萬燝被杖責之後，當場昏厥。蘇醒過來後，又經一幫走狗任意踢踏，哪裏還能保得住性命？閹黨將他拖出，由家人帶回寓所，沒過幾天便去世了。魏忠賢再次假傳聖旨，命太監捉拿禦史林汝翥，按照萬燝的例子懲治。這林禦史是葉向高的外甥，曾經在巡視都城的時候，看見兩個太監搶奪百姓財物，互相鬥毆，當即斥責他們鬧事，並鞭笞一番結案。這兩個太監回去之後告訴了魏忠賢，魏忠賢正想示威，索性將林汝翥一並捉拿。林汝翥得知消息後，擔心會重蹈萬燝的覆轍，就逃到了城外。太監們無處拘拿，還以為他逃到了葉向高的府裏，竟然一哄而入，謾罵索要。葉向高氣憤至極，立即上疏說：“國家兩百年來，從來沒有太監囂張到如此地步，竟敢圍攻內閣大臣的府第。臣遭此淩辱，再不辭官，還有何麵目見士大夫？”熹宗總算是好言挽留，並撤回了太監。林汝翥趕到遵化軍門，表示寧願到大殿受杖，也不願意受閹黨的私刑，得到準許後，林汝翥來到宮門，被杖責百下，不過吃了幾天的痛楚，還不至於損傷性命。葉向高目睹時弊，心灰意冷，呈上二十多封奏折，全部都是告老還鄉的，熹宗就命人將他送回去。葉向高兩次擔任宰相，秉性忠厚，頗好扶植善類，被清流正士所倚賴。隻是袒護門生王化貞以至於貽誤邊疆一事，是他平生最大的缺憾。三年後，葉向高病死在家中，崇禎初年才追封他為太師，賜諡號文忠。
葉向高離開後，韓爌升為首輔，屢次與魏廣微等人發生口角。韓爌於是上疏辭官，聖旨反而責備他專橫，將他罷官。韓爌與葉向高向來被東林黨人所推崇，二人相繼離開後，隻有吏部尚書趙南星算是領袖。魏忠賢向來仰慕趙南星的大名，曾經派外甥傅應星前去拜訪，遭到拒絕。內閣大臣魏廣微本來是趙南星的故友，二人一直有往來。魏廣微諂附魏忠賢之後，趙南星就和他斷絕了聯係。此後，魏廣微曾三次拜訪趙南星，都被拒之門外。魏廣微於是懷恨在心，就和魏忠賢一起設法排擠趙南星。趙南星在朝中的時候，將高攀龍、楊漣、左光鬥、魏大中等人引為知己，希望能與他們共同輔佐朝政。可惜魏忠賢在內，魏廣微在外，都想著霍亂朝綱，傾絕正士，漸漸地君子道消，小人道長。況且明朝氣數將盡，出了一個昏庸絕頂的熹宗，隻喜歡小人，不喜歡君子。任憑你如何正直，統統沒用，隻能遭來小人側目，貽禍自身。
明朝故例，巡按禦史回朝的時候，必須經過都禦史考核，稱職之後才能複任。禦史崔呈秀貪贓枉法，回朝複命。湊巧高攀龍是左都禦史，他秉公暗查，得知他貪汙受賄的事情，馬上檢舉揭發。趙南星又遞上奏折說應該讓崔呈秀戍邊，朝廷將他革職。崔呈秀非常害怕，急忙帶著金銀財寶夜訪魏忠賢，叩過頭，獻上寶貝之後，便要認魏忠賢做幹爹。魏忠賢自然歡喜，居然高堂上座，受了他的三叩九拜。崔呈秀趁此機會，一再說趙南星、高攀龍等人故意找碴兒，這類人不除掉的話，自己定會死無葬身之地。魏忠賢聽一句，點一下頭，說道：“老子還在，不怕他不落到我的手裏，你不要擔心了！”崔呈秀拜謝而去。
正巧山西巡撫有個空缺，趙南星舉薦大常寺卿謝應祥前去。偏偏禦史陳九疇上疏說：“謝應祥曾經擔任嘉善知縣，與魏大中有師生之誼，魏大中托人為他找到這個空缺，徇私枉法，應當斥責。”魏忠賢看到奏折後，就假傳聖旨降魏大中的官職，並將陳九疇一並論罪，去官三級，還責怪趙南星等人朋黨謀私。趙南星馬上辭官，聖旨批準，立即將他免官。推選吏部尚書的時候，侍郎於廷推薦喬允升、馮應吾、汪應蛟等人，楊漣沒有幹預。魏忠賢假傳聖旨責怪楊漣大不敬，並說喬允升是趙南星的私黨，左光鬥與楊漣朋比為奸，都應該削官，另升徐兆魁為吏部侍郎，喬應甲為副都禦史，王紹徽為僉都禦史。徐兆魁等三人都曾經被趙南星摒棄，於是轉而依附魏忠賢。朝廷大權，盡歸魏閹掌握了。