河北一帶全部被清兵占有。隻有江南的半壁江山，還擁戴著一個福王朱由崧。朱由崧是福王常洵的長子，從河南逃出，南下避難。潞王朱常淓也從衛輝逃出，與朱由崧一同來到淮安。鳳陽總督馬士英聯合高傑、劉澤清、黃得功、劉良佐四位總兵擁戴朱由崧，準備立他為皇帝。南京兵部尚書史可法秉性忠誠，一再說福王昏庸，不如迎立潞王。可馬士英正想利用這昏庸的福王做個傀儡，仗著四位總兵壯聲勢，於是護送福王來到儀真，在江北列營，氣焰逼人。史可法不得已，隻好與百官將福王迎入南京，先稱監國，然後繼承大位，改元弘光。弘光帝任用史可法、高弘圖、薑曰廣、王鐸為大學士，馬士英仍然總督鳳陽，兼東閣大學士。這聖旨下達之後，馬士英很不服氣，他一心想著入閣做個宰相，弘光帝卻仍然讓他在外督師。馬士英令高傑等人催促史可法督師，自己擁兵入朝。馬士英剛到南京，就與史可法有了矛盾。史可法主動請求督師，出兵鎮守淮揚，統轄四位總兵。朝旨恩準後，史可法命劉澤清管轄淮海，駐紮在淮北，管理山東一路；高傑管轄淮泗，駐紮在泗水，管理開歸一路；劉良佐管轄鳳壽，駐紮在臨淮，管理陳杞一路；黃得功管轄滁和，駐紮在廬州，管理光固一路，號稱“四鎮”。這本來是最好的布置，可偏偏四位總兵總是不能相容，一再發生爭執。弘光帝隻信任馬士英，對一切外政置之不理。馬士英本來是魏忠賢的餘黨，魏忠賢得勢的時候，一再巴結，等到魏閹失勢，他就極力劃清界限。這時候，大學士高弘圖等人準備追諡先帝的尊號，稱為思宗。馬士英與高弘圖不合，就說他誣蔑先帝，於是將“思”改為“毅”。崇禎帝殉國的時候，朝中的人都稱他為懷宗。後來清朝廷替他改葬，加諡號為莊烈湣皇帝。所以後人稱崇禎帝，既稱懷宗，也稱思宗、毅宗，或稱為莊烈帝。
馬士英推薦舊黨阮大铖。這阮大铖本來有些口才，文字上也還說得過去。於是蒙弘光帝嘉獎，賜他為光祿寺卿，算是官複原職。大學士薑曰廣等人都說阮大铖是逆案的罪魁禍首，不能再起用，奏折遞上去之後毫無音信。馬士英又引用越其傑、田卿、楊文驄等人，這些人不是私親，就是舊黨。
弘光帝是個糊塗蟲，專門在酒色上下功夫。太監們仗著威勢，看到有姿色的女子，就用黃紙貼在額頭上，拖到宮裏。弘光帝恣情享樂，美女自然多多益善。他還命太醫鄭三山大肆搜羅春藥，一時間黃雀腦、蟾酥等東西價格大漲。阮大铖又別出心裁，編成一部《燕子箋》，獻入宮中，然後找來梨園弟子入宮演戲。弘光帝白天看戲，晚上賞花，真是春光融融，其樂無窮。史可法痛陳時弊，連上幾十本奏章，都是石沉大海，杳無音信。清攝政王多爾袞聽說史可法的賢名，就寫信招他投降。史可法不肯屈服，隻是派兵部侍郎左懋第等人前去議和。此時中原的大勢，清朝廷已經占了七八成，哪裏肯答應？當即將左懋第抓住，脅迫他歸降。左懋第也是明朝的忠臣，寧死不肯投降，沒過多久便被殺害。
豫王多鐸領兵過河，去奪明朝的新都城。史可法邀請各鎮守兵前來防禦。誰知各鎮的兵馬都袖手旁觀，隻有高傑進兵徐州，沿河設防，並約睢州總兵許定國互相聯絡。不料許定國已經暗地給清軍送款，他以接風為名誘高傑來到大營，把他灌得爛醉如泥。一刀將高傑殺死後，許定國當即趕赴清營報功。清軍隨即進拔徐州，直抵宿遷，劉澤清逃走。史可法飛書告急，南都反而催促史可法回來支援。原來寧南侯左良玉以入清君側為名，從九江入犯，列舟三百多裏。馬士英非常擔心，立即調史可法回來保衛。史可法隻好奉命南歸。剛剛渡江到達燕子磯，又接到南都的聖旨，以黃得功已經攻破左良玉，左良玉病死為由，令他速回揚州。史可法急忙返回揚州，正準備支援淮泗，清兵已經從天長、六合長驅而來。那時揚州城內的百姓都已經逃走，各鎮兵馬隻有總兵劉肇基從白洋河帶著四百人馬趕來。清軍攻城的時候，駐紮在城外的總兵李棲鳳、監軍副使高岐鳳不戰先降。史可法和劉肇基死守了幾天，就被攻入。劉肇基在巷戰中身亡，史可法自刎沒有死，被一名參將擁出小東門。史可法大聲喊道：“我是史督師！”話音未落，已經被清兵殺害。一直到第二年，史可法的家人才用袍子招魂，將他葬在揚州城外的梅花嶺。