崇禎三年至九年，這六年期間，內閣大臣時不時地變動。吳宗達、錢象坤、鄭以偉、徐光啟、錢士升、王應熊等差不多有二十多人，除了在職病逝之外，通通是入閣不久就被退免。說起原因，都是那才能平庸、氣量狹小的溫體仁弄出來的。溫體仁在崇禎三年入閣，之後就像銅澆鐵鑄一般，再也沒有變動過官職。他表麵上謙虛謹慎，遇到國家大事，一定首先稟報懷宗親裁，內憂外患的時候，沒聽說他獻上一條計策。懷宗陳綱獨斷，還以為他恭謹謙和，將他任為首輔。哪知他專門排擠異黨，傾軋同僚，所有的內閣大臣不管才能如何，隻要對他稍稍違忤，馬上就會遭到排斥。錢象坤是溫體仁的門生，他在溫體仁之前入閣。後來溫體仁輔政，錢象坤對他行弟子禮，凡事都很謙讓，唯獨不肯無端附和。溫體仁將他視為異己，排斥出閣。即便是暗地裏為溫體仁援引的周延儒也中了他的陰謀，隻好辭官告退。工部侍郎劉宗周屢次上疏指陳時弊，言辭雖然激憤，卻並沒有明斥溫體仁。溫體仁竟然恨他多嘴，準備編造劉宗周的罪狀。正巧劉宗周的奏折中有一句話牽扯到溫體仁，溫體仁就入奏懷宗，情願辭官。懷宗正信任溫體仁，自然遷怒於劉宗周，當即傳旨將他削官。劉宗周是山陰人，回鄉之後便隱居講學去了。後來劉宗周在蕺山講學，被人稱為“蕺山先生”。溫體仁又建議內閣的揭帖一概不頒發，所以大臣們即使被他中傷，也無人知曉。但天下事若要人不知，除非己莫為。自己陷害別人，免不了也會被別人陷害。常熟人張漢儒依照溫體仁的意思誣陷錢謙益，溫體仁隨即擬旨逮問錢謙益。錢謙益擔心得很，就買通了幾道關口，向司禮監曹化淳求救。張漢儒得知情形後，密告溫體仁，溫體仁又去請懷宗判曹化淳的罪。曹化淳是懷宗的幸臣，得到消息後，馬上到皇帝麵前哭訴，請求徹查。最後查出溫體仁、張漢儒朋比為奸。懷宗這才醒悟，先將張漢儒處死，又將溫體仁免官。溫體仁還悠然自得，自以為沒事，哪知竟有免官詔旨下來，當時便嚇得麵如土色，連筷子都掉到了地上。
此後，懷宗又起用了另外一班內閣大臣，如張至發、孔貞運、賀逢聖、黃士俊、劉宇亮、傅冠、薛國觀等人，大多是幾進幾退，毫無建樹。此外，內外的監軍全部由閹人擔當。京外的監軍以太監高起潛為首，京內的監軍以太監曹化淳為首。後來懷宗召楊嗣昌為兵部尚書兼東閣大學士，參與機要政務。這楊嗣昌胸中沒有什麼雄才偉略，單靠一張利嘴能言善辯。他提議大舉平定亂賊，將各省官兵分為四正六隅，稱為“十麵羅網”。後來還呈上了籌集糧餉的四條建議，但四條裏麵沒有一條可取。楊嗣昌留意將才，引薦了一人，此人是陳奇瑜第二，叫做熊文燦。熊文燦本來在廣西任職，懷宗因為有楊嗣昌推薦，就派身邊的太監去察探虛實。熊文燦留他宴飲十日，並給了幾百金的賄賂。席間談到中原寇亂的時候，熊文燦酒酣耳熱，不禁拍案痛罵：“都是庸臣誤國才遺禍國家，若讓文燦前去，還用得著擔心嗎？”中使站起來說：“上麵正想起用您，您如果真有撥亂之才，朝旨立刻就下了。”熊文燦還在那裏說個不停。第二天酒醒之後，熊文燦後悔自己失言，又與太監談到五難四不可的條件。
過了幾天，詔命果然頒下，授熊文燦為兵部尚書，總管南畿、河南、山西、陝西、湖廣、四川軍務。熊文燦毫不推辭，立即招募粵人用來自衛，弓箭甲胄很是整齊。一切就緒之後，熊文燦起程北行。路過廬山的時候，熊文燦前去拜見僧人空隱。空隱素有才學，隻因痛心亂世，才棄家為僧。熊文燦與他是故交，二人一見麵，空隱也不向他祝賀，隻對著他感慨道：“錯了！錯了！”熊文燦覺得他話中有話，就屏退隨從，問起原因。空隱說：“您此次受命領兵，自問能製敵於死地嗎？”熊文燦躊躇了半天，說了一句：“不能。”空隱又問：“剿賊的將領裏有可以獨當一麵，不勞煩你指揮就能平定亂賊的嗎？”熊文燦說：“也沒有。”空隱歎道：“你連個依靠的人都沒有，如何能擔當大任？皇上對你的希望很大，一旦你讓他失望，恐怕會遭到不測。”熊文燦聽了這話，臉色大變，退了幾步，又問道：“招撫怎麼樣？”空隱說：“我就知道你一定會出此下策，流寇與海寇不同，你還是慎重起見吧，千萬不要誤了自己，誤了國家！”熊文燦半信半疑，告別而去。到了安慶，左良玉率兵前來會師，彼此敘談一番，非常投契。熊文燦立即上疏，請將左良玉的六千名部下歸自己直接管轄，朝旨允許。可這左良玉本來就桀驁不馴，哪裏肯受熊文燦的統轄？彼此住了幾天之後，左良玉的部下就開始和粵軍不和，互相謾罵。熊文燦不得已，隻好遣回南兵，自己與左良玉同入襄陽。