在從簽訂合同到發展成為一個成功的特許體係這個過程中，特許人與特許加盟商之間的關係會隨著特許加盟商不懂得特許連鎖經營到基本完全獨立，再到能夠自信、成功地經營業務而改變。特許人與特許加盟商之間的關係是十分特別的，它有別於大多數商業關係。在特許關係的早期，特許加盟商要依賴於特許人提供的信息，要從特許人處獲得運作特許加盟店所需要的知識。隨著特許加盟商實際經驗的增加，他對特許人的依賴性減少，有時甚至會認為與特許人的協作不再有任何價值，或至少弱化了特許人的作用。他或許會認為他的成功完全依賴於他自己，並且對支付給特許人的費用和自己所受到的限製感到不滿。
然而，特許加盟商在整個合同期間或直至他賣掉加盟店都會受製於特許關係。有幾年經營經驗的成熟的特許加盟商並不比新加入者有更多的自由，這是特許人的基本原則。無論如何，特許人不會允許由特許加盟商來控製特許體係的發展。無論特許體係發展到了什麼階段，也無論特許加盟商的經驗有多麼豐富，特許人都要保持基本原則。特許加盟商遵照特許人的製度，使用特許人的名稱和商標，而什麼可以被許可使用卻最終是由特許人決定的。事實上，如果沒有特許連鎖經營體係的集中控製，整個體係很快就會失去其整體一致性和統一的品牌以及所提供的產品和服務。
特許連鎖經營是一種所有權多樣化的銷售產品和服務的方式。由於特許體係中存在眾多的特許加盟商，每個人為了自己能夠贏得更多的利潤，會產生很多的想法，會向特許人提出很多的要求。特許人可能也不得不處理這些特許加盟商提出的“合理的”要求，但如果特許人對每一特許加盟商提出的促進體係發展或改變現有程序的要求進行“合理性”測試，整個體係可能無法平穩地發展，無法保持長期的統一。這將會成為特許人的負擔，也會造成許許多多的衝突。其實，特許人和特許加盟商共同遵守特許體係已經建立起來的製度和標準是整個體係向前發展的基礎，是多方贏利的前提。特許加盟商應尊重特許人提供的指導，遵照特許人提出的規定和標準行事。
1.影響特許人和特許加盟商之間關係的可能原因
（1）特許加盟商不適合親自經營；
（2）特許加盟商沒有所需的資質來進行獨立的特許連鎖經營；
（3）特許加盟商可能會因現實達不到他的期望而感到失望；
（4）特許體係處於發展的早期，特許加盟商認為特許人沒有進行充分的市場檢驗；
（5）特許人可能感到特許加盟商沒有盡全力；
（6）特許加盟商可能對特許人先期的服務感到不滿；
（7）特許加盟商未能按期支付費用或提供報告；
（8）特許加盟商未能保持經營標準；
（9）特許加盟商企圖脫離特許體係；
（10）地理位置好壞的問題；
（11）特許加盟店的經營出現了困難；
（12）特許人和特許加盟商性格不合；
（13）特許人和特許加盟商溝通失敗；
（14）特許人的行為過於專橫；
（15）特許加盟商拒絕變化和改進；
（16）特許加盟商不滿意特許人的促銷和廣告活動；
（17）特許加盟商的生意不像他所預期的那樣成功；
（18）特許加盟商的生意不像特許人所想的那樣成功；
（19）特許人未對現場指導人員提供恰當支持；
（20）特許人正在實施研發計劃以保持或提高特許體係在市場中的競爭力，而特許加盟商並沒有意識到這一點或並不理解特許人的做法。
2.當事人的責任
為了維護好特許人和特許加盟商之間的關係，特許人和特許加盟商應該各盡其責。一般說來，特許人的責任主要包括以下方麵：
（1）徹底地進行市場測試並證明該業務贏利的可行性。
（2）誠實地向特許加盟商講述事實，以確保特許加盟商做出正確的決定。
（3）提供一個專門的、有效的且經濟的初始服務範圍，以幫助特許加盟商建立他的企業。
（4）確定後續服務的範圍，包括：操作支持；更新操作手冊；銷售和促銷支持；以各特許加盟商共同籌集的資金做國家級或地方廣告；標準和業績監測；開發與研製新產品和服務；代表全體特許加盟商與供貨商談判，爭取到優惠的價格。
特許人還應該謹慎地挑選特許加盟商，他不能僅僅因為某人申請加入並且有錢交納特許費就草率地接受他作為特許加盟商。是否接受某人加入特許體係需要考慮許多因素，包括潛在的特許加盟商的基本技能、教育背景、個人能力以及資金狀況等等。當然達成協議並建立特許關係是雙方共同努力的結果，雙方應該彼此適合。