再來看內部貿易。三井企業集團成員的內部交易和外部買賣通常都是通過三井物產來實現的。三井物產掌握著廣泛的銷售渠道，有龐大的情報網絡，有專業的市場人員，這些綜合優勢能夠幫助成員企業用最小的成本實現市場覆蓋的最大化。因此，三井係企業的貿易絕大部分以三井物產為中介，即便是成員企業之間也很少進行直接貿易，還是要通過三井物產來實現。
一開始，企業集團的內部貿易非常狹隘，每個企業隻采購自家集團內的產品，形成了一個封閉的商業王國。例如，三井的人開豐田車、用東芝電腦、喝劄幌啤酒，住友的人開馬自達車、用NEC電腦、喝朝日啤酒……隻要能用自家集團的產品就決不采購別家的。這其中的原則不是根據價格、質量、服務來確定該買哪一家的產品，而是先確定好買哪一家的產品，然後再通過三井物產來磋商貿易條件。這種顛倒的貿易關係，其根本出發點還是“自己人優先”的老式思路。
三井物產經營的商品種類繁多，幾乎無所不包，且在世界各地設有上百個分支機構，甚至還直接參與投資設立大量子公司，這就是所謂“綜合商社”的綜合所在。
隨著日本經濟的迅速發展，綜合商社越來越不局限於代理本集團企業的產品買賣。成員企業的采購、貿易、對外投資、商務谘詢等事務，三井物產統統都管，甚至可以一手包辦，成員企業對三井物產的依賴程度並不比對三井銀行來得少。尤其當成員企業試圖向海外發展的時候，三井物產更是當仁不讓的“先頭部隊”，項目的前期調查、與當地部門的溝通、商業談判等事宜，通常都會交由三井物產來完成。在下一章講到三井在中國的戰略發展時，很容易就能看到三井物產所發揮的“全能”作用。
重振昔日雄風
客觀地說，三井在戰後日本企業集團集結的過程中行動是遲滯的，如果算上東芝和豐田等核心大企業的回歸，整個集結行動直到20世紀70年代中期才算完成。在二戰結束之前，三井的整體實力大約是三菱的1.5倍，但是到20世紀60年代之後，三井不僅落到了三菱的後麵，甚至還被住友趕超。不過，這種“頹勢”隻是相對而言，從絕對實力上看，三井的戰鬥力絲毫不減當年。
三井的傳統優勢是商業、不動產、礦山、造紙、汽車、金屬製造和紡織纖維，重工業一直都不是三井的強項。為了加強三井企業集團的競爭優勢，三井在1958年聯合集團內的34家大企業共同投資，成立了資本金達32.5億日元的“日本原子能事業公司”，率先向核工業領域發起了攻勢。
差不多在同一時期，其他的企業集團也陸續成立了原子能公司，但由於先進的核技術主要掌握在實力雄厚的美國資本手中，這些原子能公司在成立後不久就迅速洗牌，最終形成了三井、芙蓉、三菱三大企業集團的“三足鼎立”之勢，其中又以三井企業集團的核技術實力最為明顯。
1989年，三井集團將日本原子能事業公司並入東芝，作為東芝的原子能事業部門。此後，東芝公司就成為三井集團在核工業領域中的“代言人”。1999年，東芝對原子能事業部門進行改革，將其升格為“電力係統公司”，但仍在東芝的管轄之下，並未獨立出去。這樣，東芝就和芙蓉集團的日立、三菱集團的三菱重工一道，成為日本核工業領域中的“三巨頭”。
鑒於三井與美國通用電氣之間長期存在的合作關係，東芝在核反應堆建造技術方麵得到了通用電氣的支持，從而掌握了建造沸水堆（BWR）的技術。三菱重工則得到了美國西屋電氣的幫助，掌握了建造壓水堆（PWR）的技術。由於日立也掌握了沸水堆技術，因此日本的核反應堆裝備製造商就分成了東芝和日立的“沸水堆派”和三菱重工的“壓水堆派”。
2011年在東日本大地震中為世人所熟知的東京電力公司，雖然不是三井企業集團的成員，但與三井之間的關係非常密切，是東芝長期的大客戶。福島第一核電站的沸水反應堆除4號機組外，其餘5個機組全部是由東芝在1970—1980年期間負責建造的。
2006年，東芝收購了掌握壓水堆技術的核反應堆製造商西屋電氣，將其納為子公司。這樣一來，東芝就成了日本第一大核反應堆裝備製造商，也是唯一掌握兩大主流核反應堆技術的裝備製造公司。
東芝在核工業領域中的強勢地位，是整個三井企業集團合力推動的結果。三井的原子能事業公司原本是一家共同投資公司，集團內的34家企業對其擁有股權。為了實現高效集中的管理，三井集團把原子能事業公司“送”給了東芝。在東芝向海外出口反應堆裝備、收購西屋電氣的過程中，三井物產、三井銀行等“兄弟企業”的貢獻巨大。尤其是在和三菱重工競價收購西屋電氣時，兩家公司競爭的背後，實際上就是三井和三菱兩大企業集團的競爭。