一個人的膽識越大，手段越厲害，才能操縱局麵穩上加穩；無膽乏識，則底氣不足，遇事必畏首畏尾，終致失敗。
從撤三藩的重大決策可以看出，康熙帝正因為具有過人的膽識，才使他強硬的手段一貫到底。
所謂“三藩”，指的是順治年間清廷派駐雲南、廣東和福建三地的平西王吳三桂、平南王尚可喜、靖南王耿繼茂及其子耿精忠。“三藩”分駐為徹底消滅永曆政權及有效抵禦鄭成功的進攻起到了應有作用，但隨之而來產生了“三藩”擁兵自重、勢力惡性膨脹問題。
“三藩”勢力的不斷膨脹，必然加劇它與中央政府的矛盾，隨著統一大業的初步實現，這種矛盾關係變得日益尖銳。為消除“三藩”割據之息，康熙親政後不得不認真考慮撤藩問題。
康熙十二年底，吳三桂反叛的消息傳到北京後，舉朝震驚，不少人責怪倡議撤藩者輕議誤國，大學士索額圖更力主將倡議撤藩者正法以謝罪吳三桂。但康熙表現得十分冷靜，斷然否決索額圖等人的意見，積極布置平叛事宜。
為將戰事控製在雲南、貴州、湖廣三省境內，康熙立即派前鋒統領碩岱帶佐領前鋒一名，兼程前往咽喉要地荊州（江陵）防守，並進踞常德，以固軍民之心，扼製叛軍北上。隨後派西安將軍瓦爾喀率騎兵馳赴四川，堅守自滇入川隘之地，等待接應進剿雲南的大軍。授廣西巡撫孫延齡為撫蠻將軍，以錢國安為都統，統兵固守廣西，牽製貴州叛軍。同時下令停撤耿、尚二藩，召回使臣梁清標和陳一炳，以集中打擊吳三桂。
同年十二月二十七日，康熙還發布了一個政策性極強的詔書，聲討吳三桂背恩反叛的罪行，表示清廷武力平叛的決心，同時告誡雲貴兩省官兵百姓各自安分自保，不要聽信誘脅；已從賊者如能悔罪反正，既往不咎；家屬親友不加株連。並號召他們擒斬叛軍。
康熙為保證東南財賦供應，還注意到長江下遊重鎮安慶的防務。
為保護東南財賦之地，並防止吳、耿會師江西，康熙及時地加強了江南各地的軍事力量，除原有的江寧將軍額楚、杭州將軍圖喇及鎮海將軍王之鼎等人外，又任命一批將軍率兵鎮守各地。
與此同時，吳三桂也與清廷玩起了“和平”遊戲。四月初，他放回朝廷使臣折爾肯和傅達禮，捎回表示願意和解的奏文。不久，達賴喇嘛也出麵建議“裂土罷兵”。但康熙態度堅決，堅持認為對反叛之徒必須消滅。為徹底粉碎吳三桂要挾朝廷的幻想，康熙采納諸王大臣建議，於四月十三日決定將吳三桂之子吳應熊及其子吳世霖處絞。吳三桂為此深感絕望。
康熙深知，要取得平叛戰爭的最終勝利，不僅要在政治上和心理上克敵製勝，更需要在軍事上壓倒敵人。為此，他從六月到九月又陸續在湖南、浙江、四川、江南、廣東各路增派大將軍。各路大將軍的任命和出征，使平叛陣容大為改觀，不僅充實了兵力，也便於統一指揮，大大增強了穩定戰局、應付意外事變的能力，也為主動進攻、收複失地創造了條件。
早在平叛戰爭開始時，康熙就有招撫叛軍的想法，亦曾連降招撫專敕，但因收效不大而被忽視。王輔臣叛亂被平定後，康熙又開始重視“剿撫並用”的策略，並將其推廣到各個戰場。
第一個目標被定在福建耿精忠身上。康熙一向認為耿精忠叛亂不同於吳三桂，他沒有吳三桂那樣的野心，是個可以招撫的對象，為此在處死吳應熊父子時，並沒有處罰耿精忠在北京的諸兄弟，隨後還不斷派人前往招撫。康熙十五年夏秋之際，耿精忠因鄭經占據漳州等七府之地與鄭經發生尖銳矛盾，加之耿軍軍餉匱乏，軍心渙散，清軍便乘機攻入福建，並很快收複延平（南平）等地。耿精忠無力再戰，被迫出降。康熙為了給其他叛軍樹立榜樣，並沒有處置耿精忠，而是讓他保留王爵，率部隨大軍征剿鄭經。結果，鄭經的軍隊很快被趕回台灣，各地叛軍紛紛投誠，福建、浙江相繼平定。