄭貴妃派太監到薊州建造佛寺，太監燒製陶瓷需要柴薪。當地人於是都想去賣柴薪賺點小錢。張差把自己的地賣了，換成柴薪，想從中牟利。不料被當地人嫉妒，一把火把他的柴全都燒掉了。張差到太監那裏訴冤，反而被太監指責。想到自己破產，竟然開始發瘋，就想上京來告禦狀，這便是張差到京城的緣由。”大臣們看了這信，都說張差確實是瘋子，可以結案了。隻有員外郎陸夢龍認為這件事關係重大，不應該模糊結案，於是又讓十三司會審，然而張差的供詞還是沒有變。陸夢龍於是親自去勸誘，給了張差紙筆，讓他畫出入宮的路徑，以及遇到的人的姓名。還說可以替他脫罪，償還燒毀了的柴薪。張差信以為真，喜出望外，馬上寫道：“馬三舅名叫馬三道，李外父名叫李守才，都住在薊州井兒峪。前麵說的不知道姓名的老公公，其實是修築鐵瓦殿的龐保，不知道街道的宅子，其實是朝外劉成的大宅。三舅、外父常常到龐保那裏送灰，龐保、劉成兩個人在玉皇殿前麵商量，讓三舅、外父逼迫我打到宮裏。如果能打到小爺，吃也有了，穿也有了。姐夫孔道也這麼說。”說完之後，拿筆畫出路徑，然後呈上。陸夢龍看完之後，高興極了，安慰張差幾句，就給薊州發去檄文，押解馬三道等人上路，接著還請法司提龐保、劉成對質。龐保、劉成都是鄭貴妃的內侍，這次由張差供出，就算鄭貴妃巧舌如簧，也洗不清這層連帶關係。給事中何士晉遞上奏折，直攻鄭國泰，並涉及鄭貴妃。